Беда нагрянула оттуда, откуда не ждали. Никон вроде бы предусмотрел все. И фортуна святейшему как будто тоже благоволила. По крайней мере, до лета. Самая хорошая нечаемая новость весной приспела из Спасо-Каменного монастыря. Неронов чрезмерной ревностью к благочестию «достал» архимандрита Александра. До знакомства с лидером радикального движения тот сочувствовал «боголюбцам». Ссылку опального протопопа к нему в обитель почел за честь. Отца Иоанна не приютил, а окружил всяческой заботой, как самого дорогого гостя: и келью подобрал просторную, и войлок на полу постелил лучший, и слугой снабдил, а о питании и говорить нечего — «ис поварни прибавочныя ествы» приносились регулярно. Понятно, что о соблюдении «епитимий», назначенной патриархом (в хлебне муку сеять), никто и не заикался. Какая мука, когда монастырь наводнили ходоки «от всех четырех стран» (сторон света). «Многих градов люди и дворяня» шли к Неронову за праведным словом, и архимандрит Александр, вероятно, гордился тем, что его заштатное хозяйство вдруг превратилось в столицу оппозиционной России.
Правда, порядки в «столице» идеально благочестивыми не были. И пьяные водились, и постились с нарушениями, и богослужение велось не как надо. Разумеется, дотошный вождь «боголюбцев» занялся искоренением недостатков, деликатно обращая внимание архимандрита на них. Александру это не очень нравилось, но из уважения к «узнику» он распоряжался об исполнении слезных молений. В середине января архимандрит по каким-то нуждам уехал из монастыря на полтора месяца. Вернулся к 25 февраля (7 марта) и обнаружил раскол среди монахов на тех, кто постится по Неронову (с неупотреблением рыбы), и противников сего самоистязания. К протопопу примкнуло большинство, даже келарь Феодосии, почему меньшинству рыба просто не выдавалась. Александр хотел отменить произвол, да Неронов «умолил» не настаивать на «рыбном столе». И архимандрит, хозяин монастыря, тогда разнес запретное блюдо потихоньку по кельям всем желающим. На том сочувствие «боголюбцам» у него и закончилось. А образовавшееся двоевластие Александр ликвидировал 24 марта (3 апреля) 1654 г. После службы предложил монахам выбирать между Нероновым и официальными «властями», то есть пятью попами и двумя дьяконами, выступившими с архимандритом единым фронтом. Они отца Иоанна невзлюбили за вечные придирки и планы расширить их круг обязанностей. Монахи на открытый бунт не осмелились, после чего в обители возродился привычный образ жизни. Неронова, дабы больше не смущал никого, заперли в одиночной келье и никуда не пускали, даже в церковь. Несчастного келаря Феодосия, не раскаявшегося, избили и посадили на цепь.
В письме Неронова Алексею Михайловичу от 27 февраля (9 марта) есть такой пассаж: «И еще тя молю, государь, помилуй грешника. В пустыню всемилостиваго Спаса, к моим родителем, ослободи мя, плаката мою грешную душу». Судя по описанию игумена Феоктиста, рыбный скандал в Спасо-Каменном монастыре случился в субботу третьей недели Великого поста, то есть 25 февраля (7 марта) 1654 г. Не ссора ли с архимандритом Александром и понимание своей уязвимости побудили протопопа просить царя о другом пристанище? Молодой государь не откликнулся. А Никон не замедлил, прочитав «клевету» Спасо-Каменного архимандрита. Еще бы. Неронов собственными руками из друга «боголюбцев» сотворил врага (в 1655 г. Александр станет епископом Коломенским, в 1657 г. — первым Вятским епископом). Почему же не продолжить полезное начинание в ином монастыре? Только где-нибудь на отшибе московского государства, чтобы поклонники Неронова не стекались туда потоком, а конспиративная корреспонденция добиралась до адресата максимально долго. Двум этим условиям вполне отвечал Кандалакшский Рождественский монастырь, в верстах двухстах от Колы (ныне Мурманск). Туда патриарх в середине июня 1654 г. и велел перевести протопопа.
1 (11) июля архимандрит Александр получил патриарший указ, быстро собрал Неронова в путь, и 11 (21) или 12 (22) июля отец Иоанн приехал в Вологду. Здесь, во-первых, встретился с Логгином из Мурома, во-вторых, на другой день по приезде в соборной церкви произнес эмоциональную проповедь против «новых еретиков» — Никона и иже с ним. Разумеется, помощник воеводы дьяк Савва Завесин в считаные часы выпроводил знаменитость из города. Впрочем, протопоп умудрился выкроить время, чтобы написать воззвание к «царствующаго града Москвы и прочих градов и всех купно стран братии» от 13 (23) июля. А в нем завещал «боголюбцам» стоять до конца в своих убеждениях: «Возмогайте же о Господе, молю вас, в державе крепости его!»
Тем не менее ссылка за полярный круг лидера больно била по всей партии «ревнителей старины», и Никон оправданно надеялся на заметное ослабление оппозиционного нажима осенью, когда с Московского печатного двора по приходам всех «четырех стран» русской державы повезут тираж новоизданных «Служебника» и «Скрижали». Широкая презентация двух книг, в прямом и переносном смысле, последовала бы сразу за приемом патриархом «сеунчика» из главной армии с известием о капитуляции Смоленска. Что ж, «сеунчик» — стольник Юрий Иванович Ромодановский — с доброй вестью из Смоленска поскакал 23 сентября (3 октября) 1654 г. Правда, не в Москву, а в окрестности, на перехват царской семьи, два месяца кочевавшей из села в село, из монастыря в монастырь.
10 (20) июля 1654 г. в реляции Иоганна Родеса появился тревожный постскриптум: «Около 14 дней тому назад двор боярина Василия Петровича Шереметева… был окружен сильной стражей, потому что в нем в короткое время умерло друг за другом свыше 30 человек. Сначала на это не было обращено внимания… но через некоторое время то же самое обнаружилось в других местах… в разных домах и дворах, и вчера 2 боярских двора были заперты и к ним поставлена сильная стража, и снаружи… дворы вымазаны дегтем и ворванью. Так что теперь достаточно очевидно, что это — чума, которая начинает свирепствовать в этих местах». Болезнь распространилась по Москве стремительно. Смертность росла день ото дня. Угроза нависла даже над царской семьей. Потому Никон, как бы ни хотел того, а 24 июля (3 августа) покинул столицу, увозя царицу, царевича и царевен «в Троицкой Сергиев монастырь от морового поветрия».
А что означала эвакуация из Москвы Романовых? Сигнал к массовому бегству. За стены Земляного вала бросились все, кто мог. Кто не мог, забаррикадировались за высокими заборами и молились о спасении. Беднота во всем винила патриарха, который еще в безмятежную пору первых дней июля задумал изъять и публично сжечь религиозную живопись, исполненную в европейской (французской или польской) манере. Стрельцы успели только перепугать москвичей внезапными обысками домов, а слуги на патриаршем дворе выскребсти несколько «лиц» на конфискованных иконах. Красочному аутодафе помешал страшный мор. Горожане сперва перешептывались о каре Господней за святотатство, а 25 августа (4 сентября) взбунтовались и потребовали ответа у светской власти — бояр М.П. Пронского и И.В. Хилкова, а кроме того, помянули недобрым словом Арсения Грека. Похоже, в толпе преобладали прихожане, внимавшие проповедям нероновцев. К счастью, не бояре воевали с ликами святых и реабилитировали «чернеца». А тот, кто столь неуклюже порадел о чистоте православия, как и не причастный к иконоборчеству «киевлянин», отсутствовали. Пошумев, недовольный люд разошелся.