Екатерина II относилась к масонству резко отрицательно. В начале восьмидесятых годов в России действовало 145 масонских лож. Императрица Екатерина II всё сильнее ощущала вокруг себя, как стягивается кольцо масонского влияния, за которым проявлялась воля владетельных особ Запада, и прежде всего Германии. После конвента в Вильгельмсбаде, ещё раз подтвердившего роль русских масонов как политических агентов прусского короля, Екатерина вполне осязаемо почувствовала угрозу своей власти. Принадлежавшие к правящим родам, российские масоны вольно или невольно являлись орудием влияния западных владык. Часть из масонов входила в Её ближайшее окружение – Н.И. Панин (возглавлявший внешнюю политику России и являвшийся воспитателем сына Екатерины Павла), И.П. Елагин (кабинет-министр), В.И. Бибиков, А.В. Храповицкий (статс-секретарь), Артемьев (обер-секретарь). Активными проводниками масонской политики служили екатерининские вельможи из родов Долгоруких, Гагариных, Трубецких, Куракиных, Щербатовых, Чернышёвых, Брюсов, Репниных и многих других.
В 1782 году Екатерина предпринимает против масонства ряд решительных мер. Во-первых, выходит указ о запрещении тайных обществ, который, по сути дела, ставит вольных каменщиков вне закона. Во-вторых, из её ближайшего окружения постепенно изгоняются масонские функционеры. Но центр масонской работы переносится из Петербурга в Москву, а деятельность масонских лож становится ещё более тайной и враждебной России. В 1792 году «братьев» было 1500–2000 человек. В 1794 году Екатерина II специальным Указом полностью запрещает деятельность масонских лож.
В целом, императрицей Екатериной II были предприняты обыкновенные для всякой власти действия по ликвидации идеологической конкуренции и усиления революционности общества (по ее выражению – «разврата»).
В царствование императора Павла I франкмасоны отчасти оправились от удара, нанесенного им императрицей Екатериной II, что, впрочем, не свидетельствует о симпатиях к ним императора, но было проделано демонстративно, в пику правлению его матери. Павел I приказал освободить Новикова из заточения, возобновить орден вольных каменщиков не разрешил.
При Павле I проникновение масонства в Россию совершалось через орден иоаннитов. Члены ордена избрали Павла I магистром, который с восторгом принял это назначение. В результате заговора он был убит. Его наследник Александр I отклонил честь принять звание Великого магистра ордена и отменил изображение восьмиконечного мальтийского креста на российском государственном гербе, помещенное туда по распоряжению Павла. В России от рыцарей-иоаннитов остались лишь корона магистра, «кинжал веры» да портрет Павла в одеянии магистра кисти Боровиковского.
Александр I состоял в масонской ложе. В 1822 году масонство в России было официально запрещено, и хотя оно, безусловно, продолжало тайно существовать, особенно в провинции, где они приносили некоторую пользу (если говорить о культурном аспекте их деятельности), содействуя просвещению и облагораживая нравы. Но никаких очевидных признаков его деятельности (и даже присутствия) не наблюдалось вплоть до конца XIX века, легально и открыто они смогли возобновить свою деятельность только в начале УХ века с разрешения императора Николая II.
Первые ложи в России, после их запрета в 1822 году, вновь начинают появляться в начале XX века, при императоре Николае II в 1905 году под эгидой Великого востока Франции. Они получают весьма широкое распространение в стране на тот исторический период. В это время ложи Великого востока Франции относятся к так называемому либеральному масонству. В 1910 году от лож Великого востока Франции (ВВФ) начинают учреждаться ложи, которые вскоре составили основу новой организации, именуемой Великий восток народов России (ВВНР). Он объединял несколько десятков лож, приблизительно по 10–15 человек каждая. Ложи создавались по территориальному принципу. В ВВНР было несколько специальных лож – «Военная», «Литературная», и «Думская ложа Роза». Общее число членов лож ВВНР было в пределах нескольких сотен человек. ВВНР прекратил работу после революции 1917 года.