К концу XIX столетия Новая Голландия утрачивает значение базы военно-морского флота и становится по целому ряду причин неудобной для хранения и перемещения специфических военных грузов Морского министерства. Комплекс ее сооружений и зданий на острове приходит в запустение. Очевидцы упадка некогда неприступной, похожей на крепость Новой Голландии, вошедшей в историю петровского флота своей ролью в развитии отечественной кораблестроительной науки, с горечью писали: «Значительная часть складов „Новой Голландии“, как мы имели случай неоднократно убедиться на месте, наполнена старым хламом вроде, например, ломаных деревянных моделей, которые вследствие их полной непригодности отказался принять Адмиралтейский завод и которые годятся только на дрова; ломаным чугуном и железом (только не медью, так как последняя давно расчищена) и тому подобными предметами. Посреди обширного двора лежат и ржавеют старые вентиляционные раструбы, цистерны и тому подобные предметы, годные только на лом…».
Внутри Новой Голландии продолжалась еще бестолковая, хаотичная застройка. Кроме Морской тюрьмы и дополнительных складов здесь возвели здание маслобойной мастерской, мясосольного производства, бани и прачечной для заключенных «Бутылки». Затем здесь построили дом для коменданта и офицеров, утепленную будку для канцелярских чиновников мундирных складов и несколько небольших мастерских.
В это «смутное» время в Морское министерство начинают поступать предложения и проекты о капитальной реконструкции Новой Голландии.
Зодчий Л. Ф. Фонтана, автор таких построек, как гостиница «Европейская», Малый, или Суворинский, театр (ныне Большой драматический), здание художественно-промышленной выставки в Соляном городке, и других столичных объектов, предложил в 1882 году проект превращения Новой Голландии в культурный и деловой городской центр. Автор проекта предполагал построить здесь торгово-промышленные павильоны, здания для деловых съездов, ярмарок, выставок и концертов. Эти грандиозные коммерческие планы зодчий рассчитывал реализовать на средства специального акционерного общества.
При реализации своего проекта или точнее «Генерального плана» переделки острова «Новая Голландия» Людвиг Фонтана предлагал довольно решительные меры. Зодчий считал целесообразным засыпать центральный пруд и на его месте разбить новую городскую площадь с отходящими от нее тремя новыми магистралями к набережным реки Мойки, Крюкова и Адмиралтейского каналов. Согласно проекту архитектора, оба канала подлежали засыпке и превращались в городские улицы. Автор проектов «Европейской» гостиницы и будущего Большого драматического театра потребовал уничтожения знаменитой арки исторического комплекса и последующего присоединения Новой Голландии к территории Адмиралтейского острова Северной столицы. К счастью, проект Л. Фонтана забуксовал на переговорной стадии и впоследствии не был осуществлен.
Позднее, в начале XX столетия, проект инженера А. А. Лешерна фон Герцвельда предусматривал снос всех построек и зданий Новой Голландии, засыпку Крюкова канала в совокупности с внутренним водоемом, а на расчищенном до основания пространстве разбивался современный сквер, в центре которого возводилось огромных размеров концертное здание.
Позже, в 1905 году, комиссия Морского министерства под председательством генерал-лейтенанта С. К. Ратника предложила полностью снести все строения Новой Голландии, а вместе с ней и Нового Адмиралтейства и «пустить землю в распродажу частным лицам для жилищного строительства». Однако и этот «решительный» по своему намерению «прожект», так же как и предыдущие, был оставлен без внимания руководством Морского министерства.
В 1906 году столичный журнал «Зодчий» опубликовал разгромную статью в адрес Морского министерства. Корреспондент известного петербургского издательства довольно резко писал: «Морское министерство совершенно нерациональным образом использовало Новую Голландию с громадною, чудною по красоте своих пропорций, аркою над протоком… В Новой Голландии помещены три учреждения Морского ведомства: бассейн для испытания судовых моделей, морская исправительная тюрьма и весьма большие здания пересылочных и так называемых сортовых складов. Бассейн действительно необходим, но почему он построен не при судостроительных заводах? Причины же расположения морской тюрьмы в центре Петербурга непонятны: ее надо было строить в Кронштадте, в Ревеле, Либаве, вообще где угодно, но только не в лучшей части города. Склады Новой Голландии на бумаге носят самые разнообразные названия; в действительности же они на 75 % пусты, а на 25 % наполнены железным ломом…». Статья завершалась гневным выпадом в адрес Морского министерства, якобы отнимающего у города и государства миллионы рублей путем заполнения столицы пустырями с историческими руинами, заполненными всяким хламом.