Несмотря на «просветительскую» деятельность Новикова, среди масонов после смерти Шварца действительно посвященных лиц не оказалось. Сам Новиков на допросе признался, что «многое ему неведомо». Поэтому на этом этапе масоны, хотя и отрицали церковную иерархию и обрядовую сторону религии, на саму Церковь не посягали, отдавая предпочтение алхимии и поиску «жизненного эликсира». Возможно, что приезд графа Калиостро в Россию в эти годы был далеко не случаен и сам граф ставил перед собой куда более далеко идущие цели, однако какого-то заметного влияния на развитие масонства в России его пребывание не оказало.
Во времена правления Павла I проникновение масонства в Россию совершалось через орден иоаннитов, который формально сохранял статус католического, но структурно и идейно был устроен по масонскому образцу. Орден иоаннитов, или Орден Святого Иоанна Иерусалимского, был создан в эпоху крестовых походов, но после изгнания крестоносцев из Палестины перебрался на Кипр, а в 1056 году, после завоевания монахами-рыцарями острова Родос, обосновался там. В 1521-м, после блестящей обороны острова от турецких полчищ, император Карл V пожаловал иоаннитам «в вечное наследство» остров Мальту, откуда обосновавшиеся там рыцари совершали походы на мусульман и при магистре де Валлетте достигли подлинного расцвета, став грозой всего Востока. Когда же в 1798 году молодой генерал Наполеон Бонапарт на пути в Египет фактически без боя захватил остров, значительное число рыцарей отправилось в Россию, где и нашло себе приют. И не без причины.
Дело в том, что один из руководителей ордена — граф Литта — был женат на племяннице Г. Потемкина, которая до этого была замужем за графом Скавронским и после его смерти получила в наследство громадное состояние. Поместья ее нового мужа в Италии были конфискованы французами, поэтому все его финансовые интересы сосредоточились в России. Граф Литта сумел произвести впечатление на Павла и с тех пор пользовался его неизменным покровительством. На своем собрании в Петербурге члены ордена сместили прежнего магистра и на его место избрали Павла I, который с восторгом принял это назначение. Президенту Российской академии наук даже было предписано обозначить Мальту в издаваемой Академией календаре как «губернию Российской империи».
Принимая звание Великого магистра, Павел руководствовался более романтическими чувствами, нежели политическим расчетом. Конечно, свой порт в Средиземном море русскому флоту не повредил бы, но удержать его было невозможно: Англия и Франция никогда бы этого не допустили. Итальянский поход А. В. Суворова принес русской армии новые победы и славу русского оружия, но самой России он ничего не дал. Ф. Ф. Ушаков обогатил военное искусство взятием неприступной крепости Корфу на Ионических островах, но после этого едва избег печальной необходимости сражаться в Средиземном море (по приказу императора) с английским флотом за интересы чуждого ему ордена. Эта попытка дорого стоила и самому императору: в результате заговора он был убит. Его наследник, Александр I, отклонил честь принять звание Великого магистра ордена и отменил изображение восьмиконечного мальтийского креста на российском государственном гербе, помещенное туда по распоряжению Павла. В России от рыцарей-иоаннитов остались лишь корона магистра, «кинжал веры» да портрет Павла в одеянии магистра кисти В. Л. Боровиковского.
Александр I (о чем говорилось выше) тоже состоял и масонской ложе. При нем в 1809 году в Россию для преподавания еврейского языка. В Духовной академии прибыл уроженец Венгрии И. Л. Фесслер, основавший в Петербурге ложу «Северная звезда» (некоторые масоны считали эту ложу иллюминатской), в которую входил и увлеченный его идеями М. М. Сперанский, оставивший заметный след в истории России своими реформами. Но в Петербурге Фесслер надолго не задержался, ибо вскоре был обвинен в том, что распространял среди слушателей академии социнианское учение. Чтобы избежать нежелательных осложнений, Фесслер перебрался в Саратов, но в провинциальной глуши учеников у него не нашлось. В 1822 году масонство в России было официально запрещено, и хотя оно, безусловно, продолжало тайно существовать, но никаких очевидных признаков его деятельности (и даже присутствия) не наблюдалось вплоть до конца XIX века.