В 1478 году, вследствие присоединения Новгорода к Московскому княжеству, была окончательно ликвидирована юрисдикционная автономия Новгородской епархии. Московская Митрополия с 1470 по 1504 года была сотрясаема ересью жидовствующих, которую окончательно осудил Московский собор 1504 года.
С конца XV век до половины XVI века не затихала борьба между нестяжателями и иосифлянами. Макарьевские соборы 1547 и 1549 годов провели канонизацию святых в Русской церкви и установили порядок канонизации святых по соборному решению епископов и благословению первого иерарха церкви.
Большое значение в истории Русской церкви имел Стоглавый собор 1551 года. Ряд определений Стоглава, таких как о двоеперстии, о сугубой (двойной) аллилуйе стали предметом споров при проведении церковной реформы в XVII веке, а определение о «небритии брады» и «нестрижении усов» послужило к большему отчуждению старообрядцев при проведении реформ Петра I в начале XVIII века. Но и в этой истории есть одна большая тайна! О которой ох как не любят поминать в РПЦ МП! Особенно когда встает вопрос о том, как Московская патриархия подчиняла себе Киевского митрополита! чем собственно и был завершен процесс становления Православия «МОСКОВСКОГО ТОЛКА» Религиовед, сотрудник Института религии и общества УКУ Анатолий Бабинский, исследовавшим этот вопрос говорит: «Подчинение Киевской митрополии Московскому Патриарху - довольно запутанная история. Там есть все: и подкупы, и противостояние местного украинского клира, и манипуляции с избранием очередного Киевского митрополита». Если коротко, то все было так: в 1686 году Киевскую митрополию Константинопольского патриархата присоединили к Московскому патриархату, когда Вселенский патриарх Дионисий IV и Священный Синод Константинопольской Церкви выдали противоречивый Томос (указ) о передаче Киевской митрополии в юрисдикцию Московского патриархата.
Отметим, что сначала Дионисий Константинопольский в категорической форме отказался помогать московским посланцам. Но тогда была напряженная ситуация между Россией и турками - Османской империей, и московские дипломаты это использовали (турки на тот момент не хотели воевать с Россией) и уговорили султана сохранить мир в обмен на согласие с передачей Киевской митрополии. Султан вызвал к себе православного патриарха (тот очень сильно зависел от мусульманской власти) и дал ему указание отдать Киевскую митрополию Москве. «С помощью давления со стороны турецких властей, щедрых подарков - 200 золотых и 120 соболиных шкурок - царские дипломаты добились от патриарха Дионисия согласия на передачу Киевской митрополии под покровительство патриарха Московского». Несмотря на это, уже в следующем году война между Россией и Турцией все-таки началась. Патриарха Дионисия IV свергли с престола члены синода и другие архиереи, которые не признали нового подчинения митрополии (он, Дионисий, обратился за помощью к Москве, где ему ответили, что за «такую мелочь», как Киевская митрополия, он получил достаточную плату). Греческий оригинал грамоты: о чем в действительности шла речь в документе? Ответ на этот вопрос мы находим в докладе российского богослова и историка Константина Ветошникова: «Передача» Киевской митрополии Московскому патриархату в 1686 году: канонический анализ» и в книге епископа Петроградского и Гдовского Русской православной автономной церкви (РПАЦ) Григория, известного в научных кругах под именем Вадима Лурье - «Русское православие между Киевом и Москвой. Очерки истории русской православной традиции между XV и XX веками». Проанализировав десятки официальных документов того времени - Константинополя и дипломатическую переписку Москвы и восточных патриархов, которая опубликована в «Актах Юго-Западной Руси» в 1872 году (ныне хранится в архиве российского МИД), ученые делают вывод, что никакого факта переподчинения Киевской митрополии из Константинопольского патриархата Москве не было, а был лишь факт так называемой концессии! Лурье: «Переподчинение Киевской митрополии Московскому патриарху - исторический миф. Константинопольский собор 1686 года и патриарх Иерусалимский Досифей отказались признать законным вторжение Московского патриарха в украинские дела и согласились лишь передать ему права наместника, или экзарха Вселенского престола („И да будет епархия убо Константинополскаго, наместствующая же вот святейшаго патриарха Московскаго“) ... Захват Киевской митрополии Московским патриархом в Константинопольском патриархате всегда считали беззаконием, учиненным вопреки каноническому праву. Поскольку для Константинопольского патриархата сохранили каноническое значение лишь те пределы Московского патриархата, которые были определены соборным актом 1593 года, когда последнее „подарили“ патриарший статус». Ветошников: «В единственном сохранившемся первоначальном греческом тексте говорится, что патриарху Московскому не было дано никакого подчинения или изменения юрисдикции митрополии (что запрещено канонами), а только разрешение совершать хиротонию (рукоположение, рукоположения. - ред.) митрополита. Это разрешение дано как доверенность, как экзарху (представителю), и только для администрирования». Вместе с тем автор касается не менее важного вопроса, которым в Кремле любят часто апеллировать, заявляя о якобы «канонических» правах на Киевскую митрополию: если в течение 30 лет какой-то временный канонический порядок никем не оспорен, то он закрепляется на веки вечные. Ветошников: «Такой канон - 17 правило Четвертого Вселенского Халкидонского Собора - действительно существует, но там говорится даже не о епархии, и тем более не о религии, а о селах, которые находятся на границах между епархиями». Раньше не было устоявшихся административных границ даже в светских областях, убеждает российский историк, поскольку картография была плохо развита. Но если вдруг появлялось какое-то село, и один епископ говорил: «это мое село», а тот говорил: «нет, это мое село», тогда начинались расследования. Ветошников: «Даже в истории Киевской митрополии был спор между Суздальским епископом и Киевским митрополитом, который уже жил в Москве, и там долго разбирались, сколько лет под кем раньше был этот противоречивый населенный пункт... Но это правило касается городков или сел, которые не были конкретно введены в чью-то юрисдикцию, то есть, в лучшем случае, речь идет о приходе. Что касается епархий, а тем более митрополий, то этот канон применяться не может». В свою очередь, можем сделать вывод, что в документах 1686 года говорится о сохранении Киева в подчинении Константинополю, патриарх Московский назначался лишь «наместником» патриарха Константинопольского в Киеве и только от его имени имел там определенную (ограниченную) власть, при богослужении в Киевской митрополии первым должно было всегда возноситься имя патриарха Константинопольского, и только за ним - патриарха Московского, а также обсуждаются важные права автономии Киевского митрополита от Москвы.