Посещение святых мест вызывало на глазах у Лойолы слезы, несколько дней он провел в молитвах. С каждым шагом он ощущал свою близость к Господу, словно повторял его путь. После того как в городе не осталось ни единого места, посещенного Спасителем и привлекшего внимание Игнатия, последний решил приняться за обращение неверных мусульман в христиан.
Перед тем как приступить к намеченному делу, он обратился к главе ордена францисканцев, надеясь получить от него благословение на проповедование. Однако все оказалось не так просто. Когда глава ордена понял, что обратившийся к нему человек не знаком с религией этой страны, не знает местного языка и, помимо всего, имеет смутные представления даже о христианской религии, он с позором выгнал Игнатия из города. Побоявшись за жизнь Лойолы, францисканец посоветовал ему возвращаться в свою страну.
Рыцарь Девы Марии некоторое время пребывал в отчаянии, однако вскоре понял, что глава францисканцев был прав. Дорога обратно была едва ли не опасней той, что привела его в Палестину. Сохранить Лойолу в живых могло только чудо, которое, вероятно, и произошло, так как в январе 1524 года он прибыл в Венецию живым и невредимым.
Пребывая в Венеции, Игнатий изучал нравы жителей Венеции. Он вскоре понял, что люди совершенно забыли все заповеди, которые им оставил Иисус. Смело ринувшись в бой с ересью, он снова получил отпор, в котором ему доказали, что даже самый малый ребенок-венецианец знает Библию и все Священные Писания гораздо лучше, чем он.
Может быть, другой человек, удрученный таким количеством неудач и унижений, бросил бы безнадежное дело проповедника. Однако Игнатий Лойола не мог опустить руки. Его упрямство нередко переходило все границы человеческого понимания. С огромным запасом силы воли и терпения он решил получить образование и непременно выучить латынь. Для осуществления этих планов Лойола хотел вернуться на родину, так как никогда не знал итальянский язык настолько хорошо, чтобы обучаться естественным наукам, а тем более другим языкам.
Пройдя воюющую северную Италию и преодолев все трудности путешествия, Игнатий наконец прибыл в Барселону. Когда он появился в обыкновенной школе и попросил обучить его основным наукам, многие: дети стали насмехаться над ним, однако это нисколько не смутило великовозрастного неуча. Умиленный подобным рвением к знаниям, учитель принял его на бесплатное обучение, а одна добросердечная женщина предложила Игнатию бесплатный стол во время обучения.
Еще в Венеции Лойоле пришла в голову мысль о том, что один человек никогда не добьется того, что могут сделать несколько братьев. Этот вывод натолкнул его на мысль о создании ордена. Теперь, в свободное от школы время, он занимался подбором единомышленников. По старой привычке он старался обратить грешников в веру при помощи проповедей. Сам он подавал пример следования заповедям, усмиряя свой нрав строгими постами и самобичеванием.
Однако увлеченный религией, Игнатий не забывал и об образовании. К счастью для него, духовные власти города не мешали его миссионерской деятельности. Слава о Лойоле быстро распространилась, и благодаря этому вокруг него постепенно стал образовываться крут последователей, среди которых Игнатий выбрал себе учеников.
Следующим этапом жизни Лойолы стало поступление в университет в Алькала де Энарес. Образ жизни Игнатия оставался неизменным. Вскоре повсеместно распространились слухи о суровом и смиренном студенте, живущем по заповедям Спасителя. Представительницы каталонского дворянства были уверены в святости Игнатия, благодаря чему на него со всех сторон сыпались приглашения в качестве исповедника.
В это время за рыцарем Святой Девы Марии уже наблюдала инквизиция, недовольная большим количеством последователей. Дело заключалось в том, что в это время несколько благородных каталонок пустились в странствия, подвигнутые пламенными речами Лойолы.
Инквизиторы подвергли студента аресту и строжайшему допросу, надеясь найти подтверждение своим подозрениям. Дело в том, что Лойолу считали членом секты иллюминатов, выступающих против ортодоксальной веры. Однако уже после поверхностного допроса, ошибка была обнаружена, а незадачливый проповедник-студент выпущен на свободу. Но дышать свежим воздухом Игнатию пришлось недолго, так как его вторично арестовали по настоянию покинутых мужей.
Дело Лойолы приняло очень серьезный оборот. На помощь ему вновь пришло провидение. Не вынеся тягот путешествия, измученные жены вернулись к мужьям. Они под присягой принесли клятвы, что дон Иньиго Лопес де Рекальде не только не подбивал их на побег, но даже уговаривал отказаться от этой идеи, считая, что слабым женщинам повторить его путешествие не под силу.