Вскоре архиепископ основал орден театинцев. Он предложил Лойоле вместе со своими последователями примкнуть к его обществу, но Игнатий, сам жаждущий стать главой ордена, отказал своему покровителю. Дружба между двумя главами окончилась, однако дальше дело не пошло, так как прелата вызвали в Рим.
С наступлением весны члены общества, организованного Лойолой, стали собираться в путь. Обсудить переезд они решили на собрании. Во времена дружбы с архиепископом Лойоле стало известно, что на море вскоре разыграется война и путешествие окажется невозможным. Однако спорить на собрании он не стал. Вместо этого он предложил получить личное благословение на миссионерскую деятельность от самого Папы Римского, перед тем как отправиться в страну мусульман.
В Рим были отправлены два человека: Лефевр и Ксавье. О личном посещении столицы Италии Лойола не хотел даже думать, так как распри между ним и архиепископом Театинским могли сослужить дурную службу.
Двое молодых людей привезли не только благословение на миссионерство, но и разрешение на принятие рукоположения. Лойола и другие члены зарождающейся организации, не имеющие духовного сана, были посвящены в духовники в июне 1537 года.
Когда все собрались в путешествие, возникло новое препятствие, заранее предвиденное Лойолой. Папа Римский официально объявил войну турецкому султану, после чего перевозки пассажиров в эту страну были прекращены.
Глава общества внес предложение рассеяться по стране для того, чтобы завербовать в организацию новых членов. После этого все члены союза должны были отправиться в Рим и предоставить себя в полное распоряжение папы.
Видя, что его власть становится все сильнее, Лойола стал внушать последователям мысль о своем высшем предназначении. Обыкновенную хитрость он использовал для того, чтобы доказать свою избранность.
Несмотря на скрытое коварство, Лойола продолжал казаться смиренным и мягким человеком. Его выносливость и ораторские способности проявлялись только в том случае, если это было необходимо самому Игнатию. Когда, наконец, Лойола решил отправиться в Рим (осенью 1538 года), чтобы полностью поступить в распоряжение папы, ему вновь пришлось прибегнуть к хитрости.
По дороге в Рим Лойола и его спутники Лефевр и Лайнес остановились в небольшом селении под названием Ла Сорта. На окраине его стояла полуразрушенная часовня, в которой и уединился Игнатий для молитвы и, как выяснилось позднее, решающего разговора с Богом. Предводителя будущих иезуитов не было настолько долго, что Лефевр и Лайнес начали всерьез беспокоиться. Однако из часовни Лойола вышел вдохновленный, весь светящийся от явленной на него благодати. Оказалось, что Бог вместе со своим Сыном приходили к нему во время молитвы, что последнему было поручено всячески содействовать зарождающемуся обществу. Спаситель сообщил Игнатию, что будет благоприятствовать ему в Риме. Спутники Лойолы были не только ободрены таким известием, но еще больше прониклись уважением к главе ордена.
В Риме Игнатию удалось добиться аудиенции у Павла III, который был рад покорности, которую явил проситель, вверяясь в руки папы, и испросить позволения основать духовный орден, главными задачами которого стали бы исправление всякого зла, возникающего по всему свету, разрушение дьявольского наваждения при помощи ораторского искусства, возвращение и укрепление авторитета католической церкви. Папа обещал подумать. Тогда Лойола попросил разрешения своими проповедями улучшать римские нравы. Павел III велел ему действовать совместно с театинцами.
Исправление нравов римлян проходило следующим образом: Игнатий ходил по городу, заглядывал в церкви, проповедовал народу Евангелие и свое учение, беспощадно обличал еретиков. Между театинцами, прибывшими из Венеции, Лойола разделил Вечный город на участки, где они тоже занимались искоренением пороков горожан. И без того высокая популярность Игнатия возросла.
За время пребывания в Риме Лойола успел нажить себе врагов. Самым жестоким и непримиримым был проповедник Аостино из ордена августинцев, которого Игнатий обвинил в следовании ереси Жана Кальвина. Аостино написал донос властям, в котором сообщал, что Лойола на самом деле — еретик, который спасся бегством от справедливого возмездия. Возмущенный этим, будущий предводитель ордена иезуитов потребовал судебного разбирательства, тем более что из-за слухов, которые поползли по Риму вследствие клеветы монаха-августинца, авторитет Лойолы резко снизился. Игнатий был оправдан.