По словам подручных Мюллера, много лет знавших его, он был человеком хитрым, беспощадным и умевшим мстить. Привычка ко лжи и стремление к неуемной власти над своими жертвами наложили на него отпечаток коварства и грубости, скрытой и судорожной жестокости.
Гейдрих не случайно остановил свой выбор на Мюллере. Он нашел в этом «упрямом и самонадеянном» баварце, обладавшем высоким профессионализмом и умением слепо подчиняться, идеального партнера, выделявшегося своей ненавистью к коммунизму и «всегда готового поддержать Гейдриха в любом грязном деле» (как, например, уничтожение неугодных Гитлеру генералов, расправа с политическими противниками, слежка за сослуживцами). Мюллер отличался тем, что, действуя по привычному стандарту, он «как опытный ремесленник преследовал свою жертву прямолинейно, с упорством сторожевого пса, загоняя ее в круг, из которого не было выхода».
В качестве главы гестапо Мюллер создал такую пирамиду ячеек, которая распространялась сверху вниз, проникала буквально в каждый немецкий дом. Рядовые граждане становились почетными сотрудниками гестапо, выступая в качестве квартальных надзирателей. Превратник жилого дома должен был, как квартальный надзиратель, следить за членами всех семей, проживающих в этом доме. Квартальные надзиратели сообщали об имевших место политических проступках и подстрекательских разговорах. Летом 1943 года гестапо располагало 482 тысячами квартальных надзирателей.
Инициативное доносительство со стороны прочих граждан также широко пропагандировалось и поощрялось как проявление патриотизма. Добровольные осведомители обычно действовали, движимые завистью или стремлением выслужиться перед властями, и получаемая от них информация, как правило, была, по свидетельству сотрудников гестапо, бесполезной.
Тем не менее, как считали гестаповцы, осознание человеком, что на него может донести буквально кто угодно, создавало желаемую атмосферу страха. Даже ни один из членов национал-социалистской партии не чувствовал себя спокойно, опасаясь «всевидящего ока» гестапо.
С помощью внедренной в головы людей мысли о том, что за каждым все время следят, удавалось держать в узде целый народ, подрывать его волю к сопротивлению. Другое преимущество такой в полном смысле слова государственной сети почетных и добровольных доносчиков заключалось в том, что для правительства она была бесплатной.
Как специалист в области пыток Мюллер в организации их превзошел всех своих коллег. С теми, кто попадал в руки гестапо, «работали» поразительно одинаковым образом. Применяемая технология пыток была в такой мере тождественной как в Германии, так и на территории оккупированных стран, что это совершенно определенно указывало на то, что гестаповцы руководствовались единым, обязательным для всех органов гестапо оперативным наставлением.
Прежде чем начать допрос, подозреваемого обычно жестоко избивали, чтобы привести его в шоковое состояние. Цель такого злонамеренного произвола заключалась в том, чтобы ошеломить, унизить и вывести арестованного из состояния душевного равновесия в самом начале борьбы с его истязателями, когда надо собрать воедино весь свой разум и волю.
Гестаповцы считали, что каждый схваченный ими человек располагает хоть какой-то информацией о подрывной деятельности, пускай даже лично не имея прямого отношения к ней. Даже тех, против кого отсутствовали какие-либо доказательства их причастности к подрывной деятельности, подвергали пыткам «на всякий случай», — может быть, они что-нибудь расскажут. Арестованного допрашивали «с пристрастием» по вопросам, о которых он абсолютно ничего не знал. Одна «линия допроса наудачу» сменялась другой. Начавшись, этот процесс становился буквально необратимым. Если арестованный не давал показаний на допросе с применением «мягких» пыток, они становились все более жестокими. Человек мог умереть, прежде чем его истязатели убедятся, что он действительно ничего не знает.
Обычным делом было отбивание почек у допрашиваемого. Его избивали до тех пор, пока лицо не превращалось в бесформенную, лишенную зубов массу. Гестапо имело набор изощренных орудий пыток: тиски, с помощью которых раздавливали яички, электроды для передачи разряда электрического тока от пениса в задний проход, стальной обруч для сдавливания головы, паяльник для прижигания тела пытаемого.
Под руководством Мюллера в гестапо прошли кровавую «практику» все эсэсовские палачи, которые впоследствии зверствовали в оккупированных странах Европы и на временно захваченной советской территории.
Идеей фикс Мюллера было создание централизованного учета, в котором имелось бы досье на каждого немца со сведениями обо всех «сомнительных моментах» в биографии и поступках даже самых незначительных. Любого, кто подозревался в сопротивлении гитлеровскому режиму, пусть даже «лишь в мыслях», Мюллер причислял к врагам рейха.
Мюллер имел самое непосредственное отношение к «окончательному решению еврейского вопроса», что означало массовое физическое уничтожение евреев. Именно он подписал приказ, требующий доставки в Аушвитц к 31 января 1943 года 45 тысяч лиц еврейской национальности для их уничтожения. Он же являлся автором бесчисленных документов аналогичного содержания, лишний раз свидетельствующих о его необычном рвении в исполнении директив нацистской верхушки. Летом 1943 года он был послан в Рим для оказания давления на итальянские власти в связи с возникшими у них колебаниями в «решении еврейского вопроса». Вплоть до самого конца войны Мюллер неустанно требовал от своих подчиненных активизации их деятельности в этом направлении. В период его руководства массовые убийства превратились в автоматическую процедуру. Такой же экстремизм проявлял Мюллер и в отношении советских военнопленных. Он же отдал приказ расстрелять английских офицеров, бежавших из-под стражи близ Бреслау в конце марта 1944 года.
Как и сам глава РСХА. Гейдрих, Мюллер был в курсе интимнейших подробностей, касавшихся всех руководящих деятелей режима и их ближайшего окружения. Вообще он был одним из самых осведомленных лиц третьего рейха, высшим «носителем тайн». Власть гестапо Мюллер использовал и в личных интересах. Рассказывают, что когда один из членов богатого и знатнейшего семейства Гередорфов угодил в лапы тайной полиции, то его родственники предложили выкуп в три миллиона марок, которые Мюллер положил в свой карман.
После бегства из поверженной Германии Мюллер не оставил практически никаких следов. Последний раз его видели 28 апреля 1945 года. Хотя официально его похороны состоялись за двенадцать дней до этого, однако после эксгумации тело не было опознано. Ходили слухи, будто бы он уехал в Латинскую Америку.