Бывший чекист, перебежчик Александр Орлов (Фельдбин) утверждал: «Единственной частью государственного аппарата, которая могла помочь Сталину в подготовке этого убийства, являлось ленинградское управление НКВД, отвечавшее за безопасность Кирова. Но начальником этого управления был Филипп Медведь, связанный с Кировым тесной дружбой. Медведя следовало убрать и заменить другим человеком, «более надежным». У Сталина был на примете такой человек: Евдокимов, давний сотрудник «органов». Несколько лет подряд Сталин брал его с собой в отпуск — не только в качестве телохранителя, но и как приятеля и собутыльника. Евдокимов получил от Сталина больше наград, чем любой другой энкаведист. Это была странная личность, с застывшим, точно окаменевшим лицом, сторонившаяся своих коллег. В прошлом заурядный уголовник, Евдокимов вышел из тюрьмы благодаря революции, примкнул к большевистской партии и отличился в Гражданской войне. Когда война закончилась, Евдокимов был назначен начальником областного управления ОГПУ на Украине. Там он лично возглавлял карательные операции против антисоветских повстанческих банд.
По распоряжению Сталина Ягода издал приказ о переводе Медведя из Ленинграда в Минск и назначении Евдокимова на его место. Узнав об этом, Киров пришел в негодование. В присутствии Медведя он позвонил Ягоде и без обиняков начал допытываться, кто дал ему право перемещать ответственных ленинградских работников без разрешения Ленинградского обкома. Затем Киров позвонил Сталину и опротестовал недопустимый образ действий Ягоды. Приказ о переводе Медведя из Ленинграда пришлось отменить.
Поскольку с назначением Евдокимова в Ленинград ничего не получилось, у Сталина не было иного выбора, как обратиться за помощью к Ягоде и посвятить его в свои тайные планы, касавшиеся Кирова. Ягода сразу же вызвал из Ленинграда своего протеже и фаворита Ивана Запорожца, который в то время был заместителем Медведя. Они посетили Сталина вдвоем. Избежать личного разговора Сталина с Запорожцем было нельзя: последний никогда не взялся бы за такое чрезвычайное задание, касающееся члена Политбюро, если бы оно исходило лишь от Ягоды и не было санкционировано самим Сталиным. Получив сталинский наказ, Запорожец вернулся в Ленинград.
Как раз в это время среди бумаг, поступающих в ленинградское отделение НКВД, оказалось секретное донесение, касавшееся молодого коммуниста по имени Леонид Николаев. Этот Николаев был так обозлен тем, что его исключили из партии и связанной с этим невозможностью устроиться на работу, что у него появилась мысль об убийстве председателя комиссии партийного контроля. Этим актом доведенный до отчаяния Николаев намеревался выразить свой протест против партийной бюрократии, чьей жертвой он себя считал».
На закрытом заседании XX съезда Хрущев сообщил: «Следует сказать, что обстоятельства, связанные с убийством т. Кирова, до сих пор таят в себе много непонятного и загадочного и требуют самого тщательного расследования. Есть основания думать, что убийце Кирова — Николаеву кто-то помогал из людей, обязанных охранять Кирова. За полтора месяца до убийства Николаев был арестован за подозрительное поведение, но был выпущен и даже не обыскан. Крайне подозрительным является то обстоятельство, что, когда прикрепленного к Кирову чекиста 2 декабря 1934 года везли на допрос, он оказался убитым при «аварии» автомашины, причем никто из сопровождающих его лиц при этом не пострадал. После убийства Кирова руководящие работники Ленинградского НКВД были сняты с работы и подвергнуты очень мягким наказаниям, но в 1937 году были расстреляны. Можно думать, что их расстреляли затем, чтобы замести следы организаторов убийства Кирова».
Эти факты камня на камне не оставляли от официальной версии, согласно которой Кирова убили по приказу Троцкого, Зиновьева, Каменева, хотя на процессе двое последних признали причастность к убийству.
Охранник Борисов был допрошен в день совершения теракта. Из протокола допроса комиссара охраны Кирова — Борисова М. В. (1 декабря):
«В 4 ч. 30 м. приблизительно т. Киров один вышел из машины и пошел в здание обкома. В вестибюле я пошел сзади на расстоянии шагов 15. На этом расстоянии я шел до второго этажа. Когда я встал на первой лестнице, т. Киров уже был на площадке посередине между первым и вторым этажом, так я следовал за ним до входа на 3-й этаж. Добравшись до коридора, я шел по коридору от него на расстоянии 20 шагов. Не доходя двух шагов до поворота в левый коридор, я услыхал выстрел. Пока я вытащил револьвер из кобуры и взвел курок, я услышал второй выстрел. Выбежав на левый коридор, я увидел двух лежащих у дверей приемной т. Чудова. Лежали они на расстоянии ¾ метра друг от друга. В стороне от них лежал «наган». В том же коридоре, я видел, находился монтер обкома Платой. Тут же выбежали из дверей работники обкома. Их фамилии я не помню».