Затем Набонид посетил города Урук, Ларсу, Ур и другие, сделав богатые дары их храмам. Однако за спиной Хуме стояла Мидия. В 554 г. мидяне перешли вавилонские границы и осадили Харран.
Территория Вавилонской империи представляла собой полумесяц, в самом центре которого находился Харран. Овладев этим городом, мидяне одним ударом отрезали бы Вавилон не только от богатого Заречья, но и от Египта и Лидии, его потенциальных союзников. Набонид никак не мог допустить падения Харрана. Он с армией стоял в Хамате, в центре Сирии, но не решался на открытое сражение с мидянами. Исход войны был решен в Иране. Здесь в 553 г. против мидийского царя Астиага подняли восстание персы во главе со своим царем Киром. Мидянам пришлось срочно снять осаду с Харрана и спешить на защиту своей родины. Вавилон избавился от войны с Мидией.
И вот в это-то время пришел конец согласию между олигархией и «ее человеком» Набонидом, который, оказалось, имел свой собственный взгляд на царскую власть и не собирался быть послушным орудием в чужих руках. Поводом для столкновения послужил вопрос о восстановлении храма Эхулхул в Харране.
В свое время Харран принадлежал к числу привилегированных городов Ассирии. Эхулхул, храм бога луны Сина, в последний раз был восстановлен с большой пышностью Ашшурбанипалом столетие назад. В 610 г. его разграбили скифы. Теперь Набонид начал в Эхулхуле реставрационные работы, не жалея ни золота, ни серебра, ни кедров. К строительству привлекли войска и все население империи от Газы на египетской границе до Персидского залива. Набонид разыскал закладные камни ассирийских царей Салманасара II (859–824 гг.) и Ашшурбанипала (669–627 гг.) и восстанавливал храм по ассирийскому, а не вавилонскому образцу. Он осмелился поставить в Эхулхуле такого же быка, какой стоял перед вавилонской Эсагилой, и не скрывал намерения придать Эхулхулу то значение, которое имел ниппурский храм Экур, древняя шумеро-вавилонская святыня.
Олигархия верно усмотрела в действиях Набонида посягательство на права и прерогативы крупнейших храмов Вавилонии, попытку найти опору среди провинциалов, особенно арамеев, поставив их рядом с вавилонским гражданством. И олигархия организовала отпор царю, настроив против него гражданство, и так недовольное налогом-урашу, который ему приходилось платить по случаю строительства в каком-то провинциальном Харране. Вавилоняне отказались строить Эхулхул (т. е платить урашу). Но Набонид твердо стоял на своем. Он заявил им: «Пока я не закончу строительство Эхулхула и не осуществлю мое желание, запрещаю праздники и отменяю праздник Нового года!» Таким тоном с вавилонянами никто еще не разговаривал со времен Синаххериба и Ашнгурбанипала. А далее за словами последовали дела, беспримерные в вавилонской истории: царь покинул свое царство и не появлялся в Вавилоне целых 10 лет подряд!
В момент разрыва с вавилонским гражданством Набонид находился в Заречье. В августе 553 г. он лечился в горах Амана, а в декабре собирал войско в Амурру и Эдоме. Затем Набонид поручил командование войсками, стоявшими в Вавилонии, царевичу Валтасару, назначил его своим соправителем и передал ему власть над Вавилоном. Сам же он с войском, набранным в Заречье, отправился в Аравию.
Расчет Набонида был точен. Халдейская армия с восторгом встретила назначение Валтасара, и олигархия ничего не могла предпринять против него. Вавилон оказался под властью военной диктатуры, облеченной полномочиями законным царем, а сам царь находился вне пределов досягаемости олигархов. Нельзя было справить Новый год и, следовательно, избрать вместо Набонида другого царя. Валтасар и халдеи сохраняли верность Набониду. Возможность нового государственного переворота была исключена.
Между тем Набонид углубился в аравийские степи и пустыни. Его сопровождало войско, набранное из арамеев западных провинций, преданное лично ему, а не Вавилону. С ним он взял аравийский город Тему (Тейма) и перебил всех его жителей во главе с их царьком. Затем были покорены оазисы и города Дадану (Дедан, совр. Эль-Ула), Падакку (Фадак), Хибра (Хайбар), Ядиху (Яди) и Ятрибу (Ясриб, Медина). Под властью Набонида оказалась вся северная половина Аравийского полуострова. Город Тема стал его резиденцией. Здесь он построил дворец наподобие вавилонского. В завоеванных оазисах были основаны вавилоно-арамейские колонии, в которых поселились люди различного этнического происхождения. Так, например, в Тейме найдена стела времен Набонида с арамейской надписью и рельефом в ассирийском стиле, изготовленная по заказу Цалам-шузуба, сына Петосири, т. е сына египтянина с вавилонизированным арамейским именем.