Кому же после долгих лет монгольских завоеваний достались земли нынешнего Синьцзяна? Со времен курултая 1206 года всем лояльным сородичам основателя империи выделялись уделы. По мнению российского историка Б. Я. Владимирцова, данная система «основывалась на том принципе, что государство (улус-ирген) являлось достоянием всего рода того лица, которое создало державу и стало ханом. Так же как род и его ответвления владеют определенной территорией, на которой совместно кочуют его члены-урухи и владеют людьми, которые являются его потомственными крепостными вассалами… совершенно так же род является владельцем народа-государства (улус), проживающего на определенной территории».
Значительная часть региона первоначально вошла в улус третьего сына Чингисхана, будущего великого хана Угэдэя. Однако его потомки выступили решительно против прихода к власти Мункэ, сына Толуя (четвертый сын Чингисхана). В самый разгар борьбы за престол в Каракоруме (столица империи) небезызвестный в истории Руси золотоордынский хан Батый направил в Монголию 30-тысячную армию под командованием своего брата Берке и сына Сар-така (1251 г.), чтобы обеспечить победу Мункэ. Став великим ханом, Мункэ фактически ликвидировал улус Угэдэя, в результате чего Чагатаиды (правители Чагатайского улуса) смогли существенно расширить свое владение.
Но их государство оказалось непрочным. В середине XIV века в борьбе с оппозицией в Мавераннахре погиб Казан-хан — последний из Чагатаидов, чья власть признавалась во всем улусе. Через год (1347 г.) в восточной его части престол занял потомок Чагатая Туглук Тимур-хан. Он основал Могольское ханство, куда вошли Моголистан («страна монголов»), часть Кашгарии, Джунгарии, Южной Сибири и др. Вскоре один из его преемников присоединил земли Уйгурского государства (Турфанское княжество). Вслед за этим произошло обращение в ислам местных жителей, исповедовавших в значительной своей массе, как уже отмечалось на страницах настоящей книги, буддизм. Территория нынешнего Синьцзяна, таким образом, была объединена в рамках нового государственного образования.
С одной стороны, ликвидация границ, разделявших «единый этнический субстрат» (Д. И. Тихонов), имела определенное позитивное значение для сближения интеллектуальных устремлений и стирания различий в сфере материальной культуры у населения восточной и западной частей региона; с другой — монгольские правители, принявшие ислам, и мусульманское население (сунниты ханафитского толка) фактически игнорировали доисламский период в истории коренной народности, что постепенно привело к почти полной утрате этнонима «уйгур», а арабский алфавит окончательно вытеснил уйгурскую письменность. Со временем недавних уйгуров стали называть исключительно по месту жительства — кашгарлык (кашгарец), хотанлык (хотанец), турфанлык (турфанец) и т. д., либо по роду занятий, например, таранчи (земледелец).
Отечественный востоковед Л. Н. Чвырь считает, что мусульмане сменили старый этноним, поскольку и у них, и у турфанцев, и у окружавших их народов он «ассоциировался с этноконфессиональной группой уйгуров-буддистов». Однако с XV века, когда буддизм окончательно утратил прежние позиции в регионе, а все предки современных уйгуров стали мусульманами, «они прониклись осознанием своего этнокультурного и конфессионального (религиозного. — Н. А.) единства», что было обусловлено многими причинами, в том числе и политическими. Следует добавить: процесс в целом носил затяжной и далеко неоднозначный характер.
В XX веке уйгуры (кит. вэйуэр) уже четко определяли себя в качестве единого этноса. Древнее самоназвание было восстановлено в 1921 году. Тогда же язык, на котором разговаривали уйгуры, получил наименование «уйгурский» (по инициативе тюрколога С. Е. Малова), хотя генетически он отнюдь не является продолжением древнеуйгурского языка.
Из-за бесконечных войн и междоусобиц границы Могольского ханства регулярно менялись, непрочными были и созданные там институты власти. В XV веке его правители утратили контроль над Джунгарией, в XVI веке потеряли Семиречье, но вскоре овладели районом Хами. Яркенд стал основной, а Кашгар— второй по значению (резиденция наследника престола) столицей этого государственного образования.