Вопрос о централизованном руководстве партизанским движением был поставлен в июле 1941 года, но по ряду причин конкретные организационные меры в этом направлении откладывались. В декабре Пономаренко вызвали в Кремль, где он два часа беседовал со Сталиным по вопросам организации и поддержки партизанского движения. Было видно, что Верховный Главнокомандующий тщательно изучал различные предложения, касающиеся этой проблемы. Изучал, беседуя с людьми, сопоставляя, изучая различные мнения и подходы. Это был его характерный стиль — находить оптимальное решение в ходе такого сопоставления и изучения. Видимо, Сталин уже разочаровался в проектах, которые предлагали. Поэтому поддержал Пономаренко, когда тот критически высказался о предложении заместителя наркома обороны Е.А. Щаденко начать формирование на территории противника целых армий, выделяя им из Центра необходимое вооружение и ресурсы.
По мнению Пантелеймона Кондратьевича, надо было поднять на борьбу с оккупантами десятки миллионов людей, оставшихся на захваченных ими территориях, а не подменять эту борьбу действиями общевойсковых армий. Верховный Главнокомандующий одобрил эту позицию, сообщив, что в таком духе на днях и было принято решение Центральным Комитетом ВКП(б). Тогда, в декабре 1941 года Пономаренко было предложено возглавить Центральный штаб партизанского движения, но по каким-то причинам это решение отложили, и Пантелеймон Кондратьевич отбыл в действующую армию.
От того, кто возглавит централизованное руководство борьбой против немецких захватчиков в тылу, зависело многое. Сначала руководителем всего партизанского движения был поставлен соратник вождя еще по гражданской войне К.Е. Ворошилов. Но обеспечить необходимый уровень руководства он так и не смог. Нужны были другие подходы, и Сталин продолжал искать человека, способного обеспечить превращение этого движения в действительно грозную силу, помогающую Советской армии бороться с опасным врагом. Пронырливый Хрущев, узнав об этом, рекомендовал вождю своего человека — В.Т. Сергиенко, наркома внутренних дел Украины. Сергиенко был крайне ограниченным и жестоким человеком, он не гнушался лично, кулаками выбивать признательные показания у арестованных. И даже с каким-то упоением рассказывал о зверских избиениях, с помощью которых выбивал признания из людей. Такие деятели, без чести и совести, готовые на все, чтобы угодить вышестоящему руководству, были у Хрущева в фаворе. Можно представить, что бы натворил Сергиенко, оказавшись на высоком посту.
Пономаренко, как и Сергиенко, вызвали в Москву по партизанскому вопросу. Пантелеймону Кондратьевичу предложили подготовить и представить свои соображения об организации партизанского движения, что он и сделал, направив их Сталину. Так получилось, что номер Сергиенко в гостинице «Москва» оказался рядом, и он пригласил к себе отнекивавшегося Пономаренко чтобы отметить свое предстоящее назначение Начальником Центрального штаба партизанского движения. Сергиенко не сомневался в том, что займет этот пост. Ведь его кандидатуру помимо Хрущева поддержал и другой член Политбюро Лаврентий Павлович Берия. Ну а Пономаренко, по всей вероятности, сделают его заместителем. Сергиенко знал о том, что назначение Пантелеймона Кондратьевича начальником штаба не состоялось, а второй раз возвращаться к кадровым вопросам в то время было не принято.
Хрущевский ставленник находился в сильном подпитии и очень обижался, что Пономаренко отказывался присоединиться к попойке: «Некомпанейский ты мужик, а ведь под моим началом, поди, будешь не один год служить». Пономаренко стоило больших усилий выйти из его номера.
Прошло несколько дней, но Пономаренко никто никуда не вызывал. Он решил позвонить Сергиенко, узнать, когда состоится заседание штаба, и тот вдруг угодливо ответил «Когда прикажете». Пантелеймон Кондратьевич решил, что его разыгрывают. Но Сергиенко вновь и вновь повторял просьбу дать ему необходимые указания. Оказалось, что на заседании Государственного Комитета Обороны начальником Центрального штаба был утвержден именно Пономаренко. Сталин раскритиковал предложенный Хрущевым и Берией план развития партизанского движения, в соответствии с которым предполагалось формирование 7-тысячных партизанских бригад, по сути крупных боевых соединений Красной Армии в немецком тылу. В них планировалось создать такую же командную структуру, ввести те же должности и звания, что и в действующей армии. Руководителем же штаба предлагалось назначить Сергиенко.