Чистки были не только средством подавления оппозиции, но и неотъемлемым элементом внешней политики. Большинство раскрываемых антиправительственных «заговоров» организовывались «Ираном, ЦРУ и сионистами». Справедливости Ради нужно сказать, что далеко не все они были лишь плодом буйной фантазии и паранойи Саддама и других ведущих баасистов. Так, можно уверенно сказать, что Тегеран, стремясь утвердить свою гегемонию в регионе Залива, действительно засылал в Ирак свою агентуру и нередко находил поддержку среди местного шиитского сообщества, но подлинное количество реальных заговоров и настоящих шпионов, как и масштаб иранского вмешательства, установить невозможно, ибо в Багдаде царила обстановка, при которой чуть ли не каждый считался потенциальным иностранным агентом.
Службы безопасности под началом Саддама вели яростную борьбу и против коммунистов, давних противников БААС. Как часто наблюдалось и в других странах, например в Германии, идеологическая схожесть неминуемо приводит к жесткому противостоянию и соперничеству. Оба «знаменосца социализма» никак не могли ужиться в одной стране. В конце 50-х годов, при режиме Касема, коммунисты провели резню националистов, включая и баасистов. Через несколько лет они поменялись ролями.
Что касается Саддама, он всегда смотрел на отношения с коммунистами прагматически. Для него коммунизм был иностранной идеологией, не годившейся для арабов: «Традиционно марксизм привлекает угнетенных. Однако в случае арабской нации дело обстоит не так… Социалистические программы в арабской истории исходили не только от бедных, но и от людей, которые сами не знали угнетения, но стали лидером бедняков. У арабской нации никогда не было такого классового сознания, как у других наций».
Однако, будучи прагматиком, Саддам предложил Бакру пойти на сотрудничество с коммунистами, чтобы укрепить власть. Многих из них выпустили из тюрем, амнистировали и, более того, им предложили войти в правительство. Но реакция коммунистов оказалась совсем иной, чем ожидали баасисты: отдавая должное антисионизму и антимпериализму «возрожденцев», они отказались участвовать в правительстве, пока БААС не либерализует политическую жизнь Ирака, то есть допустит создание многопартийной системы, образует демократическое коалиционное правительство и предоставит курдам настоящую автономию.
Бакр и Саддам расценили ответ коммунистов как признак того, что они не заинтересованы в сотрудничестве и намерены вытеснить баасистский режим. Последствия такой оценки отразились в еще одной крупномасштабной чистке: коммунистов арестовывали «пачками», пытали и казнили.
Осенью 1969 года Бакр и Саддам почувствовали себя более уверенно и решили, что для «окончательного укрепления» своей власти необходимо разобраться и с «военной группировкой». (Стоит отметить, что в точности такую же терминологию использовал и Сталин, когда в конце 30-х годов устроил чистку в рядах командного состава Красной армии.) Как и в прошлом, были задействованы излюбленные и проверенные Саддамом методы: запугивание, террор и вымышленные «заговоры». В начале 70-х годов, благодаря планомерной чистке в армии и кадровым перестановкам, власть пресловутой «военной группировки» была сломлена навсегда. Преданность нового военного руководства уже не вызывала сомнений. А офицерский корпус, находящийся под постоянным наблюдением служб безопасности, непрерывно фильтровался и пополнялся сторонниками Бакра и Саддама. Как гордо заявлял будущий президент Ирака: «С нашими партийными методами нет ни малейших шансов у тех, кто с нами не согласен и намерен, оседлав парочку танков, напасть на правительство».
Дуэт Бакр — Хусейн держал в своих руках всю власть в стране. С самого начала их партнерство не было привычными взаимоотношениями между номером первым и номером вторым. Бакр передал Саддаму значительно больше полномочий, чем руководитель обычно передает заместителю. Частично это объяснялось возникшими у президента проблемами со здоровьем (в 1971 году Бакра госпитализировали по поводу «легкого недомогания»), а также тем, что он «был сделан из более мягкого материала», чем Саддам, которому, как впоследствии отмечали его российские почитатели, вполне подошла бы фамилия Сталин.
Несмотря на то, что налицо было двойное руководство, многие решения все чаще принимались под давлением Саддама. Хотя он сам яростно отрицал это, говоря: «Я знаю, кое-кто утверждает, что Саддам Хусейн — первый человек в Ираке, но у нас есть президент, осуществляющий свои конституционные права. На наш взгляд, он первый человек в государстве, и более того — мы считаем его нашим отцом и вождем».