Тогда Лютер, вместо того чтобы обличать злоупотребления индульгенций, как он это делал прежде, стал нападать на самые индульгенции.
Папа Лев X, встревоженный успехами нового учения, звал Лютера в Рим, но молодой профессор не поехал туда, вспомнив Яна Гуса и костёр, на котором он погиб.
Папский легат, кардинал Каэтан, в 1528 году прибыл в Аугсбург с целью предложить Лютеру отречься от своего учения и тем покончить всё дело; по этому поводу возникли жаркие прения. Лютер, опасаясь папских козней, тайно покинул Аугсбург, опубликовав предварительно воззвание к папе.
На следующий год он в Аугсбурге возбудил новые прения с папским нунцием Миттицом. Миттиц действовал очень хитро и обдуманно, с целью подчинить Лютера святейшему престолу, но Лютер твёрдо стоял за проповедываемое им учение. Между тем он послал папе письмо, в котором, уверяя его в своём глубоком к нему почтении, советовал приняться за столь необходимое преобразование Церкви.
В 1520 году святейший престол издал буллу, отлучавшую от Церкви Лютера и его последователей; в Риме, Кёльне и Лувене были сожжены рукописи Лютера; он же в свою очередь 10 декабря 1520 года в Виттенберге в присутствии учеников и профессоров университета и при громадном стечении народа сжёг буллу Льва X со всеми папскими постановлениями.
Лютер объявил во всеуслышание, что папа греховный человек-антихрист, о пришествии которого было предсказано в Ветхом завете; он убеждал высшее духовенство сбросить с себя это постыдное иго и радовался, что навлёк на себя гнев Рима, защищая человеческие права.
Первый шаг к Реформации был сделан.
Немецкая аристократия предложила Лютеру убежище в своих замках, но он стоял выше всякого страха.
4 апреля 1521 года, несмотря на опасность, которой подвергался, он приехал в Вормс и вошёл в город, сопровождаемый толпой пеших и конных.
17 апреля на сейме он энергично защищал основные догматы своего учения в присутствии императора Карла I, шести курфюрстов, двадцати четырёх герцогов, семи маркграфов, тридцати прелатов, синьоров, графов и посланников. По окончании сейма он получил позволение уехать, но спустя несколько дней, императорским указом, с согласия собрания, был осуждён на смерть. Саксонский курфюрст, самый ревностный из покровителей Лютера, спас его, укрыв в своём Вартбургском замке; Лютер называл это убежище своим Патмосом, подразумевая остров, на который был сослан Святой Иоанн.
В этом замке написал он несколько серьёзных сочинений и покинул его лишь для усмирения своих последователей, пылкое рвение которых могло повредить успеху его предприятия.
План его преобразований был окончен, оставалось только привести его в исполнение; с этой целью Лютер отправился в Виттенберг.
В 1523 году он изменил литургию и уничтожил все церковные обряды, казавшиеся ему излишними. Он издал трактат «общей государственной казны», в силу которого все монастыри, епархии и аббатства должны были вносить свои доходы в общую кассу. Немецкое духовенство, соблазнённое богатой добычей, приняло учение Лютера. Секуляризация монастырей довершила этот ряд преобразований. 11 июня Лютер расстригся и вступил в брак с монахиней Катериной де Бор.
В Германии преобразование совершилось по образцу, данному Лютером, но он был виновен в беспорядках и кровавых стычках анабатистов, действовавших под влиянием Сторка, Мюнцера и Иоанна Лейденского.
К большому таланту и крепкой организации Лютер присоединял необыкновенную деятельность. Он совершил громадные работы в непостижимо короткое время; замечательно, что характер его среди всех этих многочисленных трудов оставался постоянно спокоен и весел. Ему нравились самые незатейливые удовольствия; во время самой отчаянной борьбы он продолжал заниматься музыкой, играл на флейте и арфе, сочинял, и знаменитый музыкант Гендель хвастался, что разучивал музыкальные произведения Лютера. Здоровье Лютера было сильно потрясено борьбой и невзгодами; он умер 18 февраля 1519 года в Эйслебене, в возрасте 63 лет. Ни на кого так много не клеветали, как на Лютера; его упрекали в жестокости по отношению к Цвингли. Лютер признавал действительность присутствия в таинстве евхаристии, Цвингли же со злобой отвергал это учение. Лютер отнёсся к нему с таким же негодованием, как относился к папе и английскому королю Генриху VIII.
Говорили, будто бы Лютер верит в дьявола, так как он часто упоминал о нём в своих сочинениях; нелепости эти проистекают от убеждений, верований и обычаев того времени, которые и были, вероятно, причиной грубых и тривиальных нападок на Лютера. О Лютере ходят самые нелепые рассказы. Говорят, что он был плодом союза его матери с чёртом и, заглушив голос совести, сделался атеистом; что из ста лет, прожитых им на земле, он за десять лет приятной жизни променял Царство Небесное. Встречались люди, утверждавшие, что Лютер не признавал бессмертия души и имел самые низкие и плотские понятия о загробной жизни, что он сочинял гимны в честь пьянства, богохульствовал над Священным писанием и особенно над Моисеем и будто бы говорил, что не разделяет убеждений, которые проповедует.