Однако, если проблема выработки рациональной структуры контрразведки и постановки стоящих перед ней задач в целом была решена удовлетворительно, то в вопросе о наделении новых органов полномочиями были допущены серьезные просчеты. Одним из главных пороков контрразведки того времени был и оставался их сугубо конспиративный статус. О существовании КРО не было известно не только общественности, но даже и офицерскому составу российских вооруженных сил.
Сотрудники и даже начальники КРО не имели права самостоятельно вести дознание и следствие. Выявив подозрительных лиц, контрразведчики должны были обращаться в местные охранные отделения или губернские жандармские управления МВД с просьбой провести соответствующие следственные действия (обыски, выемки, аресты и т. п.).
Положение отчасти изменилось в годы Первой мировой войны, когда контрразведчики на театре военных действий могли использовать в своих целях достаточно широкие полномочия военного командования вплоть до высылки подозреваемых лиц из прифронтовой полосы в административном порядке.
Не способствовало успешной борьбе с иностранным шпионажем и действовавшее в России в начале XX в. уголовное законодательство: оно опиралось на устаревшие представления о шпионаже, не учитывало все разнообразие форм и методов сбора агентами противника разведывательной информации. В 1910 г. в Главное управление Генерального штаба был представлен проект об изменении действующих законов о шпионаже. Проект подготовил известный военный юрист полковник А. С. Резанов. Но лишь через два года — 5 июля 1912 г. — новый закон был принят Сенатом. Этот нормативный акт в целом отвечал новым реалиям и предусматривал более суровые наказания за данное преступление. Согласно этому закону министр внутренних дел имел также право запрещать публикацию в печати сведений, касавшихся внешней безопасности России и ее вооруженных сил.
Свои размышления по дальнейшему усилению борьбы с иностранными разведками А. С. Резанов изложил в книге «Немецкое шпионство», которая увидела свет в 1915 г. За один год книга выдержала три издания, что свидетельствовало о значительном интересе со стороны русской общественности к поставленным полковником вопросам. Он описал задачи, методы и способы работы немецких агентов внутри России, систему вербовки агентов, пути проникновения сети информаторов и агентов влияния в различные сферы общественной жизни и политики. Книга А. С. Резанова была основана на более чем ста расследованиях по делам о германском шпионаже.
К началу войны оба противоборствующих блока создали мощные армии и достаточно производительную военную промышленность. Вместе с тем, недооценивая экономические возможности противника, военно-политическое руководство как стран Антанты, так и Тройственного союза готовились к возможно быстрому разгрому врага, а конкретно не более чем за шесть-восемь месяцев. Однако уже в первой половине 1915 г. воюющим сторонам стало ясно, что, значительно ослабив друг друга, они не сумели достичь коренного перелома и война приобретает затяжной позиционный характер со всеми вытекающими из этого негативными последствиями. В этих условиях требовалось обеспечить долговременное единство фронта и тыла, в частности единство действий высшего военного командования и государственных органов России. Ведь согласно утвержденного за месяц до начала войны «Положения о полевом управлении войск в военное время» была проведена идея о фактическом расчленении России на две части (фронт и тыл), что усугубляло традиционную обособленность военного управления от общеимперского, создавало серьезные трудности в функционировании государственного аппарата в условиях войны. Возникло два независимых друг от друга военных центра: на театре военных действий (Верховный главнокомандующий и его штаб), а в тыловых районах — Военное министерство с входящим в его состав Главным управлением Генерального штаба (ГУ ГШ). До августа 1915 г. действующую армию возглавлял великий князь Николай Николаевич, не имевший реальных рычагов воздействия на Военное министерство, а тем более на Совет министров в целом.
Все, о чем говорилось выше, повлияло на организационное строительство органов контрразведки и сужало задачу последней для защиты армейских секретов. На территории округов, не входивших в район театра военных действий (ТВД), продолжали функционировать контрразведывательные отделения (КРО) окружных штабов. Насущный вопрос об увеличении числа КРО, либо о создании подчиненных им органов в стратегически важных пунктах страны не был продуман и спланирован заранее.