Усиление исламистского подполья в Восточной Африке началось сразу же после вывода американских войск из Сомали, в начале 1994 года. Айман аль-Завахири, бывший в то время старшим командиром в Сомали, считал наращивание сил в Кении настолько важным, что занялся этим лично, совершая многочисленные тайные поездки в Найроби и Момбасу. Костяк нового вооруженного отряда в Кении составляли иорданские «афганцы». Первоочередной их задачей было закрепиться в Кении и подготовиться к приему других исламистов, которые должны были прибывать из Пакистана.
Одновременно исламистские сети в Восточной Африке занялись вопросами снабжения — переправкой наркотиков, выращиваемых и производимых в Афганистане и Пакистане, и отмыванием денег для финансирования быстро расширявшихся исламистских сетей в Западной Европе и Соединенных Штатах. Основными портами, которыми пользовались — и до сих пор пользуются — исламисты, были Занзибар (Танзания) и Момбаса (Кения): отсюда наркотики переправлялись в Западную и Восточную Африку и далее на Запад. Растущее значение Восточной Африки для системы материального обеспечения террористов во всем мире делало этот регион еще более привлекательным местом для проведения зрелищных террористических актов.
Хартум попытался задействовать двух видных исламистов, которые находились в Найроби с 1994 года как резервные командиры, но они оказались не готовы к решительным действиям. Первым из них был Мустафа Махмуд Сайд Ахмад, египетский «афганец», родившийся в Заире и закончивший университет аль-Азхар. Действуя из своей базы в Кувейте, он выполнял шпионские задания для исламистов Кувейта и Египта. Но к середине 1990-х годов он уже отвернулся от воинственного исламизма. Другой командир был Вадих эль Хейдж, американец арабского происхождения, который служил секретарем бин Ладена в Хартуме с середины 1980-х годов. Хотя он и был искренне предан делу исламизма, он оказался неподходящим человеком, потому что привлек к себе внимание. В августе 1997 года отряды кенийской службы безопасности и ФБР устроили облаву в доме эль Хейджа, в результате чего он как оперативный сотрудник «погорел». Оба командира в 1997 году были высланы из Найроби, а их место заняли новые, более уверенные в себе.
Наиболее важное изучение ситуации в Восточной Африке было проведено в сентябре 1996 года под прикрытием визита иранского президента Али Акбара Хашеми-Рафсанджани в шесть стран Восточной Африки — ЮАР, Зимбабве, Танзанию, Судан, Уганду и Кению. Группа старших офицеров разведки, сопровождавших Хашеми-Рафсанджани, воспользовалась этим случаем, чтобы лично изучить ситуацию в регионе. В середине октября Хашеми-Рафсанджани пояснил, что его визит «предоставил исламскому Ирану историческую возможность помочь в развитии и восстановлении африканского континента». Он отметил «тщетные попытки США оказывать давление на африканские страны, чтобы помешать им укрепить отношения с Ираном» и заключил, что «страны и народы Африки оценили выгоды торговых и экономических связей с исламским Ираном и уже освободились от уз эгоистичной политики Запада».
В середине ноября 1996 года Джавид Горбан Огли, генеральный директор африканского отдела в иранском Министерстве иностранных дел, подтвердил первостепенную важность Восточной Африки для Тегерана: «Сегодня Африка стала важным, узловым пунктом в мире. Даже американцы признают, что африканские народы полностью осознают суть исламской революции и симпатизируют нашей стране и нашей революции. Это привело к укреплению наших связей с африканскими государствами, что, конечно, не соответствует объявленной Вашингтоном политике изоляции Ирана». То, что на эту должность был назначен именно Огли, очень важно, поскольку он является бывшим послом Ирана в Алжире, где поддерживал деятельность исламистов, включая террористическую и подрывную.
Зимой 1996–1997 года значение Восточной Африки для стратегических планов Ирана коренным образом изменилось. Иранцы всерьез занялись модернизацией своих военно-морских сил. Получение авианосцев от Китайской Народной Республики и поступление из России третьей подводной лодки КИЛО (одна из наиболее современных, бесшумных и смертоносных неядерных подводных лодок в арсенале российской армии) укрепило уверенность Тегерана в способности проводить боевые операции в более широкой области. Эти поставки оружия были только первой стадией крупной и серьезной программы расширения морского флота, основанной преимущественно на приобретении у Китая многочисленных боевых кораблей и рассчитанной на несколько лет. Когда эта программа завершится, у Ирана будет самый мощный флот в зоне Персидского залива.