Чисто гностические идеи выражены в Евангелии Фомы в речении, где говорится о необходимости сделать верхнее нижним. Как и в Евангелии Филиппа, здесь имеется в виду уничтожение присущих миру (космосу) разделений на противоположности: для того, чтобы войти в царство, нужно сделать внешнее внутренним, верхнее - нижним, а мужское и женское - одним. Вообще для Евангелия Фомы, как отмечает исследовательница этого памятника М. К. Трофимова, характерно сочетание речений абстрактного и явно мистического содержания с притчами и примерами, значительно более конкретными, чем аналогичные тексты новозаветных сочинений. Дело в том, что, в отличие, от евангелий Нового завета, которые подвергались неоднократным изменениям и редактированию вплоть до канонизации "священных" книг в IV - V вв., Евангелие Фомы в том виде, в каком оно дошло до нас, представляет собой один из первых опытов объединения идей ранних христианских групп с мистикой египетских гностиков. Далеко не все притчи и слова Иисуса, взятые автором евангелия из устной или только что записанной традиции, он решился или сумел изменить, отредактировать. Но наряду с древними речениями приводятся логии отвлеченного характера, дававшие читателям своего рода ключ, с помощью которого они должны были проникнуть в "истинный" смысл, скрытый за конкретностью этих древних речений.
Более подробно и более образно, чем в Новом завете, дается в Евангелии Фомы описание борьбы, которую должен вызвать приход Иисуса на землю. В первоначальном виде это описание, несомненно, относилось к наступлению страшного суда. Гностики могли толковать его как мистическую борьбу света с силами зла, как отделение избранных от всех остальных: "Может быть, люди думают, что я пришел бросить мир в космос, и они не знают, что я пришел бросить на землю разделение, огонь, меч, войну. Ибо пятеро будут в доме: трое будут против двоих и двое против троих. Отец будет против сына и сын против отца...". Основной текст этого речения имеет аналогии в Новом завете; в Евангелии от Матфея сказано: "...не мир пришел я принести, но меч, ибо я пришел разделить человека с отцом его, и дочь с матерью ее, и невестку со свекровью ее" (10: 34-35). В этом отрывке нет упоминания войны и огня и снято то напряжение, которое вызывает перечисление бед в отрывке у Фомы "разделение, огонь, меч, войну...". В Евангелии от Луки аналогичная фраза еще менее внутренне напряженна: "Думаете ли вы, что я пришел дать мир земле? Нет, говорю вам, но разделение; ибо отныне пятеро в одном доме станут разделяться..." (12: 51-52). Все три текста восходят к представлениям о конце света, свойственным христианам перед первым иудейским восстанием. В целом текст у Фомы отражает, вероятно, более ранний вариант речения. Как и при включении речений, тексты которых дошли до нас на оксиринхских папирусах, составители и редакторы евангелий от Матфея и от Луки смягчали апокалиптические настроения, выраженные в ранней традиции, отходили от представлений о скором наступлении конца света, а значит, и царства божия на земле.
Интересна в Евангелии Фомы притча о пире, которая в разных вариантах приведена в канонических евангелиях. У Фомы рассказывается, как некий человек послал раба позвать гостей на ужин, но все они стали отказываться: один - потому, что вечером должен получить деньги от торговцев; другой потому, что купил дом; третий идет на свадьбу; четвертый купил деревню и должен ехать собирать подать... Тогда господин приказывает рабу пойти на дорогу и привести тех, кого он найдет. Притча эта в Евангелии Фомы кончается грозным предостережением: "Покупатели и торговцы не войдут в места моего Отца". У Луки также господин посылает раба звать гостей, которые, ссылаясь на дела, отказываются от приглашения. Тогда господин велит рабу пригласить "нищих, увечных, хромых и слепых" (опять свойственное раннему христианству обращение ко всем несчастным, отвергнутым существующим обществом), а затем и всех, кого он встретит на дороге. Заключительной фразы о торговцах и покупателях в тексте Луки нет. Там акцент делается на другом. В конце притчи сказано: много званых, но мало избранных, т. е. мало тех, которые последуют за истинным учением и благодаря этому получат награду. В Евангелии от Матфея званые не просто отказываются, но еще убивают рабов пригласившего их царя, за что тут же наказываются. В эту притчу добавлен эпизод с человеком, который пришел на пир одетый "не в те одежды", и за это был по приказу хозяина выброшен вон. Таким образом, согласно этому варианту притчи, наказываются не только те, кто не пожелал присоединиться к учению Иисуса, но и те, кто исповедует его неправильно ("одетые не в те одежды"). Мораль в Евангелии от Матфея совпадает с моралью в Евангелии от Луки. Вариант притчи, приведенный в Евангелии Фомы, воссоздает живую бытовую картину. Причины отказа посетить пир здесь конкретизированы: в трех из четырех случаев такой причиной служит торговая сделка. Вывод, направленный против торговцев и покупателей, кажется поэтому естественным следствием образного строя притчи, в то время как у Луки и Матфея причины отказа к морали притчи непосредственного отношения не имеют. Вполне возможно, что у Фомы приведен первоначальный вариант этой притчи, взятый им из источника, которым пользовался также и автор Евангелия от Луки. Однако последний, как это было свойственно всем раннехристианским авторам, использовал притчу для той морали, которая ему показалась более уместной.