На указанной встрече китайский чиновник обратился с просьбой о вступлении в ВКП(б), заявив, что это его «давнишняя мечта». Неожиданный поворот в разговоре вызвал у его собеседников некоторое замешательство. И. Сталин в принципе не возражал, однако К. Ворошилов подчеркнул, что данное обстоятельств может повредить Шэн Шицаю, поскольку «и Чан Кайши, и посол Ян (китайский посол в Москве. — Н. А.), узнав об этом, будут очень недовольны». Правитель Синьцзяна обещал хранить тайну и в обстановке строгой секретности стал членом коммунистической партии СССР.
Военные неудачи Советского Союза в первые месяцы Великой Отечественной войны вызвали неадекватную реакцию у многих гоминьдановских лидеров, включая Чан Кайши. Они, видимо, посчитали, что поражение СССР неизбежно, и решили всецело переориентироваться на США. Советская сторона в тот период не могла осуществлять поставки оружия в Китай на прежнем уровне, хотя предпринимала большие усилия по выполнению обязательств, предусмотренных соглашениями 1938–1939 годов.
Правительство Чан Кайши резко активизировало свою деятельность в Синьцзяне, продемонстрировав намерение усилить роль центрального руководства. Оно решило кардинально перестроить сложившиеся в регионе советско-китайские отношения, изменить структуру управления совместными предприятиями, отказаться от выполнения ряда давно заключенных и эффективно действовавших контрактов, ослабить советские позиции в торговле.
Шэн Шицай, увидев, что гоминьдановская верхушка ему не доверяет и готова в любой момент убрать его из Синьцзяна, быстро перестроился и от прежних заверений в любви и преданности Советскому Союзу перешел к откровенно враждебным действиям. По его приказу были арестованы и казнены видные деятели КПК, в том числе брат Мао Цзэдуна Мао Цзэминь и др.; последовала серия наглых выходок в отношении граждан СССР, включая работников советских учреждений и представительств; местные власти запретили продажу им промышленных товаров и продовольствия; обострилась обстановка на границе.
Однако антисоветское усердие дубаня не принесло ему заметных дивидендов, 31 августа 1944 года Чан Кайши убрал его из Синьцзяна, поставив другого губернатора, а спустя некоторое время направил в регион с особой миссией опытного генерала Чжан Чжичжуна. Генерал попытался рассеять возникшие в Москве опасения по поводу проникновения в регион американцев и англичан, их подрывной деятельности против СССР. Еще раньше, 12 мая 1944 года, Чан Кайши в беседе с советским послом А. С. Панюшкиным признал, что в Синьцзяне «наделано много досадных ошибок», и выразил уверенность, что наступят перемены, все недоразумения постепенно будут урегулированы.
Изменения в риторике гоминьдановцев легко объяснимы. Победа Советского Союза в войне уже ни у кого не вызывала сомнений, а провинция вновь оказалась на пороге грандиозных социальных потрясений. Очередное восстание началось осенью 1944 года после того, как местная администрация издала указ о реквизиции у населения 10 тысяч лошадей на военные нужды. Он затрагивал в первую очередь интересы кочевников-скотоводов, чье недовольство активно поддержали представители уйгуров, дунган, узбеков и других национальностей.
На территории Илийского, а позднее Тарбагатайского и Алтайского округов было провозглашено создание Восточно-Туркестанской Республики (ВТР) и образовано временное правительство. Движение охватило Яркендский и Кашгарский округа, повстанцы реально угрожали провинциальному центру, положение китайских властей в Синьцзяне стало критическим.
Советское руководство с учетом возникшей ситуации в регионе и складывавшихся отношений с правительством Чан Кайши в целом достаточно позитивно отреагировало на выступление коренных народов провинции, но в то же время постоянно контролировало деятельность их политических лидеров. После вступления в войну против Японии 8 августа 1945 года и подписания спустя шесть дней договора о дружбе и союзе с Китайской Республикой оно призвало повстанцев отказаться от чрезмерных требований и предприняло ряд конкретных шагов в этом направлении.
17 сентября 1945 года враждующие стороны прекратили военные действия, что создало благоприятную обстановку для переговоров, начавшихся в октябре того же года в Урумчи. Они шли очень сложно и продолжались с перерывами около восьми месяцев, в июне 1946 года было подписано мирное соглашение из 11 пунктов.