В целом же в рассматриваемый этап господствовали представления об органическом происхождении нефти, и лишь отдельные авторы пытались отстаивать предположения о неорганическом ее происхождении. В США в 1940 году Е. Мак-Дермот опубликовал статью об образований залежей нефти из углеводородных газов, поднимающихся с больших глубин. Эта статья вызвала целую дискуссию в Американской ассоциации нефтяных геологов, причем точка зрения Е. Мак-Дермота не получила поддержки. В 1948 году американский геолог К. Ван-Остранд пытался возродить предположение В. Д. Соколова, но также не был поддержан ни одним из геологов-нефтяников.
Несмотря на единомыслие, установившееся в отношении источников образования нефти к концу рассматриваемого периода, к 1951 году в теории нефтегазовой геологии назрел своеобразный кризис, обусловленный двумя главными причинами. Во-первых, критерии, которые были установлены для нефтепроизводящих толщ в традиционно нефтеносных регионах (в СССР - на Кавказе, в США - в Пенсильвании), оказались непригодными для новых регионов (в СССР - для Волго-Уральской области, в США - для новых областей), во-вторых, не удавалось обнаружить углеводороды ни в современных, ни в более древних осадках, в связи с чем не было однозначных критериев нефтегазопроизводящих пород.
Указанный кризис в нефтегазовой геологии напоминал кризис в физике в начале XX века, когда у физиков "исчезла" материя, и В. И. Ленин в своей гениальной работе "Материализм и эмпириокритицизм" писал: ""Материя исчезает" - это значит, исчезает тот предел, до которого мы знали материю до сих пор, наше знание идет глубже..."[12].
Кризис в теории нефетегазовой геологии в определенной степени отражался и на практике проведения нефтепоисковых работ. Так, в частности, первые отрицательные результаты поисков нефти в Западной Сибири, Прибалтике и Белоруссии вызвали сомнения у многих геологов в целесообразности продолжения в этих регионах поисковых работ. Последствия этого кризиса особенно ощущались в течение следующего этапа, характеризовавшегося, с одной стороны, существенным расширением базы для гипотезы органического происхождения нефти и, с другой стороны, возрождениями представлений об ее неорганическом происхождении и проведением частых и широких дискуссий по данной проблеме.
VI этап (1951 год - настоящее время). Этот этап с полным правом можно назвать этапом становления теории органического происхождения нефти, или, как ее более правильно назвал Н. Б. Вассоевич, теории осадочно-миграционного происхождения нефти и углеводородных газов. Началом данного этапа следует считать 1950 год потому, что именно в этот год почти одновременно советскими и американскими учеными были обнаружены углеводороды в современных осадках.
В Советском Союзе в результате трехлетних исследований группой ученых под руководством В. В. Вебера были обнаружены углеводороды в современных осадках озер, лиманов и лагун, распространенных на Таманском полуострове. В. В. Вебер правильно оценил роль этих углеводородов, отметив, что "в данной ранней стадии превращения органического материала образование углеводородов проявляется еще в очень слабой степени, но тенденция к их образованию несомненна". Доказательством такой тенденции, по мнению В. В. Вебера, является увеличение абсолютного и относительного (в составе органического вещества) содержания углеводородов вниз по разрезу.
Американские исследователи под руководством П. В. Смита открыли углеводороды в современных осадках Мексиканского залива, прикалифорнийской части Тихого океана, дельты реки Ориноко, а также некоторых пресноводных бассейнов. После этих открытий углеводороды стали обнаруживать в осадках всех водных бассейнов. По подсчету П. В. Смита, количество углеводородов в современных осадках достигает 150 тыс. т в 1 км3, т. е. величины, почти равной их содержанию в осадочных породах богатых нефтеносных районов США, таких как Калифорния (180 тыс. т/км3). И хотя дальнейшие исследования показали, что углеводороды, содержащиеся в современных осадках, существенно отличаются от нефти, значение указанных открытий трудно переоценить. Они показали, во-первых, что углеводороды образуются в осадках из рассеянного органического вещества, состоящего из остатков растительных и животных организмов. Тем самым был положен конец продолжавшейся в течение более двух столетий дискуссии о том, какое органическое вещество может быть исходным для образования нефти. Во-вторых, оказалось, что процессы нефтегазообразования могут развиваться почти в любых субаквальных осадках и что для этого не требуется каких-то особых экстраординарных условий.