Нельзя не отметить, что Д. И. Менделеев как настоящий ученый не считал, что он окончательно решил Данную проблему. В предисловии к своей книге он прямо указывал: "Вопрос совсем еще не ясен, никто и нитке о нем не говорит с определенностью, а потому для меня он был особенно интересен. Если я выставляю со своей стороны гипотезу образования нефти, то думаю при этом, что лучше нечто цельное, чем ничего. Таково свойство науки. Кому не понравится мое представление, тот подумает, пороется, может быть, сделает наблюдения и даст что-нибудь лучшее. Дело понимания тогда выиграет, а от него и практика".
Анализируя минеральную гипотезу Д. И. Менделеева, нельзя не отметить ее обоснованность аргументами, которыми располагала наука в то время. Действительно, ни для Апшеронского полуострова, ни для Пенсильвании никак не подходили представления об образовании нефти непосредственно из растительных остатков или из ископаемых углей. Для тех районов нельзя было принять и представлений об образовании нефти вследствие вулканической деятельности, поскольку в них не было и следов этой деятельности. Нефтяные месторождения в данных регионах были известны в основном только вдоль Кавказских и Аппалачских гор. И, наконец, по существовавшим в то время представлениям, Жизнь на Земле началась только с кембрийского периода.
Теперь же хорошо известно, что нефтяные месторождения в этих регионах распространены далеко от указанных хребтов, а организмы появились на Земле почти на 3 млрд. лет раньше, чем считали во времена Д. И. Менделеева. Вот почему можно не сомневаться в том, что, если бы Д. И. Менделеев располагал современной информацией, он ни за что не выдвинул бы своей "минеральной гипотезы".
Следует отметить, что появление "минеральной гипотезы" Д. И. Менделеева не внесло успокоения в умы всех занимающихся нефтяной геологией, а в определенной степени даже способствовало новой вспышке дискуссий о происхождении нефти. При этом данная гипотеза подверглась критике со стороны химиков и геологов: как сторонников органического происхождения нефти, так и сторонников ее неорганического происхождения. С критикой этой гипотезы выступили профессор Московского университета К. И. Лисенко в своей книге, опубликованной в 1878 году, а позже геологи В. Д. Соколов, Г. Гёфер, химики К. В. Харичков, К. Энглер и др.
В печати многих стран продолжалась публикация статей, в которых авторы предлагали различные варианты образования нефти как непосредственно из органического вещества растительного происхождения, так и из ископаемых углей. Английский исследователь К. Вуж в 1866 году высказал предположение об образовании нефти из морских водорослей, захороняемых в огромных количествах аналогично наблюдаемым в настоящее время в Саргассовом море.
В то время как Д. И. Менделеев, разрабатывая гипотезу неорганического происхождения нефти, использовал результаты экспериментов французских химиков, американские и немецкие химики . проводили опыты, подтверждающие органическое .происхождение нефти. В 1865 г. американцы К. Уоррен и Ф. Сторер получили из рыбьего жира путем дистилляции смесь углеводородов. Немецкий химик К. Готтлиб в 1875 году при перегонке высших жирных кислот получил углеводороды, среди которых были такие же, как и в американской нефти.
Под влиянием работ Г. Гёфера немецкий химик К. Энглер в 1888-1900 годах провел серию экспериментов по нагреванию рыбьего жира до температуры 320 °С и повышенном давлении, в процессе которых в полученных погонах обнаружил предельные (пентан, гексан, гептан, октан и нонан) и непредельные углеводороды. На основе информации об отсутствии растительных остатков и угля во многих месторождениях и наличии отпечатков и раковин организмов К. Энглер пришел к выводу об образовании нефти из остатков животных организмов. Источником углеводородов он считал жирные кислоты. Несколько позже, в 1900 году, К. Энглер признал возможность образования нефти из органического вещества диатомовых водорослей, но отрицал вероятность образования ее из наземной растительности.
В 1886 году К. Энглер в результате анализа информации по нефтяным месторождениям Апшеронского полуострова пришел к заключению, что, хотя нефть и содержится в "послетретичных образованиях" и существуют "грязевые вулканы", которые как будто бы лучше соответствуют "менделеевской теории", все же нефть имеет органическое происхождение.