Конечно, русским подобное геройство было не по душе, они направляли против Шамиля все большие силы, и в 1839 году имам только чудом сумел уйти из своей резиденции в ауле Ахульго после трехмесячной осады. Восемь месяцев о нем не было слышно, и Россия уже начала праздновать победу. Но, как оказалось, рано. Шамиль снова вернулся, и теперь его союзниками стали Большая и Малая Чечня. Именно Чечня обратилась к Шамилю с просьбой либо защитить ее, либо разрешить ей отдаться под власть белого царя. Хорошо зная, что за подобное отступничество им грозит смерть, чеченские послы передали свое предложение Шамилю через его мать. И тем самым поставили его перед трудной дилеммой. Ведь, приняв послов, мать совершила преступление, и Шамиль был обязан наказать ее.
Три дня провел он в молитвах, пока наконец не «услышал» голос Аллаха. «Кто первым высказал свои столь постыдные намерения, — сообщил ему Всевышний, — дай тому сто ударов плетью!» Однако Шамиль смог ударить мать только пять раз, после чего упал без чувств. Затем он заставил послов Чечни прочитать предсмертные молитвы и… отпустил их домой.
Сдаваться на милость русских он не собирался и, прекрасно понимая, что в открытом бою ему не победить русскую армию, повел партизанскую войну. К концу 40-х годов XIX столетия он достиг пика своей славы, объявил своего сына наследником принадлежавшей ему духовной власти. Этим он вызвал недовольство горцев, заговоривших о том, что Шамиль заботится лишь о себе и своей семье. К тому же народ прекрасно видел, что наибы-управители, которых Шамиль объявил своими апостолами, заботились прежде всего о своем кармане а на все остальное им было наплевать.
Понимал ли это сам Шамиль? Да, конечно, понимал и с горечью выслушивал суждения своего сына, прошедшего обучение в Пажеском корпусе поручика гвардейского уланского полка, о своем убогом войске. Правда, уже очень скоро и сам Шамиль, и его братья стали чуждаться Джамалуддина, который настойчиво просил отца примириться с могучим русским царем. И кто знает, чем бы закончилась вся эта история, если бы тот вдруг не умер от чахотки.
К тому времени русские уже научились воевать в горах, и кольцо окружения неумолимо сжималось вокруг горной резиденции Шамиля аула Ведено. И тогда имам потребовал от всех своих сторонников дать клятву стоять до конца! Но, увы… слишком велико было превосходство русской армии, Чечня была покорена, и Шамиль с остатками верных наибов отошел в аул Гуниб. По дороге его обоз был ограблен его же сторонниками, и оставшийся всего с четырьмя сотнями джигитов Шамиль был обречен.
После долгих раздумий Шамиль пошел на переговоры с Барятинским, и тонкий дипломат полковник Лазарев стал убеждать имама в том, что его сопротивление бессмысленно, что дальнейшая борьба только приведет к ненужным жертвам и что Барятинский сохранит имаму не только жизнь, но и возможность жить с семьей в Мекке. 26 августа 1859 года Шамиль принял историческое решение прекратить борьбу и вышел навстречу князю Барятинскому. Он не верил Лазареву и даже не сомневался в том, что его убьют. Но и сдаваться на милость победителю он не собирался и решил дорого отдать свою жизнь вместе с пятьюдесятью верными ему наибами.
К его великому изумлению, при его появлении грянуло громовое «ура». В небольшой роще имам встретил князя и сказал: «Я тридцать лет дрался за религию, но теперь мои народы изменили мне, да и сам я утомился. Поздравляю вас с владычеством над Дагестаном и от души желаю государю успеха в управлении горцами для блага их!»
Шамиля отправили в Россию, где его принял сам Александр II, который повелел положить имаму двадцать тысяч рублей ежегодно и поселил его в Калуге. В марте 1870 года Шамиль получил разрешение отправиться в Мекку, правда, для этого ему пришлось написать клятвенное письмо, что он не причинит России никакого вреда. Великого деятеля ислама с почетом встретили в мусульманском мире, турецкий султан оказал ему большие почести и особенно полюбил его после того, как он предотвратил его войну с египетским Исмаил-пашой. В Мекке за ним постоянно ходили толпы паломников, ловившие каждое брошенное знаменитым имамом слово.