Согласно публикации Луиса Хагена, относящейся к 1968 году, штаб-квартира НТС находилась в Париже, а ее «оперативный центр» размещался во Франкфурте-на-Майне. Организационно НТС строился по образцу разведывательной службы, его члены объединялись в небольшие группы-ячейки. НТС руководил работой радиостанции «Радио свободной России» и школой подготовки агентуры в Бад-Хомбурге. Члены НТС выезжали в Англию для получения в МИ-6 инструкций о новейших методах ведения шпионажа.
Штаб-квартира МИ-6 находится в здании Сентури-хаус, 20-этажном блоке служебных помещений в лондонском районе Ламбет. Здесь ряд региональных отделов поддерживают связь с находящимися за границей сотрудниками разведки и обрабатывают поступающую от них информацию. Отделения, подобно соответствующим подразделениям министерства иностранных дел, организованы по географическому принципу и сведены в шесть отделов: Соединенного Королевства, Европы, европейских социалистических стран, стран Ближнего, Дальнего Востока, Африки. Поскольку в Латинской Америке имеется только одна резидентура, этим континентом, вероятно, занимается какой-то региональный отдел, хотя конфликт в Южной Атлантике мог привести и к определенной реорганизации. Другие отделы занимаются административными вопросами, подготовкой кадров, контрразведкой и обеспечением безопасности. Службы обработки информации и определения заданий, ранее действовавшие самостоятельно, объединены в один отдел. Имеется также большой отдел «специальной поддержки», который укомплектован различными специалистами. Во главе МИ-6 стоит директор.
Оперативная база МИ-6 в любой стране называется резидентурой. В ее функции входит планирование мероприятий, хранение информации, обеспечение связи. Обычно резидентура располагается в здании посольства. Однако она может находиться и в офисах подставной компании или в скромном помещении какой-то закусочной. Необязательно, чтобы резидентура располагалась в той стране, против которой она работает. На резидентуру МИ-6 в Лондоне (60, Воксхолл Бридж-роуд) возложена задача по вербовке агентуры внутри страны, по наблюдению за иностранными дипломатами и другими официальными лицами, представляющими интерес для разведки. Известно, что для подготовки своего персонала МИ-6 использует три объекта: здание конторских учреждений, 296–302 по Барэ Хай-стрит, находящееся в нескольких минутах ходьбы от Сентури-хаус; форт Монктон, около Госпорта, используемый для обработки с обучающимися тактики «побегов и уходов», актов саботажа, подрывных и других действий, в то же время [20] обучение методам наружного наблюдения и допросов (и противодействия им) осуществляется в штаб-квартире военной разведки в Ашфорде.
В резидентурах, размещенных в посольствах, сотрудники разведки официально выступают в качестве дипломатов. Зачастую это самый легкий путь для въезда разведчиков в страну. Они обладают дипломатической неприкосновенностью и имеют возможность для проведения встреч с интересующими их лицами из числа местных граждан. Для того чтобы дать такому сотруднику разведки достаточно времени для проведения разведывательной работы, объем его официальных дипломатических обязанностей без труда может быть сведен до минимума. Подобное прикрытие известно под названием «неглубокого», поскольку любая контрразведка без особого труда определит, кто из сотрудников посольства является настоящим дипломатом.
Некоторые виды разведывательной деятельности не могут быть осуществлены сотрудниками, работающими в официальных британских учреждениях. Выполнение таких специальных заданий поручается сотрудникам с «глубоким» прикрытием, которые живут как частные граждане, и сообщенные ими о себе данные должны выдерживать тщательную проверку. Сотрудники с «глубоким» прикрытием получают из резидентуры руководящие указания, обеспечиваются соответствующей связью и поддержкой. Значительное внимание уделяется подбору достоверных прикрытий, и поэтому сотрудники с «глубоким» прикрытием, как ни странно это звучит, довольно неэффективны с точки зрения результатов их собственной разведывательной деятельности, ибо полный рабочий день они обычно заняты на своей основной работе. Подлинная ценность сотрудников с «глубоким» прикрытием заключается в агентах, работой которых они должны руководить.
Самыми распространенными видами «глубоких» прикрытий являются должности в коммерческих учреждениях и в органах прессы. Фрэнк Снепп, находившийся в 70-х годах в качестве сотрудника ЦРУ во Вьетнаме, писал: «Некоторые сотрудники МИ-6 действовали под «глубоким» прикрытием в качестве журналистов, и мы использовали их для продвижения в прессу, к которой не имели доступа, выгодных американских публикаций...» В этой цитате Снепп касается вопроса, требующего особого внимания. Имеются значительные различия между офицерами разведки, выступающими в качестве журналистов (то есть под прикрытием журналистов) и подлинными журналистами, которые завербованы разведкой в качестве агентов и работают или по контракту за установленную плату, или сдельно.