Участие иоаннитов в Пятом крестовом походе 1217 и 1221 годов запомнилось неудачной осадой крепости Тавор, имевшей 77 башен, и взятием после долгой осады крепости Дамисты (Дамиетты) в мамлюкском Египте. А в 1230 году иоанниты завязали контакты с ассасинами — тайной мусульманской организацией-государством, образованной в конце XI века в Иране и имевшей крепости и замки в Сирии и Ливане.
Однако вскорости, в августе 1244 года, Иерусалим пал под натиском войск египетского султана ас-Салиха, а 17 октября 1244 года объединенное войско Иерусалимского королевства было разбито при Харбийи (Форбии) войсками египетского султана Бейбарса (Бибарса). Из 7 тыс. рыцарей в живых осталось только 33 тамплиера, 3 тевтонца и 27 иоаннитов; около 800 рыцарей были взяты в плен. В 1247 году египтяне захватили также часть Галилеи и город Аскалон, который защищали иоаннитские рыцари.
С 1265 по 1271 год рыцари потеряли также Кесарию, Арсуф, Яффу, Монфор, Крак де Шевалье и, что самое страшное, — Антиохию, одну из мощнейших крепостей на Ближнем Востоке. Эту крепость крестоносцы осаждали 7 месяцев и потеряли под ней половину своей армии.
Однако в 1270 году рыцари затевают еще один, последний крестовый поход — восьмой по счету. 17 июля войска крестоносцев под предводительством французского короля Людовика IX высадились в Тунисе. Но вскоре король умер от лихорадки. Поход завершился безрезультатно, был подписан мир, но крестоносцы не смогли переломить ситуацию в свою пользу. В 1285 году войска султана Бейбарса взяли Маргат, в 1287-м — Латакию, в апреле 1289-го — Триполи.
Хотя рыцари и прославились своими отвагой и мужеством, ни одно социальное объединение не вечно. В 1291 году, несмотря на героизм рыцарей Креста Красного (тамплиеров) и рыцарей Креста Белого (госпитальеров), сражавшихся бок о бок, на одного христианина приходилось 7 мусульман, битва продолжалась каждый день, и Акра (Птолемаида), продержавшаяся около двух недель, была потеряна перед лицом подавляющего численного превосходства мусульманских войск. Падение Акры имело огромное политическое и военное значение — это было уничтожение последнего оплота христиан и изгнание их со Святой земли. С падением Акры Иерусалимское королевство прекратило свое существование и закончилась история крестовых походов.
Уход из Святой земли. Кипр
После падения Иерусалимского королевства и изгнания из него иоаннитов в конце XIII века они перебрались на Кипр, захваченный еще в 1191 году отрядами английского короля Ричарда Львиное Сердце и проданный тамплиерам, которые потом уступили остров королю Иерусалимскому Ги де Лузиньяну (эта династия удерживала за собой остров до 1489 г.). Стараниями великого магистра госпитальеров Жана де Вилье у них на Кипре уже были замки в Никосии, Колосси и других местах. Отход на Кипр был достаточно боевым: Жан де Вилье и его рыцари мечами прорубили себе дорогу на орденскую галеру, в то время как с палубы прикрывавшие их доблестный отход лучники обрушивали град стрел на врага, стремившегося уничтожить последних из оставшихся в живых героев великой христианской армии. Разбитые и раненые, но не покоренные и не сломленные, рыцари высадились на Кипре, где король Ги де Лузиньян дружески встретил их. Орден стал вассалом короля Кипра и получил от него феодальное владение Лимассол (Лимиссо).
Здесь произошло слияние госпитальеров с еще одним орденом, также изгнанным из Иерусалима, — орденом Святого Самсона. Этот союз стал именоваться «рыцари Кипра». Подарок короля Кипра был утвержден римским папой Климентом V. В Лимассоле в течение восемнадцати лет располагалась резиденция ордена.
В новой резиденции был созван генеральный капитул, и, пожалуй, такого многолюдного собрания не было со времени основания ордена. Некоторые из кавалеров советовали великому магистру переселиться в Италию, но он и прочие старшие кавалеры, не теряя надежды возвратить когда-либо землю обетованную, отвергли предложение первых, а решились на время остаться в Лимассоле. Здесь великий магистр основал гостиницу, повелел кавалерам вооружить суда, на которых они прибыли в Кипр, и использовать их для защиты паломников, которые и после потери христианами Иерусалима не преставали посещать святые места.