Первая из-за пошлины на «ставленую грамоту» дьякону Никите Митрофанову. Симон обязал протеже «боголюбца» оплатить ее, как полагается, хотя Неронов хлопотал об исключении из правил. Дальше — больше. Иерарх запретил старцу «служить по старым служебником», напечатанным до Никона. Естественно, Григорий заартачился, и архиепископ призвал в арбитры двух старших коллег — митрополитов Ростовского Иону и Крутицкого Павла (в августе 1664 г. Питирим пожалован в митрополиты Новгородские). Но и им Неронов заявил, что по книге патриарха служить не будет. Чем не основание, чтобы «указ учинить» против инока, из-за которого «на Вологде… многой раскол и раздор»?
Указ учинили 21 (31) августа 1665 г. Государь дождался, когда лидер оппозиции и глава Вологодской епархии, покинувший Москву 17 (27) декабря 1664 г., крепко рассорились в отдалении от столицы, у себя на Вологодчипе, после чего применил к смутьяну силу: поместил под надзор в монастыри — с августа в Горицкий в Переславль-Залесском, потом в вологодские Спасо-Прилукский и Спасо-Игнатьевский, а с марта 1666 г. в Иосифо-Волоцкий монастырь. Оттуда опального проповедника прямиком отослали в Москву на собор, расправлявшийся с партией «боголюбцев».
Алексей Михайлович усвоил уроки Медного бунта очень хорошо. Те, кто не погнушался во имя светлой идеи погнать на смерть несколько тысяч соотечественников и, спрятавшись за чужими спинами, подстрекал к убийству любимца царя, не просто утратили чувство меры, а выродились в фанатичных миссионеров, способных на все. Наличие такой партийной структуры реально угрожало основам московской державы. Уничтожить это государство в государстве надлежало в любом случае. С помощью «пряника» при потере Украины, опираясь на «кнут» при сохранении «черкасе». 1664 г. обозначил, к какому варианту лучше прибегнуть. Вполне логично, что монарх в первую очередь позаботился об осторожном лишении «чудовища» головы. С полгода колебался, в какой из обителей старца изолировать от сотоварищей на период процесса. В конце концов остановился на волоколамской, куда Неронова и привезли 14 (24) марта 1666 г.
Между тем в течение зимы арестовали и доставили в Москву всех видных соратников лидера «боголюбцев». В Хлынове (Вятке) у «секретаря» организации — игумена московского Златоустовского монастыря Феоктиста — изъяли богатый «партийный» архив, который, конечно же, приобщили к делу, благодаря чему тот сохранился и в XIX веке попал в поле зрения историка Н.И. Субботина. Местный архиерей — епископ Александр, заподозренный в сочувствии старообрядцам, пережил четыре тревожных месяца, готовясь к самому худшему — лишению сана. Однако все обошлось. Алексей Михайлович удовлетворился публичным актом отрицания Александра Вятского от благочестивой ереси.
Священный собор, призванный развенчать авторитет «боголюбцсв», открылся в феврале 1666 г. (точная дата неизвестна). На нем присутствовали пять митрополитов (Питирим Новгородский, Лаврентий Казанский, Иона Ростовский, Павел Крутицкий, Феодосии Сербский), пять архиепископов (Симон Вологодский, Филарет Смоленский, Илларион Рязанский, Иоасаф Тверской, Арсений Псковский), епископ Александр Вятский (с момента оправдания), семь архимандритов (Иоасаф из Троице-сер-гисвского, Иоасаф из Ново-Сиасского, Феодосии из Юрьевского в Новгороде, Мисаил из Преображенского в Казани, Иосиф из Сиасо-Хутынского, Арсений из Знаменского, Варфоломей из Соловецкого), игумен Николо-Угрежского Викентий. На первых заседаниях они решили вопрос принципиальный: признали греческие обряды, греческие богослужебные книги истинно православными и подтвердили правоту собора 1654 г., внесшего в русскую церковную печать соответствующие поправки.
29 апреля (9 мая) в Столовой палате царского дворца государь, предваряя главное событие, произнес речь «о утолении мятежа церковного» и зачитал всем «богодухновенную книгу, Хризовул именованную», посвященную «символу православия». Так он напутствовал высшее духовенство на нелегкий труд переубеждения отступников. Два месяца иерархи разбирались с каждым «ревнителем» в отдельности. Епископ Александр Вятский, протопоп Аввакум, суздальский поп Никита Добрынин, дьякон Благовещенского собора Федор, старец Ефрем Потемкин, иеромонах Сергий Салтыков, некогда поп в Романове-Борисоглебске Лазарь, патриарший подьяк Федор Трофимов, поп Богородицкой церкви в селе Лысково Аврамий, чернец Антоний, в прошлом архимандрит Спасского монастыря в Муроме и, наконец, иеромонах Григорий Неронов с игуменом Феоктистом. Замыкал цепочку старец соловецкий Герасим Фирсов.
Судя по протоколам, «аудиенции» в Крестовой палате патриаршего дворца не удостоились три старца — Савватий Башмаков, Серапион, ранее смоленский протопоп, и Герман из-под Симбирска. Похоже, ими высокая комиссия не очень интересовалась. К тому же все трое раскаялись, как и большинство из вышеперечисленных (кто сразу на соборе, а кто после не длительных раздумий в монастырских кельях, как Никита Добрынин). Заупрямились четверо — Аввакум, Лазарь и оба Федора. Всех раскаявшихся ожидала епитимья в какой-либо из обителей. Салтыкова — в Бизюковой, Феоктиста — в Покровской, отстроенной Ванифатьевым, Антония — в Кирилло-Белозерской, Герасима Фирсова — в Волоколамской Иосифовой.
Туда же вернулся и Григорий Неронов, отрекшийся от прежних взглядов и устно, и письменно 1 (11) июля 1666 г. Многие считали, что предводитель смалодушничал. Неверно. В отличие от непримиримого квартета, поднаторевший в политике монах еще в 1662 г. понял, что напрасно не послушался в 1655 г. отца Стефана. Ванифатьев оказался мудрее, признав поражение сразу. Неронов спорил с ним почти десять лет, не брезговал ничем во имя победы, но все равно проиграл. И когда Алексей Михайлович в 1665 г. подверг его превентивной опале, он не сопротивлялся, о побеге и возобновлении борьбы явно не думал. Идеалам, разумеется, не изменил, однако навязывать их другим отныне не имел желания. Да и возраст напоминал о себе (семьдесят пять лет!). Теперь порядок в монастыре, в который попал весной 1666 г., чернеца Григория волновал больше, чем будущее «боголюбцев» или исконность православных обрядов. Потому и в Великую субботу 1666 г. мог прикрикнуть в церкви на монахов, мешавших суетной болтовней архимандриту читать вслух Деяния апостолов, обозвать нечестивцев бесами.
С 31 августа (11 сентября) 1666 г. Неронов во исполнение соборного вердикта состоял «подначальным» старцем, то есть без права участвовать в службе, покидать монастырь и, вообще, быть без присмотра. Вытерпев полгода сего режима, он обратился к Алексею Михайловичу и вселенским патриархам Паисию Александрийскому и Макарию Антиохийскому, приехавшим в Москву, с мольбой о милосердии, признаваясь, что «доселе держах прежния псчатныя книги, Служебники и Потребники, а новопечатных не хулих до сего собора, токмо не приимах». Увы, эффект челобитная произвела не тот, на какой уповал автор. Свободы монах после беседы с патриархами не обрел. Зато в сентябре того же 1667 г. удостоился перевода в Переславль-Залесский Данилов монастырь «на обещание ево… в рядовой братии», в тот самый, где в 1655 г. принимал постриг. К счастью, узник сообразил, что никакое прощение нереально, если не поговорить начистоту, по душам с самим гонителем, Алексеем Михайловичем.
Знаменательная встреча произошла 25 сентября (5 октября) 1668 г. в Троице-Сергиевой лавре перед литургией. Неронов поднес царю некое письмо. Тот прочел и амнистировал чернеца. О чем исповедался на бумаге государю старец Григорий, тайна, о которой оба предпочли умолчать. В «житии» Неронова царская милость объясняется тем, что монарх не ведал о злоключениях легендарного инока. Ну а мы можем лишь гадать о том, какое откровение побудило Алексея Михайловича поверить в то, что Неронов действительно раскаялся и более не намерен смущать умы россиян. Не подоплеки ли Медного бунта оно касалось?