Со всех этих точек зрения Смирнов был подходящим кандидатом, но за ним числилось одно большое «но», которое все перевесило: он был действительно сильным и независимым человеком, достаточно смелым для того, чтобы не только иметь свои взгляды, но и отстаивать их даже против самого Ленина. Незадолго перед тем он выдержал большой конфликт с представителями ВЧК в Сибири, не дав им арестовать Е. Е. Колосова, видного сибирского эсера, за которым чекисты вели настоящую охоту. Смирнов с ним был лично знаком по дореволюционной ссылке и теперь, чтобы спасти его от ареста, поселил его на своей собственной квартире («Сюда Вас арестовывать не придут, ручаюсь», — говорил он с усмешкой), а затем с надежным попутчиком отправил Колосова в Москву.
С точки зрения Ленина еще более опасной была независимость, показанная Смирновым в вопросе, который выходил за грани внутрипартийных споров: в Сибири 1920–1921 г. в качестве председателя Сибревкома Смирнов открыто показал себя противником антикрестьянской политики, которую тогда проводил ЦК партии, и с нею боролся, вступая в конфликты со специальными уполномоченными центра. Тогдашние события оправдали позицию Смирнова: на введение продразверстки, на создание комитетов бедноты и другие мероприятия центральной власти сибирское крестьянство ответило восстанием зимы 1920–1921 гг., которое оказало огромное влияние на крутой поворот Ленина к НЭПу. Тем не менее независимость Смирнова Ленину не нравилась.
К Сталину, которого он знал тоже по ссылке, Смирнов относился очень отрицательно, и Сталин отвечал ему тем же: слишком различными людьми они были. Возможно, что именно в силу отталкивания от Сталина Смирнов стал сближаться с Троцким, хотя никогда не разделял тех взглядов, которые были характерны для специфического «троцкизма».
Несомненно, что именно эта независимость Смирнова и определила отношение к нему Ленина: как раз в пору Одиннадцатого съезда Ленин был настроен особенно антитроцкистски, возлагая на Троцкого большую долю ответственности за неурядицу в партийных делах. Ленин подозревал, что Троцкий втайне продолжает вести фракционную работу, и именно ею объяснял подспудные оппозиционные настроения, которые часто чувствовались на съезде. Очень вероятно, что в этом сказывалось влияние наговоров Сталина; совпадение полосы наибольшего раздражения против Троцкого с выставлением кандидатуры Сталина на пост секретаря ЦК у Ленина, конечно, не было случайностью…
Ленин, конечно, не доходил до тех норм, которые позднее установил Сталин, но и он предпочитал иметь около себя людей, которых нужно убеждать лишь относительно частностей, которые в больших вопросах политики идут за ним беспрекословно. Особенно нужным это он считал для поста генерального секретаря ЦК, и именно поэтому приложил все усилия к тому, чтобы провалить кандидатуру Смирнова и провести Сталина, против которого было много возражений с разных сторон. Конечно, Ленин был уверен, что сможет лично контролировать работу Сталина, нейтрализуя ее вредные стороны. В этом тоже сказалась столь характерная для него огромная самонадеянность.
На первом же совещании членов только что избранного ЦК, вечером 2 апреля 1922 г. встал вопрос о секретариате. Рядом лиц была названа кандидатура Смирнова, и он, несомненно, был бы избран, если б в обсуждение не вмешался Ленин. Последний говорил много лестного о Смирнове, но доказывал, что его способности партия всего полнее сможет использовать, вернув его в Сибирь, где после него дела пошли совсем плохо. Для тех, кто знал Ленина, было ясно, что он решил ни за что не допустить в секретари ЦК человека, который может завтра открыто перейти в лагерь Троцкого, но не хотел говорить об этом прямо, так как сам неоднократно заявлял о необходимости вытравить из партийной практики все воспоминания о недавней дискуссии.