Внутри ордена наметился раскол — появилось новое течение, которое возглавили достаточно образованные клирики. Церковнослужителей всю жизнь учили понимать Евангелие в переносном смысле, поэтому буквальное следование заветам Христа для них казалось не обязательным.
Представители духовенства считали, что важнейшей задачей францисканцев является противостояние различным ересям и повышение авторитета католической церкви. Клирики полагали, что хорошему проповеднику требуется не только вдохновение, но соответствующее образование и умение вести дискуссии на религиозные темы.
Франциск, привыкший воздействовать на людей только энтузиазмом, считал, что не подкрепленная искренней верой образованность может принести только вред. Однако новые францисканцы не желали оставаться в ограниченных рамках проповеди покаяния и стремились расширить сферу влияния. С тех пор как минориты проникли в такие крупные культурные центры, как Париж, первых францисканцев начали постепенно отстранять от проповеднической деятельности.
Противоречия между старым и новым течением в ордене оказались неразрешимыми. Основатели не могли принять новых порядков, а новые братья — вернуться к старым.
Большая часть членов ордена поддерживала ученых клириков, потому что они ратовали за введение более мягких правил и выступали за переход к оседлому образу жизни. Сторонники смягчения устава пользовались поддержкой церковных властей.
Новый францисканский устав — основной документ, регулирующий жизнь ордена, — был утвержден в 1221 году, а в 1228, вопреки завещанию Франциска, Папа Римский заменил существующий устав на другой, менее строгий. Начиная с Григория IX, Папы меняли правила францисканского ордена, стараясь укрепить свою власть над ним.
Новые францисканцы считали, что без развитой системы образования орден не сможет успешно развиваться. Поэтому требовались школы, для их организации которых нужны были денежные средства и оседлый образ жизни.
Франциск не мог спокойно относиться к подобным переменам. Не имея сил исправить создавшееся положение, он отошел от руководства, которое взяли в свои руки министры, назначаемые церковью. Основатель ордена сделался рядовым членом францисканской общины и вместе с небольшой группой верных сторонников стал жить по первоначальному варианту устава.
Однако все попытки личным примером наставить на путь истинный братство миноритов не имели успеха.
Никто из новых членов общины не желал выполнять строгие и жесткие правила, установленные орденом.
Франциску было больно наблюдать, как созданная им община превращается в монашеский орден в традиционном смысле этого понятия. Францисканцы стали занимать церковные должности, у них появилась собственность и материальные интересы. Основатель ордена все чаще уединялся и, как раньше, в одиночестве бродил по окрестностям Ассизи. Постоянные посты, пренебрежение ко всяким удобствам не могли не сказаться на его здоровье. Он стал часто болеть, но не желал изменить образ жизни. В 1224 году ежедневные молитвы и религиозный экстаз вызвали у Франциска появление стигматов — незаживающих язв на тех местах, где предположительно находились раны распятого Христа. В 1226 году после продолжительной болезни Франциск умер.
После смерти основателя ордена в Ассизи, над его могилой, был выстроен первый францисканский храм в готическом стиле. Через два года после смерти Франциск был канонизирован Папой Григорием IX. Появилось множество рассказов и легенд о жизни основателя ордена, которые вошли в сборник «Цветочки».
Старые сподвижники Франциска всегда оставались в меньшинстве, хотя и у них прибавлялись сторонники; с каждым годом все непримиримее становились противоречия в руководстве ордена. Братья, оставшиеся верными заветам Франциска, стали подвергаться гонениям после того, как во главе ордена встал Илья Кортонский.
Хотя все владения францисканцев формально находились в собственности католической церкви, обет нищеты фактически был нарушен. У ордена не было, как у других, обширных земельных угодий, однако размеры движимого имущества существенно увеличились; доходы от пожертвований, по-прежнему именуемые милостыней, значительно возросли. Основа апостольского идеала — бродячая жизнь — подверглась ограничениям.
Таким образом, от первоначальной простоты и чистоты францисканского ордена сохранилась только видимость. Перемены, произошедшие во внутреннем устройстве, замечали далеко не все — мало кто из простых людей и даже из самих членов ордена понимал, насколько велика разница между старыми и новыми порядками.