Трагедия потрясла всю Россию. Выяснением причин гибели линкора занялась комиссия Морского министерства, которую возглавил боевой офицер, член Адмиралтейств-Совета адмирал Н. М. Яковлев. В годы русско-японской войны он командовал броненосцем «Петропавловск» и находился на командирском мостике броненосца, который ушел на дно после взрыва на японской мине вместе в адмиралом С. О. Макаровым и штабом 1-й Тихоокеанской эскадры. Сам капитан судна был выброшен взрывной волной с мостика и подобран шлюпкой, посланной с одного из крейсеров эскадры для спасения экипажа «Петропавловска». Членом комиссии был и известный кораблестроитель, член Академии наук России А. Н. Крылов, который стал автором заключения, одобренного всеми членами комиссии.
В ходе проведенного расследования были представлены три версии гибели линкора:
1. Самовозгорание пороха.
2. Небрежность в обращении с огнем или порохом.
3. Злой умысел.
Однако после рассмотрения всех трех версий комиссия заключила, что «прийти к точному и доказательно обоснованному выводу не представляется возможным, приходится лишь оценивать вероятность этих предположений, сопоставляя выяснившиеся при следствии обстоятельства».
Из возможных версий две первые комиссия в принципе не исключала. Что касается злого умысла, то, даже установив ряд нарушений в правилах доступа к артиллерийским погребам и недостаток контроля за находившимися на корабле рабочими-ремонтниками, комиссия посчитала эту версию маловероятной.
Возможность злого умысла не подтверждал и адмирал А. В. Колчак, который уже спустя 15 минут после начала пожара прибыл на обреченный корабль. В своих показаниях после ареста Чрезвычайной следственной комиссией 24 января 1920 года Колчак заявил: «Насколько следствие (комиссия морского министерства. — Авт.) могло выяснить, насколько это было ясно из всей обстановки, я считал, что злого умысла здесь не было. Подобных взрывов произошел целый ряд за границей во время войны — в Италии, Германии, Англии. Я приписывал это совершенно непредусмотренным процессам в массах новых порохов, которые заготовлялись во время войны… Другой причиной могла явиться какая-нибудь неосторожность, которой, впрочем, не предполагаю. Во всяком случае, никаких данных, что это злой умысел, не было».
Иначе говоря, ни одна из выдвинутых комиссией версий не нашла достаточного фактического подтверждения.
Расследованием причин гибели «Императрицы Марии» также занимались тесно связанные в силу специфики своей деятельности и одновременно остро между собой конкурировавшие Севастопольское жандармское управление, возглавляемое полковником Редловым, и созданное по инициативе моряков в конце 1915 года при штабе командующего Черноморским флотом самостоятельное контрразведывательное отделение, начальником которого был прикомандированный к Севастопольскому жандармскому управлению ротмистр Автамонов. Вместе с возложенной на отделение задачей по борьбе с «иностранным соглядатайством» в его ведение перешла и специальная агентура, которая содержалась до этого Севастопольским жандармским управлением на средства, выделяемые командованием Черноморского флота.
Сразу же после гибели линкора жандармским управлением в Севастополе развертывается бурная деятельность — производятся обыски на квартирах и аресты 47 подозреваемых в причастности к взрыву лиц. Через неделю после трагических событий Редлов, используя поступившие к нему от агентуры данные, в письме на имя начальника штаба командующего Черноморским флотом приводит возможные версии причин взрыва, не исключая при этом, что корабль был взорван шпионами. «В матросской среде, — пишет он, — определенно держится слух о том, что взрыв был произведен злоумышленниками с целью не только уничтожить корабль, но и убить командующего Черноморским флотом, который своими действиями за последнее время, а особенно тем, что разбросал мины у Босфора, окончательно прекратил разбойничьи набеги турецко-германских крейсеров на побережье Черного моря, кроме того, он своими энергичными действиями в этом направлении вызвал недовольство в командном составе, особенно у лиц с немецкими фамилиями, которые при бывшем командующем флотом (адмирале Эбергарде. — Авт.) абсолютно ничего не делали».
Однако ни одна из выдвинутых жандармами версий не набрала впоследствии достаточного количества фактов.
Ход расследования осложнялся также и взаимными препирательствами между жандармским управлением Севастополя и контрразведывательным отделением штаба Черноморского флота, которому было поручено расследовать причины этого взрыва.
Подоплека препирательств, очевидно, заключается в том, что созданное в ходе войны контрразведывательное отделение полностью оттеснило от ведения дел по шпионажу жандармское управление. В письме директору департамента полиции Редлов, резко отрицательно отзываясь о деятельности начальника севастопольской контрразведки, высказал мнение о его полной несостоятельности в расследовании причин гибели «Императрицы Марии». Эти межведомственные «разборки» свели к нулю попытки установить истину.
Новые документы уже из архивов советской контрразведки свидетельствуют о пристальном внимании к «Императрице Марии» и другим кораблям Черноморского флота военной разведки главного противника России в первой мировой войне — Германии. Вполне возможно, что лица, о которых пойдет речь, имели отношение и к гибели корабля. В 1933 году органами ОГПУ Украины в крупном судостроительном центре страны — Николаеве — была разоблачена резидентура немецкой разведки, действовавшая под прикрытием торговой фирмы «Контроль-К», возглавляемой Виктором Эдуардовичем Верманом, 1883 года рождения, уроженцем города Херсона, проживавшим в Николаеве и работавшим начальником механосборочного цеха «Плуг и молот». Цель организации — срыв судостроительной программы набирающего мощь военного и торгового флота Советского Союза. Конкретные задачи — совершение диверсий на Николаевском заводе имени Анри Марти, а также сбор информации о строящихся там судах, большинство из которых были военными. Этот крупнейший судостроительный завод страны образовался на базе того самого Русского судостроительного акционерного общества «Руссуд», со стапелей которого сошли «Императрица Мария» и однотипный линкор «Александр III». В ходе следствия выяснилось много интересных фактов, уходящих корнями в дореволюционный Николаев.
Сам Верман являлся разведчиком с «дореволюционным» стажем. На допросе он рассказывал: «Шпионской деятельностью я стал заниматься в 1908 году (именно с этого периода начинается осуществление новой морской программы России. — Авт.) в Николаеве, работая на заводе «Наваль» в отделе морских машин. Вовлечен в шпионскую деятельность я был группой немецких инженеров того отдела, состоящей из инженера Моора и Гана». И далее: «Моор и Ган, а более всего первый, стали меня обрабатывать и вовлекать в разведывательную работу в пользу Германии».
Деятельность В. Вермана подробно изложена в той части архивного следственного дела, которая называется «Моя шпионская деятельность в пользу Германии при царском правительстве».
После отъезда Гана и Моора в фатерланд «руководство» работой Вермана перешло непосредственно к германскому консулу в Николаеве господину Винштайту. Верман дал о нем исчерпывающие данные: «…Я узнал, что Винштайт офицер германской армии в чине гауптмана (капитана), что находится он в России не случайно, а является резидентом германского генерального штаба и проводил большую разведывательную работу на юге России. Примерно с 1908 года Винштайт был назначен в Николаеве вице-консулом. Бежал он в Германию за несколько дней до объявления войны — в июле 1914 года».