Тезис Вирхова, принятый всеми биологами Лепешинская объявила метафизическим, идеалистическим и почему-то несовместимым с принципом развития. В качестве идейного прикрытия Лепешинская использовала искаженные до неузнаваемости идеи Ф. Энгельса. На основании собственных исследований Лепешинская также предлагала практические мероприятия: принимать содовые ванны для борьбы со старостью и прибавлять к ранам кровь для ускорения заживления. К публикации О. Б. Лепешинской ученые относились как к комическому вздору, ее попытки издать книгу на эту тему несколько раз отклонялись.
Но вот в 1945 году Лысенко протянул ей руку помощи. Монографию Лепешинской «Происхождение клеток из живого вещества и роль живого вещества в организме» публикует издательство Академии наук СССР скромным тиражом в тысячу экземпляров, но с предисловием Лысенко, в котором, в частности, говорится: «Естественно, что для тех работников науки, которые еще не изжили в своем научном мышлении метафизических подходов, могут оказаться неприемлемыми не только теоретические предпосылки и выводы О. Б. Лепешинской, но они могут отрицать и достоверность фактической части ее работ, как не согласующихся с их теоретическими взглядами. Для людей же науки, стоящих на позициях подлинной теории развития, теории диалектического материализма, фактический материал О. Б. Лепешинской, по моему глубокому убеждению, вполне приемлем». И далее, говоря о происхождении клеток из живого вещества, Лысенко пишет: «Это принципиально новое положение в биологической науке блестяще и показано О. Б. Лепешинской в ее тонких экспериментах».
Лысенко воспользовался «учением» О. Б. Лепешинской для объяснения своей теории зарождения одного вида «в теле» другого, и направление Лепешинской стало одним из важных разделов мичуринской биологии. Второе дополненное издание названной книги выходит в 1950 году уже тиражом 25 тысяч экземпляров. Если раньше Лысенко борьба велась преимущественно с генетиками, эволюционистами и инакомыслящими практиками, то теперь мишенью стали также цитологи, гистологи, эмбриологи, микробиологи.
В период борьбы с фашистским нашествием было не до биологии, но после того, как фашизм был раздавлен, война Лысенко с наукой возобновилась. Нажим на представителей нормальной биологии, желание заполучить занимаемые ими посты усилились, этому способствовало новое немаловажное обстоятельство. В довоенное время труд ученых в исследовательских институтах и преподавателей в вузах по сравнению с другими профессиями оплачивался очень скромно. В науку большей частью шли те, кто глубоко и искренне интересовался исследовательской работой. В 1946 году было принято решение коренным образом улучшить быт ученых. Ученые оказались в привилегированном материальном положении, посты в институтах стали выгодными. Усилилось стремление их занять, труднее стало с ними расставаться.
Однако в первые послевоенные годы дела Лысенко шли не совсем гладко. В печать прорвались отдельные критические статьи. Так, в 1946 году в журнале «Селекция и семеноводство» появилась статья П. М. Жуковского под названием «Дарвинизм в кривом зеркале», направленная против лысенковской теории эволюции. В этом году, несмотря на протесты Лысенко, в члены-корреспонденты АН СССР избирается крупный представитель классической генетики Н. П. Дубинин. 4 ноября 1947 года в Московском государственном университете при большом стечении ученых и студентов прошла дискуссия по поводу отрицания Лысенко внутривидовой борьбы за существование. С убедительной критикой позиции Лысенко выступили академик И. И. Шмальгаузен и профессора А. Н. Формозов и Д. А. Сабинин. Лысенковцы в этой дискуссии участия не приняли.
Затем там же, в МГУ, с 3 по 8 февраля 1948 года проходила обширная конференция по проблемам дарвинизма, на которой было заслушано сорок докладов из разных городов и ведомств. Не было ни одного докладчика из лагеря Лысенко. Работа конференции отражена в книжке тезисов (88 страниц), открывающейся тезисами доклада академика И. И. Шмальгаузена. Фамилия Лысенко в книжке не упомянута, большинство докладов по содержанию в корне противоречили «передовому мичуринскому дарвинизму».
Эти события не могли не насторожить Лысенко. Он почувствовал, что управление советской биологией ускользает из его рук, однако затем последовали еще более грозные для него события. Заведующим сектором науки ЦК ВКП(б) стал сын члена Политбюро А. А. Жданова, Ю. А. Жданов, по образованию химик-органик. В ЦК и после войны шли письма, разоблачающие теоретическую и практическую деятельность лысенковцев. Весной 1948 года Ю. А. Жданов встретился с рядом биологов, в том числе генетиков, протестовавших против монополии лысенковской лженауки.