Став епископом, умный и деятельный Климент учреждает епископат в Галлии. Во время разногласий между христианами в Коринфе он пишет им послание, названное впоследствии «великим и удивительным». Однако для христианства наступали уже нелегкие времена. В это время римским императором становится солдатский избранник Домициан, немедленно обрушивший на приверженцев Христа жесточайшие репрессии: христиан распинали, как рабов на крестах, травили диким зверьем, заживо бросали в кипящие котлы. Среди всей этой вакханалии смерти и ужаса Климент, как мог, спасал людей, пряча их и вывозя в глухие провинции. Чтобы ни один из стоических подвигов погибающих христиан не остался безвестным, он посылает во все части Рима своих писцов и те, рискуя быть убитыми, записывали все сведения о мученических кончинах христианских страстастерпцев. Не раз и не два Домициан, а затем и взошедший после него на императорский престол Траян, предупреждали строптивого брата-епископа, но тот был неумолим и продолжал свое дело.
Новый император-язычник не жаловал Климента. Чашу его терпения переполнило известие, что Климент убедил принять христианскую веру домашних самого императора. Убить популярного епископа в Риме Траян все же не решился, но велел сослать в таврические каменоломни, чтобы каторжным трудом сломить строптивца. Но и здесь Траян просчитался! Проводы Климента в неблизкий Херсонес превратились в мощную демонстрацию сплоченности последователей новой веры. Многие добровольно отправились в ссылку за своим пастырем.
Ко времени пребывания Климента в Херсонес, там, на каторжных каменоломных работах трудилось уже более двух тысяч христиан. Среди них были еще те, кто помнил посещение города апостолами во главе с Андреем Первозванным. Появление в Херсонесе Климента вселило в сердца этих людей надежду на лучшее. Предоставим здесь слово одному из биографов святого Климента: «…Близ места работ не было воды, вследствие молитвы св.
Климента, обще со ссыльными, Г осподь открыл источник. Предание указывает до сего времени на колодезь, находящийся между двух скал Инкерманской киновии, как на воду, чудесно явившуюся по молитве св. Климента: слухи об этом чуде распространились по всему Таврическому полуострову, и многие туземные обитатели приходили креститься, есть сказание, что св. Климент всякий день крестил до 500 язычников и число христиан до того множилось, что для них потребовалось устроить новые христианские общины (церкви), которых при жизни св. Климента считалось до семидесяти пяти».
Император Траян. II в.
Вдумайтесь! Еще не закончился первый век новой эры, а в Херсонесе было уже 75 православных церквей! И пусть эти большей частью домашние небольшие церкви были не чета сегодняшним, но все же цифра говорит сама за себя. Не это ли есть лучшее подтверждение особенной роли и особого места севастопольской земли в распространении христианства?
Источник, открытый Климентом, просуществовал до нашего времени. Исчез же он совершенно внезапно где-то в семидесятых годах нашего века. Почему так получилось, никто не знает. Быть может, тому виной интенсивные каменно-добывающие работы в Инкермане, а может то, был какой-то особый знак свыше, о чем-то предупреждающий нас. Может, в этом заключен тоже какой-то знак, понять и расшифровать мы пока, к сожалению, не можем?
Но вернемся к самому Клименту. Каторга есть каторга, а потому наряду со многими другими осужденными христианами епископ, обливаясь потом, рубил до изнеможения инкерманский известняк. Здесь же в одном из выбитых в скале храмов Климент и совершал большую часть своих богослужений. Сюда же к нему стекался народ.
Вскоре известия об успехах миссионерской деятельности Климента в Херсонесе дошли и до Траяна. Император был вне себя. Еще бы, на краю империи, вопреки всем смертям и расправам, вопреки всем его усилиям, множилась и процветала христианская община, предводительствуемая столь авторитетным пастырем, как Климент! Сам же город Херсонес на глазах превращался в настоящую христианскую цитадель, с каждым днем увеличивающую свою силу и мощь. Решение Траяна в отношении наказания упорного епископа было на этот раз предельно кратким – смерть! Не доверяя местным херсонесским трибунам, Траян посылает в город одного из своих ближайших соратников легата Анфидиона с отрядом отборнейших легионеров. Едва ступив на Херсонесскую пристань в Карантинной бухте, Анфидион начинает действовать. В первую очередь легионеры хватают епископа, одновременно начинаются и массовые избиения остальных христиан. Затем Климент был под усиленной охраной посажен в лодку и вывезен в нынешнюю Казачью бухту (подальше от города). К шее первосвященника привязали тяжелый корабельный якорь. После чего Климент был сброшен в воду и утоплен. Говорят, что последними словами, которые погибающий пастырь успел выкрикнуть, были слова из «Апокалипсиса»: «Се гряду скоро и возмездие мое со мной, чтобы воздать каждому по делам его…»