Власть Софьи пала в 1689 г., и управление перешло к Нарышкиным. Молодой Петр в то время не придавал особого значения государственным делам, его увлекали воинские «потехи», первые опыты плавания на Яузе и Плещеевом озере, застолья в Иноземной слободе в кругу друзей. Одним из первых назначений нового правительства стала отправка князя М. Г. Ромодановского на воеводство в Киев. Хорошо знакомый с украинскими делами, он стал «государевым оком» на Украине, приглядывая за гетманом И. С. Мазепой. Уже тогда воеводе посылали доносы на гетмана, но Мазепа сумел оправдаться и убедить Ромодановского и московские власти в своей верности.
В 1692 г. Михаил Григорьевич возвратился в Москву. Четыре года он провел в Москве, а в 1696 г. получил новое назначение – идти в Великие Луки на польский рубеж, где встать с полками новгородских дворян. Из-под Азова к нему были посланы «не займовая Москвы» стрелецкие полки. Стрельцы были утомлены длительной службой, после взятия турецкой крепости Азова они намеревались отдохнуть в Москве, а попали вновь на службу, на другую окраину государства. Стрельцы проявили непокорность – «с голоду», они бежали в Москву «бить челом» и, получив жалованье, успокоились, однако ненадолго.
Жалованья и запасов стрельцам давали так мало, что зачастую им приходилось просить милостыню. За это многие из стрельцов были наказаны батогами.
В марте 1698 г. 175 стрельцов опять бежали со службы в Москву. Они обратились с жалобами на свое бедственное состояние к начальнику Стрелецкого приказа боярину князю И. Б. Троекурову. Удома боярина в Георгиевском переулке собралась целая толпа стрельцов, и только после выдачи им жалованья, при помощи солдат, власти смогли выгнать стрельцов из Москвы к их месту службы. Однако это было только начало стрелецкого выступления. В мае 1698 г. четыре полка были переведены из Лук в Торопец. Стрельцы надеялись, что их вернут в Москву, но этого не произошло; правительство решило развести полки по разным городам. Кроме того, вышел указ о наказании стрельцам, бегавшим в Москву в марте. Но когда командующий князь М. Г. Ромодановский попытался арестовать беглецов, в полках начался бунт. Стрельцы отбили своих товарищей, отказались подчиняться командирам и на совете решили всем войском идти в Москву.
К этому времени царь уже более года находился за границей в составе Великого посольства. По Москве ползли слухи, что он умер «за морем». Большинство стрельцов, двигавшихся в Москву, не имели никаких политических намерений. Устав от походной жизни, они хотели отдохнуть и встретиться с женами и детьми, однако среди зачинщиков бунта были и те, кто стремился повторить события стрелецкого мятежа 1682 г. Они хотели перебить бояр, генералов, солдат и иноземцев, убить Петра, когда он вернется из-за границы, и царевича Алексея, освободить из Новодевичьего монастыря царевну Софью и возвести ее на престол. При розыске удалось установить, что Софья из своего заточения вела какую-то переписку с главарями мятежа, но ее содержание осталось неизвестным.
Боярская дума отправила против мятежников во главе с генералиссимусом и боярином А. С. Шеиным и генерал-поручиком П. И. Гордоном 3700 человек, в основном, солдат Преображенского и Семеновского полков. Шеин разгромил стрельцов под Воскресенским монастырем (Новый Иерусалим) на реке Истре. Мятежников привели в Москву, и начался розыск. Впоследствии Петр был в гневе на руководителей розыска за то, что те, как ему казалось, провели розыск «наскоро», не выявив корни мятежа и его связи с давним врагом царя – сестрой Софьей. По приговору Боярской думы было казнено 122 человека, 140 биты кнутом, а 1987 человек – сосланы.
Вечером 25 августа 1698 г. в Москву прибыл царь. После известия о бунте стрельцов он спешно прервал свое путешествие и из Вены отправился в Москву, первые три дня не останавливаясь даже на ночь. Вскоре начался новый розыск, поразивший москвичей, уже привыкших к виду казней и истязаний на площадях города, своим масштабом и кровавостью.
Петра интересовали, прежде всего, политические корни заговора. Стрельцов начали свозить в Москву, и в Преображенском приказе усиленно заработали палачи. Руководил следствием сам царь. В ходе расспросов, хотя и не удалось добыть убедительных свидетельств о причастности царевны Софьи к восстанию, но, по крайней мере, было установлено, что царевна пользовалась у стрельцов популярностью как вероятный кандидат на престол.
В сентябре начались новые казни. В первый же день казней Петр I собственноручно отрубил головы пяти стрельцам. Царь не только сам рубил головы, но и заставлял это делать также придворных и офицеров. М. Г. Ромодановскому было приказано обезглавить четырех стрельцов – по одному из вверенного ему полка. Иные были колесованы на Красной площади. Большинство стрельцов были повешены. Их вешали не только на виселицах, но и на зубцах стен Белого города (тогда родилась мрачная поговорка: «что зубец – то стрелец»). Троих стрельцов повесили под окнами кельи царевны Софьи в Новодевичьем монастыре. Всего было казнено более тысячи человек.
Утихли ужасы расправ над стрельцами, и царь отправился в Воронеж заниматься устройством верфи для строительства кораблей (весна 1699). Идея создания русского флота давно увлекала Петра. В 1697–1698 гг. по его указу были созданы «кумпанства» – объединения богатых служилых и торговых людей для постройки на личные средства кораблей. Участвовал в «кумпанстве» и князь М. Г. Ромодановский, на его деньги строился «корабль борколон». Мы не знаем, что было причиной, но во время воронежской поездки Петра Ромодановский чем-то вызвал «гнев и опалу» царя и был сослан под караулом в свою деревню на Клязьме.
После возвращения из Воронежа царь вновь заинтересовался расследованием стрелецкого мятежа. Для «розыска» в Москву был привезен князь Михаил Григорьевич и были проведены очные ставки боярина со стрельцами. «Розыск» не принес князю неприятностей, ему удалось оправдаться от обвинений в пособничестве стрельцам. Царь привлек Ромодановского к составлению нового свода законов – Уложения, а с началом Северной войны мы вновь видим князя Михаила Григорьевича в строю.
В 1703 г. он был награжден за Сумской поход, в 1705–1707 гг. возглавлял Провиантский приказ, ведавший снабжением армии, а в 1711 г. собирал дворянские войска в Путивле в связи с возобновлением войны с Турцией.
В 1712 г. Ромодановский был назначен московским губернатором. По указу об образовании губерний (1709) в Московскую губернию вошла огромная территория Центральной России – 39 городов с уездами – Владимир, Суздаль, Коломна, Серпухов, Калуга, Можайск и другие. Некоторые из них находились на расстоянии более 300 верст от столицы. Подобное назначение было крайне ответственным и трудным, тем более в военное время.
В новой должности князь Михаил Григорьевич вступил в конфликт с Сенатом.
Он доносил о притеснениях и обидах, «чинимых господами сенаторами», но Петр I не поддержал губернатора. На время управления Ромодановским Москвой падает майский пожар 1712 г., после которого князю пришлось восстанавливать столицу, и проведение указа о мощении улиц. Вскоре, 30 января 1713 г., князь Михаил Григорьевич скончался.
Князь М. Г. Ромодановский не принадлежал к числу близких сподвижников царя, однако некоторое время был своим человеком в компании петровских собутыльников. Он входил в так называемый Всешутейший собор и носил данное им Петром I шутливое прозвище «преосвященного Мишуры» (от имени).
Гораздо более известен своей деятельностью при Петре I другой представитель рода – князь Федор Юрьевич. Он был правнуком Григория Петровича и, следовательно, троюродным племянником князя Михаила Григорьевича. Отец князя Федора – Юрий Иванович – служил воеводой и стольником. В 1654 г. он находился в государевом полку в польском походе, воевал против поляков и в другие годы. В 1658 г. князь был послан к патриарху Никону с выговором от царя Алексея Михайловича. Затем он был воеводой в Могилеве и Казани, руководил Пушкарским приказом (1667–1671). В 1668 г. он получил боярство. Князь Юрий Иванович был крупным землевладельцем. В шести уездах он владел 406 дворами.