Поступки великого и жестокого покорителя многих стран и народов могут показаться несколько неожиданными, однако в целом они вписываются в общую ситуацию, сложившуюся на тот момент в Центральной Азии. Родственные отношения (не только с уйгурами) создавали некую основу для установления союзнических отношений и в конечном счете способствовали достижению успехов на поле брани и в дипломатической сфере. Монгольским правителям, энергично воевавшим как на востоке, так и западе, нужны были надежные союзники в тылу. Кроме того, они пополняли их армию и чиновничий аппарат, поставляли продовольствие и фураж.
Добровольное признание уйгурами вассальной зависимости от империи позволило им сохранить от неизбежных в случае войны разрушений свои города, сложную оросительную систему, ремесленные производства. Идикуты какое-то время пользовались известной самостоятельностью в области внутренней политики: в подвластные им земли не направлялись монгольские наместники — даругачи (даруги), не были четко определены размеры дани и т. д., но долго так продолжаться не могло, учитывая обострившиеся противоречия между потомками Чингисхана.
В середине XIII века Западная Джунгария и часть Кашгарии вошли в состав Чагатайского улуса, а уйгурское государство в Турфане оставалось в вассальной зависимости от монгольских правителей, которые вели упорную борьбу за императорский трон в Китае. Великий хан Угэдэй (1226–1241 гг.) — третий сын Чингисхана и его преемник— к 1234 году окончательно сломил сопротивление чжурчжэней, создавших на территории Северного и Северо-Восточного Китая государство Цзинь. В 1258 году великий хан Мункэ— внук выдающегося полководца, правивший с 1251 года, начал войну против китайских правителей Южной Сун, но умер во время похода.
Лишь следующий (пятый по счету) великий хан Хубилай (1260–1294 гг.), также приходившийся внуком Чингисхану, в 1279 году завершил завоевание Поднебесной. Ранее (в 1271 г.) он основал династию Юань, которая просуществовала до 1368 года. Империя монголов к тому времени уже распалась на несколько государств, под его непосредственным контролем находились земли собственно Монголии и Китая.
На западной окраине своих владений Хубилай вел многолетние и кровопролитные боевые действия с мощной коалицией недавних союзников, возглавляемой внуком Угэдэя Хайду (Кайду), о котором прославленный путешественник Марко Поло говорил, что «при нем много князей императорского роду, то есть чингисханова». Венецианец, служивший при дворе великого хана, так рассказывает об одном из сражений непримиримых противников: «Переполнился весь воздух стрелами, словно дождем; много людей и коней было смертельно поранено. За криками и воплями и грома нельзя бы было расслышать; воистину, видно было, что сошлись враги смертельные. Метали стрелы, пока их хватало; и много было мертвых и насмерть раненных. В дурной час началась битва для обеих сторон; с той и другой стороны много было побито. Вышли все стрелы, попрятали они свои луки в колчаны, схватились за мечи и палицы и бросились друг на друга. Стали они наносить сильные удары мечами и палицами; началась злая и жестокая битва; наносились и получались удары сильные; отсекались руки, и замертво падали люди на землю; знайте, по истинной правде, вскоре после того, как началась рукопашная битва, покрылась земля мертвыми да смертельно раненными».
Война охватила всю территорию региона. В 1268 году Хайду атаковал Бешбалык, обратив в бегство идикута и его окружение, а также значительную часть местного населения. В «Истории династии Юань» (кит. «Юань ши») по поводу этих событий записано: «Во время бунта Хайду народ уйгуров был разорен и рассеян. Идикуту было приказано собрать его и оказать помощь… Уйгуров, которые бежали в монгольские владения, по приказу Шицзу (Хубилая. — Н. А.) отправили назад к идикуту. Поэтому уйгуры вновь восстановили порядок на 20 лет».
Набеги на уйгурские земли с запада приобрели регулярный характер. Спустя семь лет с трудом удалось отстоять Кочо (Гаочан), в 1286 году Хайду захватил Бешбалык. Попытки юаньских властей сдержать экспансию своих несговорчивых соседей носили в целом ограниченный характер и приносили лишь временный результат. Даже авторитетный Хубилай, максимально загруженный сугубо китайскими проблемами и организациями военных экспедиций в Японию, Вьетнам, Бирму и др., не смог оказать достаточно эффективной поддержки уйгурам. Что же касается его менее влиятельных и талантливых преемников, то они в итоге утратили контроль над этими территориями.