Позже был внесен еще ряд изменений – экипаж был увеличен с трех человек до четырех, причем штурман теперь находился в одной кабине с летчиком, а двигатель заменили на АМ-37. Второй опытный самолет «103-У» (улучшенный) поднялся в воздух 18 мая 1941 года, показав обнадеживающие результаты, но уже 6 июля потерпел катастрофу. Впрочем, работу по подготовке к серийному выпуску это не остановило, а НИИ ВВС вынесло заключение, что «самолеты “103” и “103-У” с двумя моторами АМ-37 по своим летно-техническим данным превосходят все известные самолеты этого типа».
21 июля 1941 года А.Н. Туполев был освобожден из-под стражи, хотя сотрудники КБ еще оставались в статусе арестантов. Освобождение сотрудников бригады 103 началось в августе, уже после эвакуации КБ и авиазавода № 156 в Омск и завершилось уже к 1944 году.
Однако трудности с запуском в серию самолета не ограничивались эвакуацией и созданием на новом месте фактически нового завода. Обнаружилось, что так и не удалось устранить недостатки и наладить производство АМ-37.
В качестве замены были выбраны двигатели с воздушным охлаждением М-82, что потребовало очередной переработки конструкции. Летные испытания модификации «103-В» с двигателями М-82 начались 15 декабря 1941 года. Характеристики самолета несколько ухудшились, в том числе скорость снизилась с 610 км/ч, полученной на «103-У», до 520 км/ч. Ход испытаний осложняли и остававшиеся капризными двигатели. Тем не менее в конце декабря Туполев доложил о превосходстве самолета с двигателями воздушного охлаждения, и было принято решение о начале его серийного выпуска.
Даже при снизившихся по сравнению с прототипом данных бомбардировщик по своим показателям входил в число лучших в мире. Получивший в серийном выпуске наименование Ту-2 самолет имел дальность полета более 2000 км, потолок 9000 м, нес до двух (в перегрузочном варианте – до трех) тонн бомб калибра до 1000 кг. Вооружение включало в себя две 20-мм пушки ШВАК и три оборонительных пулемета ШКАС.
Серийный выпуск был начат весной 1942 года. Первые три серийные Ту-2М-82 проходили войсковые испытания – а фактически вели боевые действия – с сентября 1942 года на Калининском фронте. Самолеты получили хорошие отзывы летчиков, оценивших как высокие летные данные и хорошую управляемость, так и мощное вооружение и достаточно большую бомбовую нагрузку. Первыми боевыми частями, принявшими на вооружение новый бомбардировщик, стали 132-й отдельный бомбардировочный авиаполк и 12-й бомбардировочный авиаполк.
Использовались Ту-2 и в качестве воздушных разведчиков – так, активно применявший эти самолеты 2-й авиационный полк дальней разведки Главного командования Красной Армии был 2 февраля 1943 гоода преобразован в 47-й гвардейский авиационный полк дальней разведки Главного командования КА.
Но и тут самолет ждали сюрпризы – после постройки 80 машин серийный выпуск был остановлен, а ценой немалых усилий введенный в Омске в строй завод № 166 в январе 1943 года перепрофилирован на выпуск истребителей Яковлева.
Не желая мириться со сложившейся ситуацией, Туполев принимал все меры, чтобы убедить верхушку наркомата и руководство страны – вплоть до И.В. Сталина – в необходимости возобновления выпуска, одновременно работая над модернизацией самолета. В числе оппонентов Туполева оказался при этом и С. Ильюшин – строительство Ту-2 Туполев предлагал возобновить на авиазаводе № 23, где выпускался самолет Ил-4. В ответ Ильюшин направил письмо наркому А. Шахурину, в котором доказывал, что «нет никаких оснований заменять Ил-4 самолетом Ту-2 М-82». С.В. Ильюшин при этом, впрочем, изрядно кривил душой – применение дальнего ДБ-3Ф (Ил-4) в качестве фронтового бомбардировщика было вынужденной необходимостью первого периода войны, и, несомненно, имевший более высокую скорость и более мощное вооружение Ту-2 для этой роли подходил намного лучше.
Идти навстречу Туполеву не спешили. В апреле 1943 года ему выделили завод, но только опытный: московский завод № 156. Тут осуществляли как капитальный ремонт имевшихся Ту-2, так и опытные работы. Туполев был назначен главным конструктором завода, тут же формировался филиал оставшегося в Омске конструкторского бюро.
17 июля 1943 года совершил первый полет модернизированный бомбардировщик Ту-2С. Главным его отличием стали двигатели М-82ФНВ (в серии именовавшиеся М-82ФН) с непосредственным впрыском. Кроме того, провели большую работу, направленную на упрощение конструкции и снижение трудоемкости производства. В частности, уменьшили длину магистральных трубопроводов, электропроводки, упростили электросистему в целом, сняли часть дублирующих приборов, уменьшили число топливных баков. Уменьшили число пулеметов до трех, но при этом заменили ШКАС на 12,7-мм УБТ, при этом в составе вооружения сохранялись две 20-мм пушки ШВАК.