В ходе перекрестного допроса свидетелей обвинения в юридическом комитете вскрылись обстоятельства, подрывавшие доверие к показаниям этих лиц. Ричард Монтгомери, как выяснилось, был в прошлом вором-рецидивистом, хорошо известным нью-йоркской полиции, человеком, заведомо способным на лжесвидетельство. Генри фон Штейнекер (его настоящие имя и фамилия были Ганс фон Винкельштейн), оказывается, не только бежал из южной армии, но и успел дезертировать из войск северян, а также обвинялся в казнокрадстве! Доктор Джеймс Меррит, подвизавшийся среди значительной группы южан на юге Канады, показал, что он слышал на одном собрании в Монреале в феврале 1865 года, как агент Конфедерации Сэндерс рассказывал о заговоре, организованном Бутом и Сарретом, которые действуют с одобрения Джефферсона Девиса. В беседе с Мерритом другой южный разведчик, Клемент Клей, заявил о плане убийства Линкольна: «Цель оправдывает средства». В начале апреля Меррит встретил шпиона Харпера, который сообщил, что он во главе группы в пятнадцать — двадцать человек направляется в Вашингтон, чтобы действовать совместно с уже находящимися там заговорщиками. Меррит поспешил к местному судье Д. Давидсону, чтобы тот отдал приказ об аресте Харпера и его людей, но получил отказ, так как этот представитель канадской администрации счел все дело чистым вздором. Однако, как показало расследование, произведенное по приказу английского генерал-губернатора Канады, Меррит был знахарем, не брезговавшим самыми нечистоплотными махинациями.
По вопросу о связях подсудимых с южной разведкой и правительством Конфедерации главным свидетелем обвинения выступал Сэндфорд Коновер. Это была весьма колоритная личность, даже если ограничиться тем, что было известно о нем во время процесса (а известно было далеко не все). Будучи сотрудником военного министерства Конфедерации, он в конце 1863 года бежал на Север и напечатал в известной газете «Нью-Йорк трибюн» ряд статей о подготовлявшихся заговорах против Линкольна, которые получили широкую известность. Позднее, в октябре 1864 года, Коновер под псевдонимом Джеймса Уотсона Уоллеса отправился в Канаду, где быстро завоевал доверие южных разведчиков и диверсантов. Он утверждал, что один из руководителей южной разведки в Канаде, Джейкоб Томпсон, предложил ему участвовать в убийстве Линкольна, а также северных министров и генералов, которое подготовляется под руководством Бута. Согласно показаниям Коновера, он был в какой-то день между 6 и 9 апреля 1865 года в кабинете Томпсона, когда туда прибыл Джон Саррет, который привез из Ричмонда письма от Джефферсона Девиса и других важных лиц. Томпсон заметил при этом, что теперь все в порядке. Более того, по словам Коновера, он рассказал об этом эпизоде в своей корреспонденции в газету «Нью-Йорк трибюн», но она не была напечатана, возможно, потому, что газету упрекали за публикацию непроверенных сенсационных новостей. Сотрудники газеты разъяснили, что эта и две другие корреспонденции Коновера не были получены и что, по их данным, депеши были перехвачены южными агентами.
21 июля — через две недели после казни заговорщиков — кабинет решил обвинить бывшего президента Конфедерации не в соучастии в убийстве Линкольна, а в государственной измене, причем передать его дело на рассмотрение гражданского, а не военного суда. За это решение голосовал Стентон, тем самым выражая согласие с мнением ряда влиятельных лидеров республиканской партии, в том числе Т. Стивенса и Г. Грили, что Девис не участвовал в заговоре, приведшем к убийству Авраама Линкольна. Однако судить Девиса за измену, когда попавшие в руки властей южные солдаты рассматривались как военнопленные, явно противоречило бы закону. Кроме того, передать дело Девиса в гражданский суд значило судить его в штате Виргиния, где присяжные — его рьяные сторонники — наверняка вынесли бы оправдательный приговор. Клемент Клей сумел доказать, что его не было в Канаде в течение почти полугола, предшествовавшего убийству в театре Форда, поэтому не могло быть и его встреч со свидетелями обвинения, о чем они говорили на процессе, и его выпустили из тюрьмы в апреле 1866 года.
Собравшийся в декабре 1865 года конгресс потребовал от президента объяснений, почему не был предан суду Девис.
Членам конгресса не было известно, что против этого решения выступали не только президент Джонсон, но также Стентон и другие министры, считавшиеся радикальными республиканцами. Конгрессмены сочли, что отказ президента сообщить имеющиеся доказательства вины Девиса является частью его уже выявившейся политики потворствования побежденным плантаторам. «Дело Девиса» втягивалось в борьбу между конгрессом и президентом, тем более желанным союзником недовольных конгрессменов стал глава Бюро военной юстиции и руководитель трибунала, судившего заговорщиков, Джозеф Холт, по-прежнему убежденный в виновности Девиса. Это убеждение базировалось на новых доказательствах, представленных Коновером. После дискредитации других свидетелей его показания становились единственной основой обвинения против экс-президента южной Конфедерации.
Но Коновера уличили не только в даче ложных показаний, но и в попытке подбить к такому же поведению ряд лиц. Судя по всему, Коновер в отеле «Националь» создал своего рода «школу лжесвидетельства», инструктируя новичков, щедро раздавая им деньги, полученные ради этой цели от прокурора Джозефа Холта. Обвинение против бывшего президента рабовладельческой Конфедерации было сильно скомпрометировано разоблачением лживости показаний свидетелей, выставленных прокуратурой. Между тем Коновер писал Джозефу Холту, что знает людей, через которых правительство южан передавало деньги для заговорщиков, собиравшихся убить Линкольна, Джонсона и ряд министров. Холт и Стентон после некоторых колебаний решили дать возможность Коноверу представить его новые доказательства. Путешествуя по южным штатам, Коновер представил восемь свидетелей, которые, явившись в Бюро военной юстиции, возглавляемое Холтом, дали под присягой показания, подтверждающие связь властей Конфедерации с заговорщиками. Холт поверил этим показаниям, но Стентон и тем более президент Джонсон не были склонны принимать их за чистую монету. В апреле Холт представил эти показания юридическому комитету палаты представителей. Однако, когда комитет палаты послал за самими восьмерыми свидетелями, удалось найти только двоих. Один из них, Кэмпбел, признал, что его действительное имя Джозеф Хор. Он и второй свидетель, Снивел, разъяснили, что их показания были сфабрикованы Коновером. При очной ставке Коновер заявил, что Кэмпбел теперь лжет, поскольку, вероятно, подкуплен друзьями Девиса, и обещал разыскать остальных шестерых свидетелей. Посланный на их розыск Коновер исчез. Холту пришлось изъять показания восьмерых лжесвидетелей из материалов, которые он ранее представил юридическому комитету палаты представителей.
Через несколько месяцев, уже осенью 1866 года, Коновер был арестован, предан суду и осужден на 10 лет заключения по обвинению в лжесвидетельстве и подстрекательстве путем подкупа к даче ложных показаний. Его настоящие имя и фамилия были Чарлз Данхэм. Он признал, что заранее отрепетировал со лжесвидетелями их показания и объяснил свое поведение личной ненавистью к Девису, по приказу которого его в 1863 году бросили в тюрьму на Юге. Вместе с тем Коновер-Данхэм продолжал утверждать, что его показания на судебном процессе сообщников Бута в точности соответствуют действительности. Это давало возможность Холту и его единомышленникам настаивать на виновности Девиса. Президент и правительство решили иначе — в мае 1867 года Девиса освободили под залог впредь до вызова в суд, который так и не состоялся.
И — все же нет оснований сомневаться в ответственности Девиса — не в том смысле, что он лично давал указания об убийстве Линкольна, а в том, что Бут и другие заговорщики были агентами южной разведки и действовали по ее распоряжениям. Не удовлетворяясь этим, прокуратура пыталась найти доказательства того, что Девис сам персонально руководил заговорщиками. Даже если дело обстояло именно так, обнаружение подобных доказательств могло быть только делом счастливого случая. Такой случай не представился, и пришлось воспользоваться услугами лжесвидетелей. В своей заключительной речи прокурор Джон Бингем заявил: «Джефферсон Девис, как это безусловно доказано, столь же виновен в этом заговоре, как Джон Уилкс Бут». Однако официальная версия событий рухнула после того, как было подорвано доверие к тем свидетелям обвинения, на основе показаний которых считалась доказанной эта связь. Но вместе с тем рухнула и концепция, согласно которой действия Бута и его подручных были составной частью заговора, организованного президентом и министром южной Конфедерации.