Для мстительного и подозрительного Сталина Полина Жемчужина уже тогда стала персоной «поп grata». Но Сталин умел ждать и тщательно скрывать свои чувства. «Чистки» 30-х годов обошли Полину Жемчужину. Более того, она стала занимать во второй половине 30-х годов ответственные посты в аппарате Совета Народных Комиссаров. Жемчужина некоторое время была заместителем наркома пищевой промышленности, наркомом рыбной промышленности, затем управляла косметической промышленностью, была Главпарфюмером. На XVIII съезде ВКП(б) Жемчужина была избрана кандидатом в члены ЦК.
Жемчужина была еврейкой, и когда во время Отечественной войны в нашей стране был создан Еврейский антифашистский комитет, жена Молотова стала одним из его руководителей, а во главе был поставлен старый большевик и член ЦК ВКП(б) А. Лозовский, занимавший тогда пост руководителя Советского Информационного бюро.
Еврейский антифашистский комитет не был ликвидирован после войны, как все другие антифашистские комитеты (советских женщин, молодежи и другие). Через несколько лет после окончания войны на Ближнем Востоке появилось еврейское государство Израиль, созданное по решению ООН при активном содействии СССР. Советский Союз был первым государством, которое объявило об установлении с Израилем дипломатических отношений. Вскоре в Москве появился посол Израиля Голда Меир. Естественно, что на различного рода приемах, которые устраивало в Москве израильское посольство, присутствовали и члены Антифашистского комитета советских евреев. Голда Меир и Полина Жемчужина не раз беседовали друг с другом.
К этому надо добавить, что у Полины Жемчужиной была родная сестра, которая еще в годы гражданской войны уехала из России. Полина переписывалась с ней до 1939 года. Если Молотову приходилось заполнять анкету, и, в частности, отвечать в ней о «родственниках за границей», то он должен был писать здесь о сестре жены и о племянниках жены, которые теперь жили в Израиле. Хорошие отношения между Израилем и Советским Союзом длились, однако, недолго. В 1948–1949 годах стала набирать силу пресловутая кампания против «безродных космополитов». Начались массовые репрессии против еврейской интеллигенции и ликвидация почти всех еврейских общественных и национальных организаций. В это время для Сталина и наступил удобный момент расправиться с Полиной Жемчужиной, когда-то ближайшей подругой его жены. По мнению Сталина, она знала слишком много. Конечно, на первый план выдвигались другие обвинения.
Жемчужина была обвинена в «измене Родине», в связях с международным сионизмом и т. п. Вопрос о ее аресте обсуждался на Политбюро. После того как Берия изложил данные своего ведомства, все члены Политбюро проголосовали за арест Жемчужиной. Молотов воздержался, но и не выступил с опровержением.
Вернувшись домой, Молотов должен был первым сообщить жене и о решении Политбюро, и о ее близком аресте.
— И ты поверил во всю эту клерету?! — кричала в отчаянии его жена.
— Но там были представлены такие убедительные документы, — отвечал растерянный и подавленный Молотов.
На следующий день Жемчужину арестовали.
Сразу же после смерти Сталина начались реабилитация и освобождение отдельных людей. Видимо, первым из них был киносценарист А. Я. Каплер, арестованный в годы войны за связь со Светланой Аллилуевой. Сталин не желал этого брака. Каплер был освобожден 6 марта 1953 года. Еще через несколько дней была освобождена и жена Молотова Полина Жемчужина. День похорон Сталина 9 марта совпал с днем рождения Молотова. Спускаясь с трибуны Мавзолея, Хрущев и Маленков все же поздравили Молотова с днем рождения и спросили, что бы он хотел получить в подарок. «Верните Полину», — сухо сказал Молотов и прошел мимо. Просьбу Молотова немедленно передали Берии. Последний, впрочем, и сам понимал, что с его стороны неразумно держать жену Молотова в заключении. Жемчужина в этот момент была уже в Москве. В 1949 году ее приговорили к нескольким годам ссылки. Но в январе 1953 года она была включена в число участников «сионистского заговора» вместе с группой еврейских врачей и покойным Михоэлсом. Ее начали допрашивать с применением пыток. Допросы прекратились только 1 или 2 марта. А 9 или 10 марта ее вызвали в кабинет к Берии. Она не знала о смерти Сталина и готовилась к худшему. Но Берия неожиданно вышел из-за стола, обнял свою гостью и воскликнул: «Полина! Ты честная коммунистка!» Жемчужина упала на пол, потеряв сознание, но ее быстро привели в чувство, дали немного отдохнуть и переодеться и отвезли на дачу к Молотову — весьма необычный подарок к уже прошедшему дню рождения.