В первое десятилетие царствования Екатерины масоны в России больше увлекались обрядовой стороной, почти не предпринимая каких-либо решительных попыток расширить свое влияние на общественную мысль. Только к концу царствования Екатерины здесь сложились две масонские системы: так называемые елагинская и циннендорфская (шведско-берлинская). Одна система была основана немцем из Берлина, посланным в Петербург от имени короля Фридриха. Другая система названа по имени Елагина, который, по его же словам, встретился где-то в пути с одним путешественником-англичанином, и тот открыл ему, «что масонство есть наука».
В 1776 году обе системы объединились, однако в масонских ложах в ту пору преобладали исключительно иностранцы, жившие в России, тогда как для самих русских масонство оставалось некой игрой «непонятных иноземцев».
Первым русским Великим мастером стал Иван Елагин, который организовывал культурные вечера при дворе Екатерины II. В 1770 году он создал первую Великую ложу России, в которую затем вошло 17 других масонских лож. По суждению Елагина, франкмасонство в России до 1770 года не носило серьёзного характера: «обращали внимание на обрядовую сторону, слегка благотворили, занимались пустыми спорами, оканчивавшимися иногда празднествами Вакха». Елагин же развил активную деятельность как в распространении франкмасонства, так и в его благоустройстве. Вследствие этого система, господствовавшая в ложах от него зависимых, называется «Елагинской». Сначала она была скопирована с английской, а потом к ней примешались влияния других систем, примешалось даже влияние розенкрейцерства, против которого выступал и сам Елагин.
Елагин купил себе целый остров на Неве (до покупки он назывался Медвежьим, а после – Елагинским). Там он построил роскошный дворец, в котором петербургские масоны стали проводить свои встречи.
Вместе с Елагиным в ряды вольных каменщиков пришла плеяда блестящих общественных деятелей. Просветитель Николай Новиков издал несколько тысяч наименований книг, назначение которых было в повышении общего образовательного уровня широких слоев населения. Его друг, масон Иван Петрович Тургенев, директор Московского университета, создал систему высшего образования. Масон Николай Карамзин написал первую полную многотомную «Историю государства Российского». Елагин в должности директора Придворных театров заложил основы национального театра.
Масон Михаил Херасков, возглавивший Петербургскую академию художеств, основал легендарную ложу «Умирающий сфинкс», членами которой были основоположники национального портрета Боровиковский, Левицкий и Рокотов, создатель русской жанровой живописи Венецианов, а также великий Брюллов.
Сама государыня, хотя и невольно, сделала немало для будущего масонства в России, насаждая в высшем обществе антихристианский дух «вольтерьянства». С ее легкой руки оно стало модным среди русской знати. Русский просветитель Н.И. Новиков записывает в это время в своем дневнике, что уже стоит «на распутье между вольтерьянством и религией».
Настоящие масоны появились в России только в конце царствования Екатерины. Одним из них был Шварц, уроженец Трансильвании. В Россию он приехал в 1780 году в качестве гувернера, но вскоре стал профессором Московского университета, где со временем сколотил вокруг себя небольшой масонский кружок из числа преподавателей и студентов. В 1782 году Россия была признана «восьмой провинцией масонского мира». Но свою «полезную» деятельность Шварц закончить так и не успел, ибо скончался в 1784 году.
Бывший член берлинской ложи «Трех глобусов» барон Шредер, направленный министром короля Фридриха из Пруссии Вёльнером для руководства русскими, занял место Шварца. Король прусский Фридрих-Вильгельм II, ревностный масон и враг России, подчинил русских франкмасонов. Таким образом посеянные семена дали всходы. Сподвижник Шварца Новиков учредил «Типографическую компанию», выпустившую в свет большое количество масонских изданий. В своих статьях он писал, что «вере учат не так, как надо», и рекомендовал, как надо учить. О его деятельности донесли императрице, особо упомянув, что Новиков «со друзьями участвует в уловлении известной особы» (наследника Павла Петровича). В 1792 году властями были опечатаны книги Новикова, из которых двадцать наименований продавались вопреки запрещению, а восемнадцать были изданы вовсе без разрешения. В это же время арестован был и сам Новиков. Заточение его в Шлиссельбурге продолжалось вплоть до кончины Екатерины II в 1796 году. Причина тяжкого приговора о заключении на 15 лет в Шлиссельбургскую крепость, постигшего Новикова, до сих пор неясна: ее видят в попытках вовлечь в деятельность масонов великого князя Павла Петровича, что крайне неприязненно было воспринято императрицей.