Находя эти уступки недостаточными, император созвал епископов на собор 17 июня 1811 года. Это собрание сперва выказало упорное неповиновение воле императора.
Наполеон не знал, как сильно подчинено было римскому господству всё духовенство. Он приостановил собор после первого же заседания и велел арестовать турского, гентского и турнейского епископов. Новое собрание было назначено на 5 августа в архиепископском дворце в Париже, и тут решение епископов было поставлено согласно воле императорского правительства. Пий VII вопреки всеобщему ожиданию не восстал против этого и ловко сумел признать то, чего всё равно не мог бы отменить, он объявил, что разделяет мнение прелатов, и собственным указом узаконил новое постановление, он написал даже письмо к Наполеону, в котором, называя его своим возлюбленным сыном, умалял его не противиться примирению.
Скоро возникли новые недоразумения опять по поводу конкордата, который Наполеон хотел распространить на всю территорию Французской империи со включением Голландского и Итальянского королевств, прирейнских провинций и даже самого Рима, который составлял в то время также часть французских владений.
20 июля 1812 года папа Пий VII был сослан и заключён в Фонтенбло. Кардиналы разделились на две партии: одна составилась из тех членов святейшей коллегии, которые присутствовали при бракосочетании Наполеона, и называлась красной, другая — из тех, которые этому воспротивились, и называлась чёрной, потому что император лишил их красных кардинальских мантий. Только первые имели теперь право доступа к святому отцу.
Возвратившись из похода на Россию, Наполеон посетил папу в Фонтенбло и предложил ему заключение нового конкордата на следующих условиях:
«Пий VII пользуется, подобно своим предшественникам, духовной властью над Францией и Италией; послы и вообще все представители других государств при святейшем престоле составляют дипломатический корпус. Все не захваченные ещё владения папы остаются его собственностью и управляются его агентами; в вознаграждение за утраченные владения папе предоставляется ежегодный доход в два миллиона франков.
Император имеет право назначать на вакантные духовные должности в продолжение шести месяцев, причём архиепископы должны наводить необходимые справки относительно избранного лица. Папа рукополагает его в течение следующих шести месяцев после назначения, а в противном случае это предоставляется старшему архиепископу или митрополиту государства; центром религиозной пропаганды, разрешения важнейших грехов и всех архивов будет место пребывания папы, но папа отказывается от главенства Рима и согласится перенести святейший престол во Францию». Этот договор был подписан 25 февраля 1813 года. По этому случаю при дворе происходили празднества. Пий VII обнял и поцеловал Наполеона, несмотря на то что последний не был ещё разрешён от отлучения, которому подвергся. Кардиналы-министры были освобождены, получили дозволение явиться к папе, и интриги снова возобновились.
Кардиналы Пакка и Голзальки испугали первосвященника важностью конкордата, который он подписал, и убедили его отказаться от своего собственного договора.
Известна декларация, которой папа, два месяца спустя после заключения договора, протестовал против его содержания, утверждая, что только дух тьмы — сатана мог подсказать ему эти пункты.
Императорский декрет несмотря на это подтверждал конкордат. Раскол и страшное смятение угрожали бы Церкви, если бы важность политических событий не отвлекла внимание всей Европы. Франция в борьбе с коалиционными державами не могла долее с безопасностью для себя держать в своём центре яблоко раздора. Наполеон выслал в Рим первосвященника, которого упорство и недоброжелательность принесли столько вреда самой религии.