В результате летнего наступления, предпринятого временным правительством А. Керенского в июне 1917 года под давлением Антанты, Восточный фронт рухнул. Русская армия, не подготовленная к наступлению и брошенная своими «союзниками» на произвол судьбы, фактически развалилась под мощными ударами кайзеровских войск и оказалась не в состоянии вести какие-либо боевые действия. В тылу России начался стихийный захват помещичьих земель. Временное правительство приступило к массовой демобилизации из армии, надеясь тем самым избавиться от революционно настроенных солдат. Участились случаи дезертирства. Солдаты-дезертиры целыми эшелонами направлялись в тыл, чтобы успеть к разделу земель.
Соломон Могилевский как «ненадежный элемент» был демобилизован из Русской армии в августе 1917 года. Большевистская партия направила его агитатором на Северный фронт, где генерал Иванов незадолго до этого сдал немцам Ригу, чтобы «задушить гидру революции». Вскоре С. Могилевский получает новое задание партии — он направляется большевистским агитатором в Иваново-Вознесенск, родину первых Советов, где ведет революционную работу среди текстильщиков.
Октябрьские события 1917 года застали Соломона Могилевского в Минске, где он работал в Военно-революционном комитете по подготовке вооруженного восстания. После победы Октябрьской революции он вновь возвратился в Иваново-Вознесенск, где был назначен комиссаром промышленности. Занимался восстановлением текстильного края, обеспечением ткацких фабрик хлопком из Средней Азии. Вскоре в связи с саботажем крупного капитала становится комиссаром юстиции в этой губернии, а затем и председателем Революционного трибунала.
Весной 1918 года С. Могилевского, успевшего положительно зарекомендовать себя на практической работе, переводят в Москву на должность заместителя заведующего отделом Народного комиссариата юстиции. Одновременно он является по совместительству членом коллегии обвинителей Верховного трибунала Республики.
В мае 1918 года в России вспыхнул мятеж белочехов, активно поддержанный Антантой. Захватив 25 мая Транссибирскую магистраль от Казани до Владивостока, бывшие чешские военнопленные, которым советское правительство разрешило возвратиться на Родину через Дальний Восток, выступили с оружием в руках против своих вчерашних союзников. В Поволжье и на Урале они свергли советское правительство, арестовали и расстреляли коммунистов из местных органов власти. В Омске адмирал Колчак сверг власть Советов, объявил себя Верховным правителем России и назначил временное Сибирское правительство.
8 июня 1918 года в Самару, захваченную чехословацким мятежным корпусом, на броневике мятежников и под их охраной въехали пять членов бывшего Учредительного собрания, разогнанного большевиками, — В. Вольский, П. Климушкин, И. Брушвит, Б. Фортунатов и И. Нестеров, которые при поддержке интервентов возглавили эсеро-меньшевистское правительство. Они провозгласили себя «Комитетом Учредительного собрания» («Комуч») и начали властвовать. В тот же день они издали прокламацию, в которой объявили о свержении власти Советов и лицемерно заверили граждан, что «каждый человек будет дорог и неоценим для демократического режима». Но на самом деле на улицах Самары уже чинилась оргия арестов и расправ над коммунистами, комиссарами и сочувствующими им рабочими. Только с 8 по 18 июня 1918 года «демократы» бросили за решетку 1827 инакомыслящих. На 7 октября 1918 года, когда Самара была взята Красной Армией, в тюрьмах правительства «Комуча» содержалось 2500 заключенных, а несколько тысяч человек было расстреляно.
Небезынтересна дальнейшая судьба «Комуча». Бежав под ударами Красной Армии дальше на Восток, его самозванное «правительство» нашло убежище под крылышком у «Верховного правителя» в Омске. Некоторое время оно пыталось претендовать на власть в стране, даже осуждало «эксцессы» Колчака. В конечном итоге, адмиралу надоела игра в демократию и он приказал расстрелять остатки Учредительного собрания России. Так что по сравнению с действиями «омского правителя» разгон «учредиловки» большевиками выглядит просто гуманным актом.
Однако вернемся к событиям лета 1918 года. Вслед за мятежом белых чехов французы заявили, что чехословацкий корпус является частью французской армии и потребовали от советского правительства эвакуировать его через Архангельск и Мурманск. В июне 1918 года они вместе с англичанами высадились в этих русских портах и окупировали Север России. На Дальнем Востоке и в Приморье высадились японские и американские интервенты. В результате Россия оказалась окруженной фронтами Гражданской войны.
В связи с созданием Восточного фронта в Поволжье, летом 1918 года С. Могилевский назначается членом комиссии ВЦИК по восстановлению советской власти в Саратове. Одновременно он работает в Саратовской ЧК по ликвидации белогвардейского мятежа. К тому времени Гражданская война охватила всю территорию России. В августе 1918 года Красная Армия перешла в контрнаступление на Восточном фронте и к концу ноября изгнала интервентов из Поволжья. С. Могилевский отзывается из Саратова и направляется на Украину, где работает в органах наркомата юстиции Республики. Одновременно он является заместителем председателя революционного трибунала 12-й армии.
В 1919 году решением Оргбюро ЦК РКП(б) Соломон Могилевский направляется в распоряжение Ф. Дзержинского. В октябре того же года он назначается заведующим следственной частью ВЧК и одновременно — заместителем начальника Особого отдела Московской ЧК.
Создание Особых отделов при ВЧК было вызвано тем, что в годы Гражданской войны и иностранной интервенции главный удар спецслужб Антанты и белогвардейцев был направлен против Красной Армии. Это потребовало от ВЧК усилить борьбу с деятельностью контрреволюционных организаций и иностранных разведок внутри Красной Армии. С этой целью по решению ЦК РКП(б) еще 19 декабря 1918 года в ВЧК был создан Особый отдел. Сформирован он был на базе армейских чрезвычайных комиссий и органов военного контроля. В задачи Особого отдела ВЧК входила активизация борьбы с контрреволюцией и шпионажем в армии и на флоте.
6 января 1919 года под руководством Ф. Э. Дзержинского было разработано Положение об Особых отделах ВЧК. Наряду с задачами по борьбе против контрреволюции и шпионажа в армии и на флоте на Особые отделы возлагалась организация агентурной работы за границей и в оккупированных иностранными державами или занятых белогвардейцами областях молодой республики и руководство ею.
22 декабря 1919 года в Москве состоялось Всероссийское совещание начальников Особых отделов фронтов, армий и флотов, которое приняло резолюцию о необходимости создания агентурной сети не только на оккупированной территории России, но и «в некоторых городах Западной Европы», где разместились белогвардейские центры.
Работая в Особом отделе Московской Чрезвычайной комиссии, Соломон Могилевский в 1919 году принимал активное участие в ликвидации подпольной контрреволюционной организации «Национальный центр».
… В начале июля 1919 года под городом Луга Петроградской губернии красноармейцы застрелили офицера А. Никитенко, лазутчика, пробиравшегося в армию Юденича. Среди найденных у него документов они обнаружили листок, из которого следовало, что убитый офицер являлся членом подпольной антисоветской организации, действовавшей в Петрограде и пытавшейся установить связь с белым командованием. Заговорщики создали так называемый «Национальный центр» Петрограда, в который входили барон Штромберг, князья Андронников и Оболенский, а также другие лица, вскоре арестованные чекистами и давшие показания.
В ходе допросов выяснилось, в частности, что в Москве также действует законспирированная контрреволюционная органиазция «Национального центра», которая готовит вооруженное восстание в «красной столице». Сигналом к нему должно было послужить взятие Тулы генералом Деникиным. Генерал планировал въехать в Первопрестольную до зимы и уже заготовил «Приказ N 1» и «Воззвание к населению Москвы».