Вот в каких условиях руководство ордена решилось-таки подписать предложенный им договор и вступить во владение Мальтой, которой суждено было стать их последним территориальным владением. Двадцать шестого октября 1530 года Филипп Вилье де Лиль-Адан прибыл со своей свитой на остров, открыв тем самым новую страницу в истории ордена — мальтийскую. Здесь ордену суждено было достигнуть зенита своего величия и пережить полный крах. Конечно, бесплодному, затерявшемуся в центре Средиземного моря острову было далеко до Родоса, прекрасно укрепленного, щедрого и утопавшего в зелени. Но делать было нечего, мало-помалу рыцари начали обустраиваться. Облюбовав в качестве основной резиденции Биргу, небольшой рыбацкий поселок на берегу Большой гавани, орден приступил к строительству необходимых сооружений.
Крепость на Мальте должна была стать надежной защитой. Обстоятельства диктовали необходимость создать на острове мощный форпост, не уступающий Родосской цитадели. Помимо декларированного орденом принципа защиты христианства, этого требовала и элементарная предосторожность: Мальту нужно было суметь не только получить, но и удержать. А времени для этого было мало. Уже в 1535 году Карл V напомнил рыцарям об их обещаниях служить «стражами истинной веры» в Средиземноморье и потребовал, чтобы иоанниты приняли участие в его кампании против правителя Алжира Хайреддина Барбароссы.
Права на правление Алжиром он не имел ровным счетом никакого. Просто этот предприимчивый морской пират, воспользовавшись борьбой алжирцев против испанских колонизаторов, захватил власть в стране, но, чувствуя свою слабость, вынужден был обратиться за помощью к Турции, чьим вассалом и стал в 1519 году. Имея за спиной столь сильную поддержку, Хайреддин осмелел и стал совершать все более частые набеги на испанские владения в Северной Африке. Борьба против него становилась крайне необходимой еще и потому, что, нанося удары алжирскому правителю, Карл V одновременно весьма чувствительно задевал и Османскую империю, уже распространившую свою власть практически на все африканское побережье от Алжира до Египта и пытавшуюся прибрать к рукам Марокко.
В те времена немало европейских монархов относилось к Средиземному морю как к своей вотчине. Не отставали от них ни турки, ни алжирские пираты, наводившие страх на европейские страны бассейна. Они убивали и грабили прибрежное население, опустошая целые районы, увозили в плен тысячи рабов, захватывали суда и добычу, постоянно угрожая торговому мореплаванию. Вот против этой-то «заразы» и призвал глава Священной Римской империи выступить орден, ставший отныне Мальтийским.
Этот военно-морской выпад рыцарей против новоявленного алжирского правителя прошел успешно: по некоторым источникам, было освобождено 10 тыс. пленников-христиан. Однако через шесть лет Хайреддин взял убедительный реванш, разбив силы Карла V под г. Алжиром. В кампании вновь участвовали госпитальеры, понесшие ощутимые потери: испанский флот, в который влились их корабли, был разметен и практически уничтожен жестоким штормом. Рыцарям приходилось туго: в военных предприятиях их преследовали неудачи; еще хуже обстояло дело с финансами, и уж совсем плохо складывались дела внутри ордена. За десятилетие, прошедшее с момента воцарения ордена на Мальте, значительно обострились разногласия рядовых рыцарей с орденской верхушкой, вызванные чрезмерными амбициями великого магистра с его окружением и стремлением молодых членов братства освободиться от суровой дисциплины и мелочной опеки.
Время шло, а неудачи продолжались, как во внутренних делах, так и в международных. В 1540 году орден постигла двойная неудача, усугубившая его и без того сложное положение: он потерял свои владения и, следовательно, огромные доходы в Англии и Германии. Предлогом для конфискации владений послужили события Реформации: местные монархи и князья увидели прекрасную возможность укрепить свою власть и освободиться от диктата Рима.
Причем, если в Германии дела ордена отныне были не слишком хороши, то в Англии совсем плохи. Мальтийский орден, распущенный специальным королевским эдиктом, перестал существовать как таковой, а рыцарям было предоставлено право выехать на Мальту в качестве частных лиц или остаться на службе у Генриха VIII — и многие из них предпочли остаться и поступить на службу. В лоскутных немецких государствах судьба госпитальеров сложилась несколько иначе. В южных княжествах, оставшихся католическими, ордену удалось сохранить значительные преимущества; зато в землях, вошедших в так называемую протестантскую группировку, они не только потеряли все, что имели, но и вынуждены были образовать совершенно самостоятельную ветвь — Прусский орден иоаннитов (1540 г.), исповедовавший лютеранство.