Ко времени введения опричнины Постельничий приказ сильно разросся. За его высшими служителями числилось более пяти тысяч четвертей поместной земли. Через руки постельничего проходили крупные суммы денег. На одно лишь жалованье служителям и мастерам приказ тратил до тысячи рублей в год.
Постельничий приказ заботился также о повседневной безопасности царской семьи. В годы опричнины эта функция приобрела особое значение. С вечера постельничий лично обходил внутренние дворцовые караулы, после чего укладывался с царем «в одном покою вместе».
Опричнина изменила значение важнейших дворцовых чинов. Теперь оружничий, постельничий и ясельничий не только заведовали соответствующими дворцовыми приказами, но и заседали в думе, вели дипломатические переговоры, командовали полками и судили.
Поскольку Д. И. Годунов по должности должен был постоянно состоять при царской особе, он жил в царском дворце. Там же поселились и его малолетние племянники Борис и Ирина.
Точная дата рождения Бориса Годунова историкам неизвестна. Предполагают, что он родился около 1552 г. Ирина Годунова родилась в 1557 г. и, таким образом, была ровесницей царю Федору.
В 1570–1572 гг. Борис Годунов назначен был рындой в свите царевича Ивана. 25 октября 1571 г. Борис присутствовал на очередной свадьбе Ивана Грозного в качестве дружки царицы Марфы Собакиной. Любопытно, что другим дружкой был Малюта Скуратов, а свахами — жена Малюты и его дочь Мария.
Со вступлением Дмитрия Годунова на должность постельничего наметился союз с фактическим главой опричнины Малютой Скуратовым. Царский фаворит был нужен Годунову, а влиятельный постельничий не менее был нужен Малюте. Этот союз был упрочен браком Бориса Годунова и дочери Скуратова Марии. Родство с Малютой Скуратовым в некоторой мере помогло уцелеть Дмитрию Годунову во время чисток 1571–1572 гг. в опричнине, когда погибли почти все, кто был близок к царю.
Едва достигнув совершеннолетия, Борис Годунов получил свой первый придворный чин — стряпчего.
В ходе Ливонской войны в конце декабря 1572 г. русские войска взяли крепость Вейсенштейн (Пайда) в Эстляндии. При штурме погиб Малюта Скуратов. Годуновы лишились важного союзника, зато смерть Малюты усилила расположение к ним царя.
Как уже говорилось, жизнь семейства Годуновых протекала в царских хоромах. Ирина росла на глазах Ивана Грозного. Более преданной родни царю было не сыскать, и 7 сентября 1580 г. состоялась свадьба царевича Федора и Ирины.
В 1580–1581 гг. царь дает боярские чины Дмитрию и Борису Годуновым. В 30 лет получить чин боярина было лестно даже Рюриковичу, а ведь за Борисом никаких заслуг не числилось, кроме, разумеется, близости к царю. Даже двоюродный брат Бориса Степан Васильевич Годунов стал окольничим.
После свадьбы Иван Грозный выделил царевичу Федору большое удельное княжество, по размерам превосходящее многие европейские государства и включавшее города Суздаль, Ярославль и Кострому со многими волостями и селами. Это удельное княжество фактически перешло под контроль Годуновых.
С начала 70-х годов XVI века происходит резкое увеличение земельных владений Дмитрия и Бориса Годуновых. Часть земель была пожалована им царем, часть была куплена у других землевладельцев. Так, царь пожаловал Дмитрию Годунову дворцовые бортные села Ижевск и Киструсь в Рязанском уезде, вотчины Путилово и Беседы в Московском уезде и т. д. Дмитрий скупил вотчины во Владимирском и Дмитровском уездах. Каким-то образом ему же досталась Совьюжская волость в Солигалицком уезде, что дало Годунову огромные доходы от продажи соли.
Борис получил в приданое от Малюты Скуратова большую вотчину в Малоярославском уезде. Борис покупает у Третьяковых село Хорошёво под Москвой, затем — несколько сел в Тверском и Бежецком районах. Каким-то образом Борис приобретает вотчину Горетево в Московском уезде и т. д.
Богатыми землевладельцами стали и троюродные братья Бориса — Григорий, Степан и Иван Васильевичи Годуновы.