Мы не знаем, с какой целью продвигал Годунов Иова. Только ли как подходящую фигуру для схватки с Шуйскими и митрополитом Дионисием? Или это выдвижение было связано с желанием Бориса составить альянс с Романовыми: Иов был близок к ним с того времени, как служил архимандритом их родового Новоспасского монастыря. Как бы то ни было, даже после свержения митрополита Дионисия 13 октября 1586 года Годунову оказалось нелегко возвести на московскую кафедру своего ставленника.
Москва оставалась без митрополита почти два месяца. В своем завещании Иов утверждает, что стал митрополитом Московским и всея Руси 11 декабря. Однако, по другим сведениям, к 20 декабря митрополитом стал Иона, а Иов впервые упоминается как митрополит лишь 2 февраля следующего, 1587 года. Сан архиепископа Ростовского оказался для Иова лишь ступенькой к высшей власти в Русской Православной Церкви. Теперь Борис Годунов имел помощника, которому можно было доверять во всех начинаниях.
Несмотря на то, что Годунов впоследствии приложил столько усилий для создания российского патриаршества, ему отнюдь не нужна была сильная, самостоятельная Церковь. Еще в 1584 году был принят соборный приговор об отмене податных привилегий монастырей и иерархов (тарханов). Было подтверждено запрещение расширять церковные земли путем покупок и вкладов, держать крестьян-закладчиков. По обыкновению Борис Федорович представлял эти ограничения как временные, «покаместа земля поустроитца» (как и запрещение крестьянского выхода). Но важнее было то, что администрация строго следила за ограничением церковных владений: приток новых земель и крестьян в них практически прекратился.
Было, конечно, желательно, чтобы русский митрополит стал патриархом, да еще не последним в ряду патриархов Вселенской Православной Церкви. Но не случайно от имени царя Федора Иоанновича было открыто заявлено, что речь идет о конкретном человеке – Иове. Только и исключительно Иов был кандидатом в патриархи – и получил этот сан, несмотря на все трудности и потери.
Когда эпопея с учреждением Московской патриархии была завершена и Уложенная грамота о ней подписана, предполагавшаяся реформа епархий была прочно забыта. До подписания грамоты Иов возвел в сан четырех митрополитов, пятерых архиепископов и одного епископа на вновь открытую Псковскую епархию. На этом бурная деятельность нового патриарха по обустройству вверенной ему «отрасли вселенского православия» оборвалась.
Нижегородский архиепископ, упоминаемый в Уложенной грамоте, так никогда и не был поставлен. Правда, в Москве жил архиепископ Елассонский Арсений, служивший в Архангельском соборе, но шестым архиепископом русским его считать нельзя. Об этом свидетельствует сам патриарх Иов, в 1602 году учредивший шестую архиепископию в Астрахани (отобрав часть епархии у слишком влиятельного и деятельного архиепископа Казанского и Астраханского Гермогена).
Из восьми предполагавшихся при поставлении патриарха Московского епископий существовало две: с прежних времен – Коломенская и новая – Псковская. В связи с войной со Швецией Иов осилил еще учреждение Корельской епископий, не заботясь более об остальных пяти. «Честь» московский патриарх получал благодаря близости к власть имущим, а не силе церковной организации.
За пятнадцать с лишним лет своего патриаршества Иов совершил удивительно мало чисто церковных дел. Да и те имели, как правило, заметный политический крен. Летом 1588 года он соборно определил праздновать в память новоявленного чудотворца Василия Блаженного – юродивого, которому особо покровительствовал Иоанн Грозный. Осенью 1591 года был соборно установлен праздник памяти преподобного Иосифа Волоцкого – крупнейшего идеолога церковного стяжательства и государственной Церкви, врага инакомыслящих. Патриарх написал к этому дню – 9 сентября – канон и исправил службу. Хотя каждому из трех святителей московских – Петру, Алексею и Ионе – были установлены особые празднества, в 1595 году Иов решил, кроме того, поминать их всех вместе 5 октября: митрополиты создавали как бы фундамент власти московского патриарха.
Канонизация других святых производилась под явственным давлением «снизу». Энергичный казанский митрополит Гермоген «обрел» мощи казанских чудотворцев Гурия и Варсонофия, затем князя Романа Владимировича Углицкого и добился их всероссийской канонизации в 1595 году. Затем были установлены праздники святым, мощи которых открывали предприимчивые местные власти: Антонию Римлянину (1597 год); преподобному Корнилию Комельскому (1600 год).
При Иове и с его разрешения (впрочем, прежде разрешение было дано от царского имени) были перенесены в Соловецкий монастырь останки беззаконно убитого Иваном Грозным митрополита Московского и всея Руси Филиппа (1591 год). Соловчане и иные жители Русского Севера, избежавшие его участи, праздновали память святого 9 января. Однако патриарх и не подумал о всероссийском увековечении памяти человека, абсолютно чуждого ему по духу: человека, гражданина и созидателя. Иов был создан для «аппаратных» игр.
Услуги Иова понадобились правительству вскоре после его поставления. После того как кахетинский царь Александр, утесняемый сонмами турок и персов, умолил царя Федора Иоанновича принять его в подданство Российской державы, он в октябре 1588 года попросил также помощи Москвы «для исправления православныя христианския веры». Отказать только что принятому в подданство государю было невозможно. Правительство обратилось к патриарху, и тот написал два обширных и весьма ученых послания.
Обращаясь к царю Александру, Иов изложил ему символ веры, убеждая твердо его держаться, биться против ересей и еретиков, почитать родителей, а более них – духовных учителей. Значительно обширнее было второе послание Иова, адресованное кахетинскому митрополиту Николаю и всему Освященному Собору. Московский патриарх благословлял в нем всех адресатов и уведомлял об исполнении их просьбы: посылке из России четырех учителей богословия и трех иконописцев. Послание состояло из 6 частей, введения и заключения. «Знаем вас изначала, – писал Иов, – Божиею благодатию христианами, но не ведаем, откуда возникли у вас соблазны, так что ныне вы не во всем вполне держите христианскую веру и в немногом разделяетесь от нас. Внимайте же прилежно, в чем состоит истинная благочестивая православная вера».