Пономаренко заметил, как сжался сидевший недалеко от него Хрущев. Сталин неоднократно одергивал его за чрезмерное усердие в проведении репрессий. Слова вождя он, видимо, и не без оснований, принял в свой адрес. Вот тогда еще у мстительного «Микиты» зародились семена ненависти к сталинскому выдвиженцу, которая с особой силой проявилась после смерти вождя.
Эта ненависть еще более окрепла в 1942 году после одного из совещаний, состоявшихся у Сталина. Вот как рассказывал об этом сам Пономаренко:
«На совещании я застал известных украинцев: Корнейчука, Соссюру, Бажана, Рыльского, Тычину, Довженко. Обсуждался режиссер и киносценарист Александр Довженко, который ошибался, считая, что теперь, во время войны, следует обращаться к народу не от имени ЦК, а от имени тех или иных деятелей культуры, интеллигенции, которых мол, люди знают и ценят, а они-то должны поднимать народный дух. Сталин считал это неверным.
Иосиф Виссарионович, обращаясь к Довженко, сказал: «Не заглядывайте в рот Хрущеву. Он плохо занимается идеологической работой на Украине, и эту работу провалил. Он считает, что национализм можно изжить только репрессиями. Это неверно. Репрессии против националистов только расширяют и укрепляют национализм, создавая им ореол борцов и мучеников. Нужно проводить линию по изживанию пороков другим путем: убеждением, практикой работы, уважением к национальным традициям, привлечением национального в общий интернациональный фонд — только тогда можно изжить вредные националистические настроения буржуазно-реставрационного характера. Хрущев этого не понимает».
Довженко признал ошибки, извинился, что отрывает Сталина от более важных дел, и обещал исправиться.
Сталин деликатно отнесся к Довженко. Подойдя ко мне, спросил: «Найдем другого на место Хрущева?» — и взял меня за руку. Я ответил: «Товарищ Сталин, партия большая, на любое место можно найти человека». Хрущеву об этом, конечно, сообщили».
Поведение Пономаренко, не боявшегося идти на конфликт с могущественным НКВД ради спасения невинных людей, резко контрастировало с малодушным, а то и явно трусливым поведением других давних сталинских соратников, занимавших куда более важные посты. Примерно в то же время, когда Пономаренко с Чуяновым отстаивали в Сталинграде невинно пострадавших людей, член Политбюро Анастас Микоян был послан в Армению, имея такое же задание — проверить обоснованность обвинений во «вредительстве» и «связях с троцкистами» 300 ответственных работников этой республики. На причастности этих лиц к вредительству настаивал НКВД, у Сталина же были сомнения, он и послал туда Микояна. Тот, хотя и почувствовал надуманность многих обвинений, полностью подтвердил вину арестованных работников, подписал соответствующий документ, вычеркнув, правда, всего одну фамилию, Шевардяна, своего бывшего наставника и соратника по дореволюционному подполью. Но когда чекисты представили на него дополнительные материалы, отстаивать своего друга не стал. Влиятельнейший, казалось бы, Микоян решил не идти против течения, не портить отношения с руководством НКВД, которое тогда один за одним организовывало шумные процессы над «врагами народа». Вот вам и «коммунист с дореволюционным стажем», работавший в царское время в условиях подполья! Впрочем, в прошлом Микояна, к которому Сталин всегда испытывал внутреннее недоверие, были невыясненные моменты. Он стал единственным из 26 бакинских комиссаров, избежавшим в годы гражданской войны гибели от рук ярых врагов советской власти, за спиной которых стояли англичане. Счастливый ли это случай, или что-то другое, достоверными фактами подтвердить или опровергнуть было невозможно…
Смелость и умение брать на себя ответственность, не страшась ни возможного недовольства Центра, ни сопротивления «благоразумного» большинства, Пономаренко проявил и в первые дни Великой Отечественной войны, когда фашистская военная машина, ломая все на своем пути, быстро продвигалась в глубь советской территории.
Уже на второй день войны, 23 июня 1941 года, он позвонил Сталину и предложил немедленно приступить к эвакуации с белорусской территории промышленных предприятий, которые неизбежно были бы захвачены быстро наступавшими немцами. Эту позицию поддержало и Бюро ЦК КПБ. Для Сталина такая постановка вопроса была совершенно неожиданной, он колебался. Пономаренко сумел убедить его, хотя и знал, что если удастся хоть ненамного задержать немцев, его привлекут к самой суровой ответственности за «паникерские настроения».