На окраинах государства начались восстания против царя. Имя «царя Дмитрия», чудесным образом вновь восставшего из мертвых, стало знаменем, объединившим всех недовольных воцарением боярского государя. Вскоре появился и вождь – бывший боевой холоп Иван Болотников, принявший имя воеводы «царя Дмитрия».
Успехи Болотникова впечатляют. Через несколько месяцев он стоял уже под стенами Москвы и угрожал царскому войску, обессиленному дезертирством и плохим командованием. Но счастье оказалось на стороне Шуйского. В мятежной армии произошел раскол, и вожди рязанского дворянского ополчения, составлявшего значительную часть восставших, Истома Пашков и Прокофий Ляпунов, во время решающих сражений под Москвой перешли на сторону царя. Болотников был разбит и отступил к Калуге, откуда перешел в Тулу. Царь Василий проявил мудрость и стремление к примирению – сложившие оружие казаки Болотникова были приняты на государеву службу и получили жалованье. Но «воры», взятые в плен в бою, были утоплены. Осадой Болотникова в Туле руководил сам царь. Мятежники отчаянно оборонялись, нанося значительный урон вражеской армии, но через несколько месяцев осады в городе начала сказываться нехватка съестных припасов, а затем наступил голод. «Жители поедали собак, кошек, падаль на улицах, бычьи и коровьи шкуры», – пишет участник тульской обороны К. Буссов. По совету муромского дворянина Фомы Кравкова осаждавшие преградили течение реки Упы, и Тулу стала заливать вода.
Положение болотниковцев стало отчаянным, вода залила остатки съестных припасов, началось дезертирство и возмущение против руководителей обороны – Болотникова и его союзников. Защитники крепости вынудили Болотникова вступить в переговоры с Шуйским и капитулировать. Царь обещал вождям восставших неприкосновенность, но не сдержал своего слова – все они были казнены.
Едва очаг смуты, полыхавший в Туле, был с большим трудом затушен, как пламя мятежа разгорелось на окраинах государства. Терские казаки, создавшие Лжепетра, выдвинули нового самозванца – «царевича Ивана-Августа», «сына» Ивана Грозного от брака с Анной Колтовской. Этому самозванцу покорились Астрахань и все Нижнее Поволжье. Вслед за ним появился «внук» Грозного, «сын» царевича Ивана Ивановича «царевич Лаврентий». В казачьих станицах самозванцы росли как грибы: явились «дети» царя Федора – «царевичи» Симеон, Савелий, Василий, Клементий, Ерошка, Гаврилка, Мартынка. Но главную опасность представлял появившийся в Литве зимой 1607 г. новый «царь Димитрий», вошедший в историю как Лжедмитрий II, или Тушинский Вор.
Самозванец выступил в поход в сентябре 1607 г. и двинулся на помощь осажденной Туле. В день ее капитуляции он находился уже в Козельске, но успел оказать помощь осажденным и в страхе перед царским войском бежал на Северщину. Весною 1608 г. самозванец выступил в поход на Москву. Главнокомандующим армии из казаков, поляков и уцелевших болотниковцев стал литовский магнат князь Роман Рожинский. Начальствовали над казаками полковник Александр Лисовский и атаман Иван Заруцкий. Разбив под Болховом армию, которой командовал брат царя боярин Дмитрий Шуйский, самозванец подошел к Москве и стал лагерем в Тушине, от чего и получил от современников прозвание Тушинского Вора.
Началось длительное противостояние между Лжедмитрием II и Василием Шуйским. Москва оказалась в кольце осады, правда, не сомкнутом. Между враждующими лагерями происходили жестокие бои, но далеко не все москвичи проявляли желание умирать за царя Василия. Из Москвы в Тушино начали перебегать князья, стольники, служилые люди, дьяки.
Царь Василий пытался остановить измену. Он предложил служилым людям либо оставаться в Москве и целовать крест в знак своей верности, либо честно оставить осажденный город и перейти в Тушино, но не бежать обманом. Многие изъявили желание умереть за царя, но уже на другой день некоторые из клявшихся быть верными Шуйскому отъехали в Тушино. Попытка сплотить служилое сословие оказалась неудачной. В то же время на стороне Шуйского активно выступал патриарх Гермоген, рассылавший по городам грамоты с призывами служить истинному царю и не уклоняться на вражескую прелесть. Пока Тушинский Вор стоял под Москвой, его войска грабили страну, совершая дальние походы на северо-восток. На сторону самозванца перешли или были взяты города Переславль, Ярославль, Кострома, Вологда, Владимир, Суздаль, Муром, Касимов, Арзамас и другие.
Василий Шуйский обратился за помощью к шведскому королю Карлу IX. В Новгород для переговоров со шведами был послан родственник царя – молодой князь Михаил Васильевич Скопин-Шуйский (сын князя Василия Федоровича, руководившего псковской обороной наряду с князем И. П. Шуйским), успевший к тому времени проявить себя как талантливый воевода. Ему удалось привлечь на русскую службу наемную армию в 15 тысяч шведов, немцев, шотландцев и других выходцев из Западной Европы и собрать в северных областях русское ополчение в 3 тысячи человек.
10 мая 1609 г. он двинулся из Новгорода «на очищение Московского государства». Но перед этим посланные Скопиным-Шуйским воеводы сумели отбить у тушинцев Вологду, Ярославль и некоторые другие северные города. В нескольких боях Скопин-Шуйский разбил главные силы Тушинского Вора. По пути следования Скопина-Шуйского к Москве его армия пополнялась отрядами из освобожденных городов. Тушинский гетман Ян Петр Сапега, опасаясь наступающего русского войска, снял осаду с Троице-Сергиевого монастыря, в жестоких боях и штурмах длившуюся почти четыре месяца.
12 марта 1610 г. князь М. В. Скопин-Шуйский вступил в Москву и был встречен ликующим народом. Но среди торжествующей толпы сердце одного человека наполнялось злобой и ненавистью. Это был князь Дмитрий Иванович Шуйский – брат царя и бесталанный воевода, проигравший множество сражений. Он обоснованно опасался молодого воеводы – в случае смерти бездетного царя Василия князь Дмитрий должен был занять трон, но огромная популярность Скопина-Шуйского внушала царскому брату опасение, что народ провозгласит его наследником, а затем и царем. Некоторые источники свидетельствуют, что и сам царь Василий опасался Скопина-Шуйского.
Подробно излагает дальнейшие трагические события «Писание о преставлении и погребении князя Скопина-Шуйского», согласно которому, на крестинах княжича Алексея Воротынского крестная мать – «злодеянница» княгиня Екатерина Шуйская (как уже говорилось выше, она была дочерью Малюты Скуратова) – поднесла своему куму – князю М. В. Скопину-Шуйскому – чашу с ядом. Молодой полководец проболел несколько дней и скончался 23 апреля 1610 г. С плачем и криками толпы народа проводили тело князя на погребение в царскую усыпальницу – Архангельский собор. Царя, и прежде не пользовавшегося особой любовью, со смертью Скопина-Шуйского стали ненавидеть как виновника его гибели.
Тушинский стан со смертью Скопина-Шуйского ободрился. Но Лжедмитрий II, как и Василий Шуйский, чувствовал себя неуютно в своей «столице». В сентябре 1609 г. король Сигизмунд III объявил войну России, заключившей союз с его злейшим врагом и племянником – шведским королем Карлом IX, лишившим Сигизмунда шведского трона. 1 октября король появился под стенами Смоленска, и началась героическая оборона этого города, которую возглавлял боярин Михаил Борисович Шеин.
Постепенно среди поляков, окружавших самозванца, возник план: передать его в руки короля, а самим выступить на стороне Сигизмунда III и добыть ему или его сыну Владиславу московскую корону. Поляки и некоторые русские тушинцы вступили в переговоры с королем. Самозванец подвергся домашнему аресту, но сумел бежать из Тушина в Калугу, где вновь привлек к себе множество сторонников – казаков, русских и часть поляков – и повел войну уже с двумя государями: царем Василием и королем Сигизмундом. Тушинский стан опустел, сторонники короля уехали к нему под Смоленск, а сторонники самозванца – в Калугу.
Василий Шуйский отправил против поляков князя Д. И. Шуйского и иноземных наемников во главе с шведским полководцем графом Я. Делагарди. 24 июня Дмитрий Шуйский был разбит в битве с польским гетманом С. Жолкевским у села Клушина под Можайском. Причиной поражения была измена иноземных наемников, которым Дмитрий Шуйский не захотел выплатить жалованье, отговариваясь отсутствием денег. Клушинское поражение решило судьбу Василия Шуйского. 17 июля в Москве начались волнения. Согласно летописи, московские «воры» сговорились со сторонниками калужского самозванца о том, что они откажутся от Лжедмитрия II: «а мы де все отстанем от московского царя Василия», и все вместе выберем царя. Толпа заговорщиков во главе с Захарием Ляпуновым пришла во дворец, и Ляпунов начал выговаривать царю: «Долго ль за тебя будет литься кровь христианская? Земля опустела, ничего доброго не делается в твое правление, сжалься над гибелью нашей, положи посох царский, а мы уже о себе как-нибудь помыслим».