Некоторые американские исследователи, в частности В. К. Иллинг, стали считать образование нефтепродуцирующих толщ в морских бассейнах скорее нормальным, чем экстраординарным процессом. Почти в каждом нефтегазоносном регионе были выявлены толщи темных, преимущественно глинистых пород, содержащих повышенное количество органического вещества, которые стали считать нефтепроизводящими. Так, в частности, в Прикарпатье к таким толщам начали относить менелитовые сланцы, в Калифорнии - сланцы Монтерей. Сведения о возможных нефтепроизводящих толщах стали даже включать в справочники, примером чего является изданный в 1938 году "Справочник по типичным американским нефтяным месторождениям".
Академик В. И. Вернадский, изучая геохимические процессы, протекающие в земной коре, все больше убеждался в огромном влиянии биосферы на состав горных пород и в 1934 году в своих "Очерках геохимии" писал "Путем геологических процессов вещество биосферы из нее уходит и проникает в более глубокие оболочки земной коры. Оно несет в них углистые остатки живого вещества; этим объясняется нахождение везде биогенного углерода: нет земной материи, его не заключающей".
Однако при всей определенности решения проблемы происхождения нефти в общем все же оставался ряд крупных невыясненных вопросов: во-первых, каким был механизм преобразования органического вещества в нефть, во-вторых, какие факторы вызывали развитие этих процессов и, в-третьих, почему при изучении современных ископаемых осадков не удается обнаружить начало образования углеводородов. Ввиду неразрешенности этих вопросов нельзя было установить диагностические признаки толщ, которые генерировали нефть и, следовательно, нельзя было использовать указанные Теоретические разработки для прогнозирования перспектив нефтегазоносности регионов.
Правда, в процессе исследований современных осадков удалось ответить на один из перечисленных вопросов. Так, в частности, советские химики под руководством Т. Л. Гинзбург-Карагичевой в 1934 году обнаружили углеводороды в современных илах Черного моря. К сожалению, это открытие не привлекло внимание исследователей, вследствие чего в вопросах и об источниках углеводородов, и о механизме их образования не было полного единодушия.
Большая группа американских ученых, под руководством Ж. М. Небеля проводившая исследования по специальной программе Нефтяного института США, пришла к выводу, что исходные углеводороды нефти синтезируются при процессах метаболизма, протекающих в растительных организмах (как морских, так и наземных), а концентрация и отбор этих углеводородов происходят в осадках по мере их погружения.
Были предприняты попытки возродить представления об образовании нефти из растительных организмов. В 1932 году американский химик К. Хэкфорд, проведя серию экспериментов, пришел к выводу о том, что нефть образуется из морских водорослей в результате кислотного гидролиза при низкой температуре, а в 1933 году немецкий исследователь Э. Берль также на основании опытов пришел к выводу, что нефть образуется из целлюлозы.
Советский геолог В. Б. Порфирьев в работах, опубликованных в начале сороковых годов, считал исходным веществом для образования нефти углеводы растительных остатков. Однако в конце этого же десятилетия он утверждал, что исходным материалом для образования нефти могут быть любые органические вещества как растительного, так и животного происхождения при обязательных условиях: накоплении этих веществ в гомогенной форме (подобно торфу) и прогреве до температуры порядка 300-500 °С. В результате образуется промежуточная гомогенная асфальтоподобная масса. В пятидесятые годы В. Б. Порфирьев от этих представлений отказался.
Американский исследователь У. А. Селвиг в 1950 году обратил внимание на то, что смолистые компоненты в нефтях формируются за счет лигнита в результате микробиальных процессов и бомбардировки альфа-частицами. Другой американский ученый К. С. Корбетт в 1955 году подсчитал, что ежегодно в мире реки вносят в океаны и моря около 137 млн. т органических веществ, которые могут служить источником для образования нефти.
В 1947 году американский микробиолог К. Е. Цо-Белл писал, что микробиальные процессы способствуют преобразованию органического вещества в нефть, так как в результате их жизнедеятельности образуется свободный водород.