Печальные обряды были совершены еще раз, с большею торжественностью, после вступления на престол Халиль-Султана, занявшего город ровно через месяц после смерти Тимура, в понедельник 18 марта. Два дня спустя он отправился в ханаку Мухаммед-Султана, где была гробница Тимура. На этот раз в обрядах принимали участие в черных траурных одеждах не только царицы, царевичи, вельможи и должностные лица, но всё население города. Для успокоения души Тимура читали Коран, раздавали милостыню; несколько дней кряду для угощения толпы резали лошадей, быков и баранов. После этого был выполнен тот же обряд, как во время поминок по Мухаммед-Султану в Онике; с плачем принесли собственный барабан Тимура; барабан своими звуками принял участие в траурной церемонии, потом кожу его разрезали, чтобы он никому больше не служил.
В противоположность Шереф ад-дину Ибн Арабшах ничего не сообщает ни о предварительном погребении, ни о первом совершении траурных обрядов; по его представлению, только Халиль-Султан привез тело Тимура в Самарканд. Там оно было положено в гроб из черного дерева; гроб несли люди на голове в торжественной процессии, в которой принимали участие с непокрытой головой и в траурной одежде князья, эмиры, вельможи и воины. Тимура похоронили в медресе Мухаммед-Султана, около строителя медресе, в склепе; находились ли гробницы Тимура и его внука под одной крышей, из текста не видно. Из обрядов говорится только о чтении Корана, раздаче милостыни и угощения; зато Ибн Арабшах, один из всех историков, сообщает некоторые сведения о внутреннем убранстве мавзолея. На могилу Тимура были положены его одежды, по стенам были развешены предметы его вооружения и утвари; всё это было украшено драгоценными камнями и позолотой; цена ничтожнейшего из этих предметов равнялась подати целого округа. С потолка, подобно звездам на небе, висели золотые и серебряные люстры; одна из золотых люстр весила 4000 мискалей (золотников). Пол был покрыт шелковыми и бархатными коврами; тело через некоторое время было переложено в стальной гроб, приготовленный искусным мастером из Шираза. К гробнице были приставлены, с определенным жалованьем, чтецы Корана и служители, к медресе - привратники и сторожа. Могила пользовалась таким уважением, что перед ней совершались молитвы и приносились обеты; из уважения к ней князья, проезжавшие мимо, наклоняли голову, иногда даже сходили с коней.
Трудно сказать, относился ли этот знак уважения всегда к гробнице Тимура. Еще прежде такое же уважение оказывали расположенной приблизительно в той же местности, в цитадели, гробнице Нур ад-дина Басира; по словам биографа шейха, самаркандский шейх ал-ислам Абд ал-Мелик и другие ученые и благочестивые люди всегда проходили перед мазаром пешком и даже снимали обувь. Иное чувство к могиле Тимура испытывали, конечно, находившиеся в Самарканде пленники; Шиль-дбергер рассказывает, что в «храме», где был похоронен Тимур, по ночам раздавались стоны, прекратившиеся только тогда, когда уведенных Тимуром пленных отпустили на родину.
Несогласное с правилами ислама убранство мавзолея было удалено только после занятия Самарканда Шахрухом, что произошло в мае 1409 г. По рассказу Ибн Арабшаха, Шахрух посетил могилу своего отца, вновь совершил траурные обряды, утвердил приставленных к мавзолею чтецов Корана, сторожей и служителей, но велел убрать и передать в казну находившиеся при гробнице предметы одежды, утвари и вооружения.
С событиями 1409 г. и следующих лет связана, по всей вероятности, еще другая перемена, о которой говорит Шереф ад-дин, не определяя точно времени. Тимур, всегда питавший искреннюю любовь к потомкам пророка, будто бы выражал желание, чтобы его похоронили у подножия гробницы сейида Береке; поэтому «через некоторое время» гроб с телом сейида перенесли из Андхоя в Самарканд и похоронили в «куполообразной постройке, воздвигнутой Тимуром, смежной с суфой упомянутой ханаки»; Тимура положили, согласно его желанию, у ног сейида; в ту же куполообразную постройку перенесли прах Мухаммед-Султана и похоронили рядом с Тимуром.
К сожалению, кроме Шереф ад-дина (и писавших с его слов), ни один автор не упоминает ни о перенесении праха сейида из Андхоя в Самарканд, ни о перенесении праха Тимура и его внука из одного здания в другое. Трудно допустить, чтобы и то и другое могло произойти до 1409 г. Во-первых, слова Ибн Арабшаха ясно показывают, что обстановка мавзолея между 1405 и 1409 гг. оставалась без изменения; во-вторых, Самарканд в это время принадлежал Халилю, Андхой - Шахруху; отношения между этими владетелями были настолько враждебны, что перенесение тела сейида из Андхоя в Самарканд в эти годы едва ли вообще было возможно. Труд Абд ар-Раззака, всецело основанный на труде Хафиз-и Абру, дает не вполне правильное представление о событиях; как при жизни Тимура в первоначальной редакции Зафар-наме была обойдена молчанием ссора между Тимуром и Мираншахом, так придворный историк Шахруха, очевидно по желанию своего государя, в своем рассказе о борьбе Шахруха с Халилем и другими родственниками многое смягчает, о многом умалчивает совсем. Договор 1405 г. истолкован в смысле подчинения Халиля верховной власти Шахруха; упоминается о том, что Халиль обязался выдать Шахруху деньги, принадлежавшие сыновьям Шахруха Улугбеку и Ибрахиму и находившиеся в Самарканде, и что Шахрух отправил за этими деньгами своих посланцев, но умалчивается о результате посольства, о котором рассказывает один из его участников, историк фасих; деньги не только не были выданы, но послы были вынуждены спасаться бегством; им пришлось скакать день и ночь, чтобы успеть переправиться через Аму-Дарью и вернуться к своему государю. В феврале 1406 г., во время битвы между Халилем и Пир-Мухаммедом, Улугбек и его опекун Шах-Мелик, несмотря на существовавшее между Шахрухом и Халилем соглашение, находились в войске Пир-Мухеммеда, причем из рукописи Ог.159 видно, что между Шахрухом и Пир-Мухаммедом действительно существовал союз. В той же рукописи приводятся написанные несколько раньше письма Шахруха к Мираншаху, где Шахрух требовал, чтобы Халиль уступил Самарканд Пир-Мухаммеду и удалился в удел, назначенный ему при Тимуре, именно «в область Байлакана, Берда, Грузию, Армению и Тифлис до пределов Трапезунта».
Как строгий блюститель шариата, Шахрух не мог не очистить мавзолея Тимура от языческого убранства; но очень вероятно, что в Самарканде его распоряжение вызвало некоторое неудовольствие, особенно среди военного сословия. Перенесение тела сейида из Андхоя, может быть, имело целью успокоить недовольных; было известно, что сейид пользовался при Тимуре большим уважением. Можно, однако, сомневаться в том, действительно ли Тимур желал быть похороненным рядом с сейидом или это желание было только приписано ему Шахрухом. Сейид умер зимой 1403/04 г. в Карабаге, и тогда же было приказано отправить его тело в Андхой, где находился его удел и где жили его родственники. Если бы это погребение считалось только временным, то для сейида, вероятно, строился бы мавзолей в Шахрисябзе; но об этом нет никаких сведений.
Известия о личности сейида Береке и о степени его влияния на Тимура довольно скудны. Противоречивы известия о его происхождении; по словам Ибн Арабшаха, он, по некоторым известиям, происходил из Египта, по другим - из Медины, по другим - из Мекки; Тимур по его просьбе подарил ему Андхой, причислявшийся к вакфам священных городов (Мекки и Медины), и эта местность еще при Ибн Арабшахе считалась собственностью потомков Береке. По словам Шереф ад-дина, сейид впервые выступил в 1370 г., незадолго до победы Тимура над Хусейном. Береке принадлежал к меккским шерифам и прибыл в Хорасан по делам вакфов священных городов; Хусейн не только ничего не дал ему, но даже не оказал ему должного уважения; тогда он обратился к Тимуру и принес ему барабан и знамя; Тимур исполнил все его желания и передал в его распоряжение все суммы вакфов; о том, что эти вакфы находились в Андхое, Шереф ад-дин не упоминает. В противоположность рассказу Шереф ад-дина, по которому Береке только при Тимуре прибыл в Хорасан из Мекки, автор Кандии причисляет «сейида эмира Береке» к «андхойским сейидам», будто бы происходившим «от брака ходжи Юсуфа андхойского и дочери имама Хасана, сына Али».