Документ предусматривал выборность местных органов власти в Синьцзяне, полную свободу развития национальной культуры и языков, свободу печати, собраний и слова, формирование национальных воинских частей, прекращение гонений на прогрессивные и демократические элементы, свободу религий и т. д., а также создание коалиционного правительства в провинции в составе 25 человек. Из них 15 — выдвигались коренным населением и подлежали окончательному утверждению центральным правительством Китая, на остальные 10 мест оно назначало ханьцев. Возглавил местную администрацию Чжан Чжичжун, заместителями стали Ахмеджан Касымов и Бурхан Шахиди. В ее состав вошли и другие лидеры повстанцев.
В соответствии с мирным соглашением временное правительство ВТР передало свои полномочия вновь образованной управленческой структуре. Вооруженные силы бывшей республики предполагалось сократить на треть и перевести под командование провинциальных властей. Шесть ее полков были размещены в Илийском, Тарбагатайском и Алтайском округах. В дальнейшем на развитие событий в регионе решающее влияние оказал перелом в ходе гражданской войны в Китае 1946–1949 годов. Как заявляли позднее китайские коммунисты, восстание нанесло «сокрушительный удар по реакционному господству гоминьдана» в регионе и способствовало «мирному освобождению всех народов Синьцзяна».
Теракты, совершенные 11 сентября 2001 года в США, вызвали мощнейший резонанс в мире. Они привели не только к созданию антитеррористической коалиции в глобальном масштабе с последующим военным вторжением и боевыми действиями в Афганистане, но и интенсивной разработке ключевых международных конвенций, принятию региональных деклараций, внесению существенных корректив в национальные законы. Пекинское руководство решительно поддержало усилия мирового сообщества в борьбе с терроризмом и одновременно обратило самое пристальное внимание на внутриполитические проблемы аналогичного содержания.
КНР на протяжении длительного времени сталкивается с мусульманским экстремизмом на северо-западе. Власти не скрывают, что острие нынешней борьбы с терроризмом направлено против уйгурских сепаратистов, выступающих за создание на территории Синьцзян-Уйгурского автономного района независимого исламского государства «Восточный Туркестан». Сабит Дамолла и его сообщники в 1933 году действительно создали опасный прецедент, воодушевивший и, к сожалению, вдохновляющий до сих пор местных раскольников.
В 90-е годы сепаратисты резко активизировали свою деятельность. Китайские лидеры убеждены, что автономный район стал объектом постоянной противоправной деятельности мусульманских экстремистов, находящихся как внутри страны, так и за ее пределами. Летом 2000 года российские СМИ сообщали о китайских уйгурах, воевавших на стороне чеченских бандформирований. Постоянно поступают сведения об их причастности к различным преступлениям в странах Центральной и Южной Азии.
Осенью 2000 года правоохранительные органы Казахстана в ходе оперативно-следственных мероприятий по раскрытию убийства двух офицеров полиции, совершенного в Алма-Ате 23 сентября, вышли на четырех уйгуров — граждан КНР, которые снимали квартиру на первом этаже жилого дома в центре города. Во время операции по задержанию те оказали отчаянное сопротивление с применением автоматического оружия, гранатомета и ручных гранат, ранив шестерых полицейских. Сдаваться они не собирались, поэтому было принято решение об их физическом уничтожении. Китайская сторона полностью поддержала предпринятые действия.
Индийская газета «Хиндустан тайме» 21 февраля 2001 года писала, что национальные силы безопасности столкнулись в штате Джамму и Кашмир с исламскими боевиками из Синьцзяна. В плен попали сразу несколько фундаменталистов, которые на допросах показали, что являются мусульманами-уйгурами. После военного обучения в Афганистане и Пакистане они были заброшены на север Индии в составе отряда базирующейся на пакистанской территории группировки «Лашкар-э-Тайба».
Ни для кого не секрет, что сотни синьцзянских сепаратистов, избравших своей тактикой террор, прошли специальную подготовку в тренировочных лагерях талибов и организации «Аль-Каида» в Афганистане. Во время антитеррористической операции в этой стране в конце 2001 — начале 2002 года многие из них были захвачены в плен.
В ночь с 29 на 30 июня 2002 года в центре столицы Кыргызстана были застрелены консул КНР в Бишкеке Ван Цзяньпин и уроженец СУАР, китайский гражданин Нур-мухамед Умар. Спустя месяц местные власти передали их убийц — гражданина Кыргызстана Маматкерима Кудоярова и турецкого подданного Мустафу Кару — китайской стороне в соответствии с ранее достигнутыми договоренностями о взаимодействии и сотрудничестве в сфере борьбы с терроризмом, сепаратизмом, экстремизмом и организованной преступностью.