Затем служил в государственной канцелярии, по Главному комитету об устройстве сельского состояния, до самого закрытия комитета (1882). Участвовал в городском самоуправлении Петербурга.
С 1877 гласный Петербургской городской думы, а в 1883-1885 и товарищ городского головы. Особенно много труда он посвятил городской училищной комиссии, членом которой состоял.
Как историк Семевский, попавший в 1855-1856 году в среду московских литераторов и слушавший лекции в университете, начал публиковаться в 19-летнем возрасте.
Его сфера интересов - история XVIII-первой половины XIX в., дворцовые перевороты, политический сыск петровской эпохи, биографии государственных деятелей XVIII в.
Первым печатным трудом его была статья в "Москвитянине" (1856 г. N12) "О фамилии Грибоедовых"; в следующем году он издал "Великие Луки и Великолуцкий уезд", историко-этнографическое исследование (СПб.; работа подверглась издевательской критике Добролюбова).
Наиболее значительные из публикаций последующего времени - "Царица Прасковья" ("Время", 1861 г. NN2 - 5), цикл очерков о политическом следствии времён Петра "Слово и дело" ("Светоч", 1861 г.; "Иллюстрация" 1862 г., в 1880-е вышли отдельным изданием), "Императрица Екатерина I и семейство Монсов", "Сторонники царевича Алексея", биография царицы E. Ф. Лопухиной, "Фрейлина Гамильтон".
Во многом под влиянием публикаций Семевского (сохранявших почтительное отношение к Петру I, но не скрывавших и тёмных сторон его личности и политики) правительство одно время запрещало публикацию исторических материалов периода после Петра.
Ряд политически острых по цензурным условиям материалов Семевский публиковал в этот период в лондонской Вольной русской типографии Герцена.
Значительную роль в русской науке и культуре Семевский сыграл как издатель (с 1870 до конца жизни) крупнейшего исторического журнала "Русская старина", в основном посвящённого XVIII веку.
Из-за служебных соображений Семевский до 1877 г. не выступал в качестве официального редактора журнала, которым числился его родственник, Василий Арсеньевич Семевский; но в действительности он был полным, самостоятельным хозяином журнала.
М. И. Семевский не только активно участвовал в нём собственными материалами, но и активно стимулировал розыск в частных архивах интересных документов, а также советовал свидетелям эпохи писать воспоминания.
Был членом Археографической комиссии и почетным членом Археологического института.
Предпринимал путешествия по России с научной целью, знакомился с учеными архивными комиссиями, осмотрел богатый семейный архив кн. Куракина в Саратовской губ., с важными документами, относящимися к истории XVIII в.
Результатом ознакомления Семевского с этим архивом было предпринятое кн. Ф. А. Куракиным издание "Архив кн. Куракина", первые тома которого вышли под редакцией Семевского.
На основании открытых в куракинском архиве новых материалов, преимущественно по истории Петра Великого, Семевский прочел ряд публичных лекций о Петре Великом, в 1890-1891 гг.
Впервые опубликовал мемуары А. Т. Болотова (1870), Я. П. Шаховского (1872), Эрнста Миниха, сына фельдмаршала (1891), а также мемуары и письма декабристов".
Но в то же время о М.И. Семеновском пишут:
"Семевский пользовался репутацией человека, способного к этически сомнительным поступкам для того, чтобы добыть интересную рукопись, войти в доверие к человеку, который мог предоставить ему доступ к архивам и т. п.
На протяжении многих лет Семевский составлял альбом автографов, известных людей, включающий 850 записей, многие из которых носили дружески-откровенный характер.
Совершенно неожиданно для многих из участников альбома он опубликовал его под названием "Знакомые" (Спб., 1888), что также не лучшим образом сказалось на его репутации".
На момент публикации статьи о монахе Авеля в распоряжении М.И. Семеновского из неизвестного источника появились следующие подлинные документы:
1. Две тетради, в которых содержались: "Житие и страдание отца и монаха Авеля"; "Жизнь и житие отца нашего Дадамия"; "Бытие, книга первая"; 2. Тетрадь, озаглавленной "Церковные потребы монаха Авеля", в которой сокращенно изложена "Книга бытия"; 3. 12 писем Авеля к графине Прасковье Андреевне Потемкиной; 4. Письмо Авеля к В. Ф. Ковалеву, управляющему фабрикой П. А. Потемкиной в Глушкове.
Эти документы как считается не дошли до наших дней и в вышеуказанной публикации даны в форме выдержек, размер и тематика которых определялась как самим издателем журнала Семеневским, так и мнением цензора, вмешательство которого в данной публикации очень заметно (многие куски из оригинальных документов им удалены).