Итак, вечером 19 мая комиссия прибыла в Углич. Судя по протоколам допросов, все следствие было публичным. Воспользовавшись теплой майской погодой, допрашивали прямо во дворе кремля. Кругом толпились любопытные, что не всегда оказывалось для них безопасным: одного из таких зевак тут же опознали как человека, «который Михайла Битяговского и почал бити», и арестовали прямо на месте.
Конечно, при таком ведении следствия и фальсификация показаний, и давление на свидетелей были затруднены. Однако долгое время историки не принимали всерьез следственного дела. И виною тому прежде всего сам Василий Иванович Шуйский. В качестве главы следственной комиссии он подтвердил: Царевич закололся в эпилептическом припадке. При вступлении на престол Лжедмитрия он, признав нового царя, заявил, что не видел в Угличе тела убитого царевича. Овладев царским троном, тот же Шуйский объявил торжественно: царевич Дмитрий «заклан бысть» от «лукавого раба Бориса Годунова», и установил почитание нового святого мученика. В связи с этим дореволюционный историк Н. Костомаров писал: «Следственное дело для нас имеет значение не более, как одного из трех показаний Шуйского, и притом такого показания, которого сила была уничтожена дважды им же самим».
Подозрения в фальсификации увеличивались при анализе самого дела: листы перепутаны, нет записей допросов многих важных свидетелей. Возможно, еще члены комиссии Шуйского вырезали из него одни показания и вклеили другие? Однако тщательное исследование, проведенное около полувека тому назад опытным архивистом К. Клейном, отвергло такого 4 рода подозрения: просто за многие века часть листов оказалась утраченной, а часть — перепутанной.
Конечно, обидно, что в деле нет показаний матери погибшего царевича Марии Нагой. Только она одна могла рассказать, почему назвала убийцами Данилу Битяговского, Никиту Качалова и Осипа Волохова. Но, разумеется, ни о каком допросе царицы Марии не могло быть и речи: на это не имели права ни бояре, ни даже патриарх.
Большое недоумение вызывало всегда начало дела. После небольшого отрывка из допроса городового приказчика Русина Ракова следовало сообщение о прибытии комиссии в Углич и о допросе Нагого. Следователи задали ему целый комплекс вопросов: «Которым обычаем царевича Дмитрия не стало, и что ево болезнь была и для он чево велел убити Михайла Битяговского и Михайлова сына Данила и Микиту Качалова и Данила Третьякова и Осипа Волохова и посадцких людей и Михайловых людей Битяговского и Осиповых Волохова и для он чево велел во фторник собирати ножи и пищали и палицы железные и класти на убитых людей и почему прикащика Русина Ракова приводил к целовенью (то есть к присяге. — в. Я.), что ему стояти с ним за один, и против было ково им стоять?» Отрывок допроса Ракова считали случайно попавшим не на свое место, поскольку второй лист производил впечатление начала дела. «В самом начале акта мы уже замечаем подозрительную неточность: о Русине Ракове ничего не сказано, и прямо делается допрос Нагому на основании показаний Русина Ракова», — писал знаменитый русский историк XIX века С. Соловьев. Тогда задавались другим вопросом: почему уже по приезде в Углич комиссия знала не только, что царевич умер от болезни, а не убит, не только об убийстве Битяговского, но и об оружии, положенном на погибших, о присяге Ракова и т. д.? Нет ли здесь предвзятости? В. Клейн доказал: лист с допросом Ракова предшествовал допросу Нагого. Возможно, Раков встретил комиссию по дороге и доложил о трагических событиях в городе.
Убит по приказу Годунова?Трижды при разных обстоятельствах всплывала эта версия. Уже 15 мая 1591 года Нагие обвинили Годунова в смерти царевича. В умысле (хотя и неудачном) на убийство Дмитрия обвинял Годунова и Лжедмитрий. 17 мая 1606 года Лжедмитрия свергли с престола и через два дня царем «выкликнули» Василия Шуйского. Как повел себя бывший глава следственной комиссии? Первые грамоты Василия глухо говорили, что Дмитрий «умре подлинно и погребен на Угличе», но умалчивали о причинах смерти. Однако вскоре по окраинам государства стали разноситься слухи о спасении самозванца. Появились и новые самозванцы, утверждавшие: да, убитый в Москве царь был и впрямь «вор и еретик Гришка Отрепьев», а вот он — подлиный Дмитрий. Чтобы доказать самозванство любого возможного претендента на роль Дмитрия, нашли средство — царевича объявили святым мучеником. «Мог ли рискнуть русский человек XVII века усомниться в том, что говорило «житие» царевича и что он слышал в чине службы новому чудотворцу?» — писал С. Платонов.