Елагин был богат, влиятелен, вхож в лучшие дома Петербурга, обласкан императрицей, но «ненасытимый червь любомудрия» не давал ему покоя. Сам Елагин пишет: «Сие рассуждение завело меня в новое о масонстве размышление. Стал я думать, нет ли в нем чего-нибудь им, яко знающим, притягательного, а мне, яко невежде, сокровенного?» Он стал искать людей, «состарившихся в масонстве», и, продолжает он: «Господь по великой милости Своей послал мне наставников». Елагин имеет в виду двух людей, сыгравших в его жизни значительную роль. Один — германский аристократ, сторонник немецкой системы «слабого наблюдения» в масонстве Иоганн фон Рейхель, впоследствии ставший его соперником. Вторым был его искренний и сердечный друг, крещеный польский еврей доктор Станислав Эли. Иван Перфильевич был человеком образованным, он превосходно владел немецким, английским, французским языками, много переводил. Но латынь он знал неважно, а греческий и древнееврейский были ему вовсе неведомы. Источники же мудрости, по мнению Елагина, были заключены именно в текстах на древних языках. Эли стал для него главным толкователем эзотерических текстов. Он открыл для него окно в мир «мудрости сокровенной»: сочинений древних и средневековых мистиков, алхимиков, текстов Каббалы.
Елагин хотел сделать труды древних мыслителей достоянием своих современников. Он замыслил издать пятитомный фундаментальный труд под названием «Учение древнего любомудрия и богомудрия, или Наука свободных каменщиков из разных творцов светских, духовных и мистических собранная и в пяти частях предложенная». Согласно плану автора, первая книга содержала историческое обозрение от Адама, Ноя, Авраама до рыцарских орденов Средневековья и различных «систем и училищ» Нового времени. Вторая книга должна была рассматривать Талмуд, Каббалу, учение о Сефирот и именах Божьих.
Третья — объяснение первых четырех степеней масонства, четвертая — объяснения пятой, шестой и седьмой степени. Пятая книга должна была содержать «доказательство, что есть Бог», тайну Творения, Воплощение Слова и падение человека. В заключение было обещано «показание» о Суде, Воскресении и Новом Иерусалиме. Елагин начал читать свое сочинение избранным братьям на заседаниях Капитула Феникса в 1786 году. Увы, грандиозный план остался неосуществленным: написаны были только три части в черновом варианте, четвертой нет вовсе, к пятой есть лишь отдельные наброски. Иван Перфильевич явно недооценил масштаб стоящей перед ним задачи. Но сам замысел как таковой не может не вызвать восхищения!
В 1770-е годы Елагин возвращается в ряды братьев. Он не стал бороться с негативными, на его взгляд, явлениями в российском масонстве того времени, а решил учредить сообщество лож, где все должно было полностью соответствовать его представлениям. Иван Перфильевич был сторонником шведской системы «строгого наблюдения» и начал с наведения порядка и установления дисциплины. Он лично возглавлял ложи «Музы» и «Урания» (в античной мифологии Урания — муза астрономии, ее атрибуты — небесный глобус и циркуль). Он видел свои ложи путеводной звездой для всех масонов Российской империи и желал их объединить «под своей рукой». Елагин прилагал для реализации своего замысла поистине титанические усилия. Он писал сотни писем братьям, состоящим в других ложах, уговаривал, льстил, угрожал, переманивал. Используя свой немалый опыт царедворца и придворного интригана, он добился того, что в 1782 году на Вильгельмсбадском (Германия) конгрессе европейского масонства ему было даровано звание Великого Мастера провинциальной ложи России. Это означало международное признание самостоятельности, авторитета и заслуг российского масонства.
Вернувшись на родину, Елагин повесил жалованную грамоту на самом видном месте в своем кабинете. Сторонники Ивана Перфильевича ликовали. Они сравнивали это достижение с дарованием автокефалии Русской православной церкви. Но, увы, и после этого у него оставались противники, не желавшие централизации лож в России и не признававшие в Елагине «самодержца и диктатора», каковым, как они писали, он себя самовольно назначил. В конце концов Елагин был вынужден примириться с тем, что вольнолюбивые каменщики не терпят единоначалия и желают, чтобы каждая «ложа была сама по себе и каждый брат наособицу».
Иван Перфильевич оставался верен братству до конца своих дней, даже в лихие 1790-е, когда после Французской революции 1789 года на российских масонов посыпались облыжные обвинения и обрушились репрессии. Августейшая правительница, увы, сменила милость на гнев, а многие братья предпочли прервать свои отношения с орденом.