С 1820 по 1832 год в монастырской тюрьме содержался лидер секты скопцов Кондратий Селиванов, который здесь и умер. В 1837 году монастырь посетил цесаревич Александр Николаевич. Здесь же с 1869 года отбывал заключение лидер секты прыгунов Максим Рудомёткин, в 1857 году объявивший себя воплощением Святого Духа.
В тюрьме Спасо-Евфимиева монастыря он составил 14 пророческих книг, вошедших в священное писание прыгунов «Книга солнца», и скончался в 1877 году. В «Суздальской крепости» в XIX веке содержались старообрядческие священнослужители. Некоторые, как Алимпий, умерли в одиночных камерах, не дождавшись освобождения; другие, как Аркадий (просидевший в одиночной камере 25 лет), Конон и Геннадий, были освобождены в 1881 году. В деле их освобождения значительную роль сыграл Лев Толстой. С 1898 по 1904 годы в тюрьме содержался старообрядец Фёдор Ковалёв, похоронивший заживо 25 человек в связи с переписью населения 1897 года. С 1894 по 1902 год в тюрьме содержался архангельский благотворитель Василий Рахов. В 1900 году четыре месяца в монастырской тюрьме провёл Иван Чуриков, основатель движения чуриковцев. 16 мая 1913 года в связи с празднованием 300-летия дома Романовых монастырь посетил император Николай II с великими княжнами Ольгой, Татианой, Марией и Анастасией. В 1923-1939 годах монастырская тюрьма была превращена в политизолятор (с 1935 года - в тюрьму особого назначения). Здесь содержались, в частности, митрополит Петр Крутицкий, епископ Александр Боярский, экономисты Николай Кондратьев, Леонид Юровский, коммунистические и комсомольские деятели Владимир Невский, Мартемьян Рютин, Лазарь Шацкин, Иван Смирнов.