В истории ордена в первой половине XVII в., если речь идет о действительно существовавшей единой организации, а не, что более вероятно, о группе обществ, не имевших между собой связи, удивляет сочетание строгой секретности и печатного рекламирования Братства. Поздняя, подлинная история розенкрейцерства затемнена наслоениями различных легенд, изобретенных в начале XVII, во второй половине XVIII и, наконец, во второй половине XIX и в начале XX в. В переплетении этих легенд только-только начинает разбираться историческая наука.
После 1620 года в Германии, ставшей главной ареной Тридцатилетней войны, розенкрейцеры, по-видимому, бесследно исчезли, но некоторое время они еще продолжали действовать в Нидерландах, а несколько позднее — с 40-х годов XVII в. — в Англии. Там алхимик Р. Фладд полемизировал с теми, кто сомневался в существовании ордена. Близость или участие в Братстве приписывали знаменитому немецкому философу Лейбницу, английскому историку И. Эшмолу, священнику Томасу Вогену. Последний закончил Оксфордский университет, издал под псевдонимом Евгений Филалет ряд трудов по алхимии, по вопросам сверхчувственного знания и мистическим тайнам. В 1652 году Т. Воген, издавший в английском переводе «Весть» и «Исповедь», выражал полную уверенность в существовании ордена, но не знал, имелись ли его ответвления в Англии.
Порой восхваления Братства современниками носили характер едва прикрытой сатиры. В одном трактате, написанном от имени трех розенкрейцеров, утверждалось, что одному из них 576 лет, второму — 495, а третьему — 463 года. В другом трактате объявлялось, что орденом открыты неугасающий огонь, вечный двигатель, квадратура круга.
Уже в первой половине XVII в. высказывалось подозрение, что иезуиты позаботились о засылке своих агентов в ряды Братства. На деле первоначально снисходительное отношение высших сановников католической церкви к ордену сменилось преследованиями, к которым явно приложили руку иезуиты. В 1620 году Адам Хазелмейер, придворный юрист или даже секретарь эрцгерцога Максимилиана, вместе с другими розенкрейцерами был как еретик осужден на пожизненную каторгу на галеры, а сам орден был объявлен «зловредным обществом магов». По некоторым сведениям, пятеро Розенкрейцеров были повешены в Германии за принадлежность к Братству. В своих мемуарах кардинал Ришелье писал о «превратных мнениях» розенкрейцеров.
Появившиеся в первые десятилетия XVII в. произведения розенкрейцеров вызывали у лютеран сомнения относительно религиозной ортодоксальности ордена и ярые нападки со стороны католиков. Розенкрейцеров подозревали в связи с дьяволом, колдовстве, в том, что они склоняют доверчивых людей к занятиям магией, пагубным для души, и вообще в вольнодумстве. Несомненно, что в XVII в. розенкрейцерство отражало характерные особенности развития научной мысли того периода, что так отчетливо проявилось в переплетении химии и алхимии, революции в астрономии и расцвете астрологии. Братству розенкрейцеров приписывали важную роль в создании через ряд других организаций («Колледж Грешэма» и др.) в 1662 году английского Королевского общества — первой в Европе академии наук. Унаследованные формы мистики и магии служили лишь оболочкой, в которой происходило формирование новых научных идей, основ передового мировоззрения последующей эпохи Просвещения, формирование по сути противостоявшего церковной схоластике взгляда на природу и общество.
Второстепенный французский литератор Н. Монфокон де Вильяр опубликовал в 1670 году сатиру «Граф Габалис, или Беседы о тайных науках». В этом и других произведениях осмеивались мнимые тайны розенкрейцеров, якобы ставшие известными автору от героев его книг. Несмотря на свою прозрачную сатирическую подкладку, они лишь усилили интерес к таинственному Братству. А когда в 1673 году Вильяра зарезали разбойники, сразу же возникла легенда, будто он пал жертвой мести розенкрейцеров. Книги Вильяра вызвали многочисленные подражания, написанные якобы от имени графа, владевшего сокровенным знанием. Их продолжали переводить, и ими зачитывались даже через столетие после смерти Вильяра. Это подметил А. Франс. В его романе «Харчевня королевы Гуселапы» кабалист д’Астарак (действие происходит в начале XVIII в.) предостерегает своих собеседников: «Не забывайте примера аббата де Вильяра, который был убит сильфами за разоблачение их тайн по дороге в Лион».